西藏活佛轉世制度是西藏佛教上層為解決西藏地方佛教領袖人物的繼承問題而建立的一種獨特的制度。
這種制度產生之前，西藏社會政教合一的普遍形式是各教派與一個地方封建主直接結合而生存。例如西藏薩迦派（花教）就是以世俗貴族昆氏家族為主創立起來的，他們的宗教首領，在該家族中按世襲制度即父子或兄弟傳承。也有的教派則以師弟或師徒相傳承。但這兩種傳承往往容易引起紛爭。
13世紀中葉，噶瑪噶舉派為了同薩迦派進行鬥爭，維護本派利益和取得更大的政治權力，最初創立了活佛轉世的辦法，出現了紅帽系和黑帽系活佛的兩個轉世系統。宗喀巴大師創立的格魯派（黃教）嚴禁僧侶娶妻生子，為了鞏固和發展以獨立經濟為基礎的黃教寺廟集團，便廣泛開始採用活佛轉世辦法，後來逐漸就形成了一種著名的制度。
格魯派最先確立的是達賴和班禪兩大活佛轉世制度。此後，黃教各大小寺廟均效法沿襲，於是出現了很多很多大大小小的轉世活佛。幾乎每一座黃教寺廟都有自己的活佛，有的寺裡還不止一位。青海塔爾寺的活佛最多時曾達83位。
當然，活佛雖然很多，但其中影響力和號召力最大的是四大活佛，首先是達賴喇嘛和班禪喇嘛，另外兩位分別是掌管內外蒙古佛教事務的章嘉活佛和哲布尊丹巴活佛，其次是名冊記載於清政府理藩院檔案中的各大小呼圖克圖（滿語意為轉世之人），包括前面的四大活佛共有144位。
轉世活佛，藏語稱為“朱古”，蒙古語稱為“呼畢勒罕”，涵“自在轉生、再來人”之意，它是以佛教的靈魂不滅與生死輪迴的學說為依據而產生的。根據這種思想，活佛圓寂後一兩年內，就要投生於某一個人家，變成一個小男孩，這個小男孩就是轉世靈童。那麼，歷來西藏政界、佛教界是如何尋找轉世靈童的呢？
一是依照前世活佛臨終時的遺囑或暗示，如九世班禪卻吉尼瑪臨終時，預言來世將轉生為一位既聾又啞的婦人之子。他圓寂後尋找人員依循遺囑到處尋找，備盡艱辛後，終於在青海循化縣溫都鄉尋得一男嬰，其生母即為一又聾又啞的牧婦，這位男嬰就是後來著名的十世班禪額爾德尼卻吉堅贊。
更多情況下轉世靈童的甄選是由拉薩附近的四大“拉穆吹忠”，即哲蚌寺、甘丹寺、桑耶寺和拉木錯湖畔的曲科甲寺的四大護法，作法降神卜卦，讓神明降附於神卜，說明或暗示靈童出生的方向和線索。這種降神大典舉行時極其隆重，誦經聲、鼓樂聲震耳欲聾，並燃起氣味濃郁的樹脂；降神者會逐漸進入昏迷狀態，乃至渾身劇烈地痙攣，不停地跳動，待唸經和奏樂停止，有人前去向已為護法神附體的降神者提出問題，一旁的司筆則忙碌地記錄下神喻。
除了上述兩種方式外，還有到加查縣的拉木錯湖去看吉祥天女的顯影。有時，當大風驟起，湖面會出現某些幻影，尋找靈童的人員就根據這些線索前去尋訪。
有時，某地會出現有奇異徵兆的孩童，高僧們也會去按址尋訪。還有的時候，一些孩子會自己找上門來，要求回到自己前世所在的寺院，要求承認自己是轉世化身。
根據這種線索尋找大活佛的轉世靈童的過程是極其嚴密的。派出大批前往西藏、青海等藏族地區的尋訪人員都會帶著去世活佛的一些遺物，讓孩童認領；有時還會問一些高深的問題，來觀察孩童的反應。如果這位孩子通過了種種難題，並毫不猶豫地認出前世活佛使用過的物品，就算是靈童。不過一般的小活佛沒有這種繁瑣嚴密的尋找程序。
尋找轉世靈童，一般每次都要選出好幾名靈童，再確定最後人選。歷史上，這種承繼方式有時會受到大喇嘛和大貴族的操縱，或四大護法神卜弄假作弊，往往也是弊病叢生，如第六世、第七世達賴喇嘛就發生過真偽之爭的糾紛。為了防止西藏上層集團借活佛轉世謀私的現象，清政府乾隆帝於1792年頒發金本巴瓶並規定--凡在理藩院註冊的蒙藏大活佛，包括達賴、班禪、章嘉、哲布尊丹巴四大活佛，選出的靈童都要通過金瓶抽籤法來確定最後人選。金瓶共有兩個，一個放在北京雍和宮，另一個放在拉薩大昭寺。最終需要確定靈童時，由理藩院尚書在雍和宮，或是由駐藏大臣在大昭寺監督抽籤掣定，此後逐漸成為定製。
但有時遇到特別具有靈異的靈童，也可以由西藏呈請中央政府，特准免於抽籤。如九世、十三世、十四世達賴喇嘛和十九世章嘉活佛等均未採用金瓶抽籤法。
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