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必讀物
合成人拘留
一個叛亂的流氓合成人被發現了，你的任務是找回他，型號為X6-88的合成人追獵者將協助你完成任務。來到奈罕市警長辦公室，這裡可以找到你的同伴追獵者。
之後跟追獵者一起前往自由之地。這裡其實是一個突襲者的基地，有大量敵人出沒。一路消滅，來到船長室，這裡有核彈和高級武器，記得搜刮。在這裡X6-88會告訴你流氓合成人的重置密碼。
自由之地地圖
從船長室爬上來的梯子爬上來，就能看到合成人加百列和他的兩個收下。這裡有兩個選擇：
- 殺死他和他的兩個幫手。
- 通過密碼重置他，殺死那兩個幫手。
結束後返回研究所與父親大人對話，他會為你在學院裡安排一處住所。
碉堡山之役
父親大人還有另一個考驗，重新找到從學院跑到碉堡山逃跑的合成人。在碉堡山，會有一場三方大戰，務必多準備彈藥和補給。根據玩家選擇不同，敵人也不一樣。
- 學院要求你在碉堡山與追獵者碰面，這時你要和鋼鐵兄弟會為敵。
- 鋼鐵兄弟會要求你殺光合成人，此時你的敵人是學院和鐵路兄弟會。
- 鐵路要求你解放所有合成人。你的敵人是學院和鋼鐵兄弟會。
- 義勇兵與任務沒有直接關係。任務完成後碉堡山成為一個居民點。
即使你選擇不忠於研究所，但之後研究所任務“人類-已重新定義”也會開放。
如果你與研究所結盟，當你與追獵者X4-18碰面時，會得到合成人的重置密碼。
決定你的選擇後，與敵人交火，天上的飛機用手槍也能打下來，不需要慫，另外如果和鋼鐵兄弟會為敵，這裡可以拿到大量他們的動力裝甲部件。繞著碉堡山打一圈，結束戰鬥後打開地下室暗門並進入。
其內部有大量機槍炮塔和敵人，清理完畢後找到合成人。你有三種選擇：
- 重置合成人（按照研究所的命令）
- 殺死他們（根據鋼鐵兄弟會的命令）
- 釋放他們（根據鐵路兄弟會的命令）
之後離開碉堡山。碉堡山中間有一座高塔，一路上到頂層，有一本《愛與生活》雜誌。
碉堡山地圖
父親大人會要求你到C.I.T廢墟見面。進入建築後，這裡有一些超級變種人敵人在等你。來到樓頂與父親大人會面交談。
人類-重新定義
根據在屋頂的談話內容，前往學院的會議室，與部門主任開會，並同意繼續支持學院，成為學院首領。之後可以招募新同伴：追獵者X6-88。
大核融合廠
進行本任務前請準備防輻射手段：動力裝甲、輻射服或者大量消輻寧和抗輻寧（光有抗輻寧是不夠的）。
與科學家艾利·菲爾摩完成交談後，你答應幫助她從大核融合廠找到鈹震盪器。你可以決定是不是讓她跟你一起去。之後有一個重要決定：
- 繼續支持學院。任務繼續（按下文攻略繼續），某些鋼鐵兄弟會的任務失敗，之後開啟鋼鐵兄弟會任務：鋼鐵兄弟會關閉。
- 離開學院，找到鋼鐵兄弟會所在，加入他們並表示衷心。任務Spoils of War解鎖。
通過傳送裝置來到大核融合大樓樓頂，消滅敵人後，往下一層樓來到行政大廳，從桌上拿走以下物品：大核融合廠高層實驗室密碼和大核融合廠ID。打開一扇門，找到行政研究實驗室終端機，使用密碼，打開第一封郵件可以找到鈹震盪器。
之後前往電梯，利用大核融合廠ID啟動電梯，一路降下，在下降過程中有很多敵人會向你射擊，注意反擊。
降到一半時電梯電源被切斷停下來，出去恢復電源。消滅敵人後，找到電路斷路器，回到電梯即可。
正對面二層的門後就是電路斷路器
如果不出去恢復電源也可以（恢復電源可以把戰鬥減小到最低）。找到位於北邊的房間，用在桌子上找到大核融合廠實驗室鑰匙進入相鄰的房間，下樓，同時注意潛伏的敵人。找到逃生電梯，運用身份卡進入電梯。
到達消毒區域後，前往核反應室。按按鈕消毒，門會打開。這裡輻射非常強，如果沒有準備防輻射的衣服，那麼方法是：迅速往目標地點衝（要上臺階），等到受到輻射量較大的時候立刻磕兩發消輻寧，這能爭取幾秒鐘時間，然後循環往復，直至拿到鈹震盪器再衝回來，按下按鈕，輻射影響停止。
