1994年，波波維奇從老尼爾森手下跳槽成為了馬刺隊的主教練。1997年，馬刺用狀元籤簽下鄧肯；NBA歷史上最著名的教練、球員搭檔之一金風玉露一相逢，便勝卻人間無數。
不過鄧肯和波波維奇鄧肯近20年的師徒情誼並非一帆風順，他們原本有很多次機會可能分道揚鑣，鬼使神差，他們戰勝了命運的作弄，始終在一起，譜寫了一曲高山流水一樣完美無瑕的情誼。
96-97賽季，不少球隊的唯一目的就是搶鄧肯，灰熊戰績14勝68負，波士頓15勝67負、馬刺20勝62負，掘金21勝61負，小牛24勝58負，費城76人22勝60負，勇士30勝52負，國王34勝48負，不少球隊都卯足了勁擺爛，為爭奪鄧肯殺紅了眼。
馬刺因為大衛羅賓遜報銷，整個賽季破罐子破摔徹底擺爛20勝62負，但就是馬刺這樣玩命，但還是在擺爛大戰不敵灰熊和波士頓，不過馬刺還是神奇地抽中了狀元籤。
波士頓凱爾特人對鄧肯也是垂涎三尺，他們願意拿出自己手中的3號籤和6號籤來換狀元籤。不過波波維奇只是微微一笑禮貌地拒絕了。
用狀元籤選鄧肯，當時聖安東尼奧當地的球迷可有許多並不高興，有超過30%的球迷認為該用狀元籤基斯-範霍恩，一個被譽為喬丹之後最好的球員，新一代大鳥伯德一樣的球員，他在進入聯盟第一年也確實表現出了過人一等的籃球天賦，場均19.7分，還能搶下6.6個籃板，表現出了成長為超級得分手的潛能，絕對配得上和鄧肯在選秀之初掰一下手腕。
不過除了鄧肯，波波維奇誰也看不上眼，在馬刺用狀元籤選中鄧肯後，鄧肯用持續穩定的統治力為馬刺贏得5個總冠軍回報著球迷，而那些當年曾經希望馬刺選中基斯-範霍恩的球迷，大概會慶幸他們當時的異想天開沒有成功。
在新秀賽季，21號新秀爆發出巨大的能量，在新秀賽季，他場均21.1分、11.9個籃板、2.7次助攻、2.5次蓋帽，馬刺雙塔季後賽馬刺走到了西區半決賽，雖然不敵老辣的爵士雙煞，但球迷相信未來註定是他的。
1998-1999賽季，準備大幹一場的波波維奇遭受了人生第一次信任危機。在縮水賽季，馬刺的開局情況並不好，6勝8負，對不起管理層對馬刺的萬千期待；老闆當時就撂下狠話，如果馬刺再如此不慍不火，就讓波波維奇捲鋪蓋滾蛋。
當時流言蜚語滿天飛，盛傳的就是馬刺如果在接下來的比賽中不敵火箭，馬刺就會辭掉波波維奇，他們已經開始物色心儀的主教練，就是那個曾經馬刺打過兩年零工，退役後在解說界混得風生水起，總是口吐蓮花的道格里弗斯。
關乎波波維奇去留的一戰中，馬刺對陣火箭，鄧肯在奧拉朱旺面前大發神威，砍下23分、14籃板、5個蓋帽，幫助馬刺大敗火箭，給管理層吃了一大口定心湯圓，讓波波維奇做實了馬刺主教練位置。
2000年，合同到期的鄧肯何去何從被提上了議事日程。那一年，鄧肯遭受到了不可拒絕的誘惑，喬丹的接班人希爾向他狂拋媚眼，邀約鄧肯一起來到魔術開創屬於他們的大場面。1999-2000賽季，希爾打出了25.8分、6.6個籃板、5.2次助攻、1.3次搶斷的統治力數據，而鄧肯那一個賽季的數據是23.2分、12.4個籃板，無法可想他們兩個如果真能在魔術聯手，同時希爾沒有遭受頻繁的傷病，他們會打出怎麼樣的表現！
在馬刺和魔術兩隊之間選擇舉棋不定的鄧肯還是最終選擇了留在了老東家，讓希爾一個人在魔術望眼欲穿，而加盟魔術傷病密集爆發的希爾也終於從喬丹接班人的天堂墜落到人間成了被傷病耽誤的最偉大球星之一。
07年，開拓者選中了被譽為拉塞爾和張伯倫合體的奧登大帝，奧登到底有多恐怖，從球迷霸氣地稱他為大帝可見一斑。詹姆斯算是這些年來世不多出的天才，也只能稱為小皇帝，而奧登一上場就被稱為大帝。奧登大帝的到來，讓馬刺也是為之一顫，波波維奇從他身上開到了年輕時候奧尼爾和鄧肯的影子，奧登也許可能成為馬刺未來20年的新基石。
江湖傳言，馬刺曾動過用鄧肯換奧登的念頭，只不過由於被開拓者拒絕，讓馬刺管理層碰了一鼻子灰。這事情的真偽待考，但也大概能從側面反映出大帝曾經是多麼殘暴的潛能，不過時過境遷，現在只能怪那害人傷病罷了，抱怨上天給了奧登天賦卻沒給他足夠的運氣。
說這麼多，鄧肯和波波維奇差點分道揚鑣的真假參半的傳聞，也許只為證明那一句：選中不易，堅持更難，這一世永不分離的搭檔，且行且珍惜。
這世界變化快，還好鄧肯和波波維奇還在一起。
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