之後工廠裡的機器人被激活。消滅所有這裡的機器人後（需要上樓梯找炮塔和偵查員），進入電梯上升。
上來後，可以選擇幫助學院消滅這裡的兄弟會成員，也可以選擇直接離開。之後回到學院和艾利·菲爾摩對話。大核融合廠5樓有加力量的大頭娃娃，8樓有特斯拉科學雜誌。在該任務之前，你最多上到5樓（除非你有噴氣揹包）。可以趁這個機會搜刮一下。
大核融合廠分層地圖
壓制住
和父親大人對話，有了之前在大核融合廠中的成功，反應堆將能夠更好的運行了。但是名叫華勒斯的科學家還未來到此處，以至於反應堆還是停止了運轉。離開兄弟會，向西穿過劍橋前往指定地點。找到公園西面的莊園。根據你之前的選擇，會遇到以下幾種不同情況：
- 如果在之前的遊戲流程中沒有與義勇兵兄弟會往來過，在解救聯繫人之前你要消滅屋外的槍手。
- 如果在之前的遊戲流程中與義勇兵兄弟會往來過，其中一部分他們的人會等待攻擊指令。
如果是第二種情況，你可以繼續選擇：
- 同意攻擊，與研究所敵對。當研究所力量被消滅後，被學院驅逐任務將會解鎖。
- 命令義勇兵兄弟會取消攻擊。
在莊園裡，與研究所聯絡人恩裡可·湯普森對話。華勒斯在相鄰的房間中保持著警戒狀態，與他溝通，勸服他解除警戒狀態並走出來。溝通失敗也不要緊，學院會強行把他帶走。
啟動
回到學院與父親大人對話，他會讓你錄製一段錄音。旁邊的桌子上有話筒，直接去錄製，錄製過程中可以選擇措辭，父親大人也會做出反應。
之後來到鑽石城市集，來到鑽石城電臺。在房間的桌子下面拿到三個電臺用的部件，然後要把他們放到正確的機器裡。從左到右分別為：按鈕、水管轉盤。之後重新設定發信器目標完成。
快速移動返回學院，前往學院學院先進系統，一路往前打開門進入學院反應爐。如果你與父親大人意見一致的話，開啟反應堆的門並激活核心，進入終端開始進行啟動程序。
之後會進行一場討論會，在這裡回答各個部門主任提出的所有問題。你必須決定是專注於合成人開發，或者合成人隊伍的研發。無論你選擇什麼，都會與學院結盟，當然，這會對你與其他派系的關係造成影響。
到此為止
父親大人命令你幹掉鐵路，直接快速旅行到老北教堂，和戴瑟蒙娜對話。你可以選擇是否幹掉他們，如果選擇幹掉他們的話，則鐵路組織被殲滅，相關任務也無法繼續完成，慎重。
殲滅鐵路組織後，回去和父親大人談話。開啟下一個任務。
飛船墜落
下一個要幹掉的就是鋼鐵兄弟會了。你需要以下計劃來完成：在學院先進系統與黎博士碰面（如果她不在，找伊萬·沃森），選擇“是時候了”選項。他們會解釋計內容。
來到波士頓機場，首先要摧毀三個發電機，讓學院可以傳送合成人過來。地圖上標出了發電機的位置，中途會遇到機槍炮塔和其他敵人的攻擊。但可以遠距離摧毀發電機，具體位置如下：
第一個在垂直飛機起降場的較遠一側。
第二個要從電梯上去，有機器人和機關炮塔看守。
第三個位於在自由至尊的附近。
每摧毀一個合成人都會開始傳送。
在鋼鐵兄弟會的支援下，來到自由至尊，一個超大機器人。一路上上樓梯都頂部，合成人會開始駭入自由至尊，你需要保護這個過程。期間，鋼鐵兄弟會的成員會不斷湧入。玩家需要儘量留意合成人的情況，首要目標是始終留意合成人，保證合成人處於下圖的姿勢。這樣可以最快結束這個過程，降低戰鬥成本，當然作為晚期任務，最好還是多準備一些彈藥和補給。同時玩家也可以放置遠距離傳送信號燈召來更多合成人（這是一個可選任務目標）。
駭客完成後，在一個大爆炸中，任務結束。
核子家庭
返回學院和父親大人對話，學院任務結束，結局動畫播放。
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