新汽車站位於金井灣大道與壇西大道交匯處西北側，由客運站和公交站兩個單體組成，客運主站房共5層，公交主站房共3層(三層定位為辦公場所，二層用作候車廳)。
平潭新汽車站於2019年6月26號啟用，平潭至廈門、莆田、泉州、福安、長樂、羅源、連江、閩清、永泰、閩侯(甘蔗)、福州新西站專線、福州西園站專線的班次將遷移至平潭新汽車站始發。
舊汽車站仍作為平潭至長樂機場、福清、福州南站、福州北站班次的始發站。
其中公交首末站為閩運新客運站的線路包括10路、11路、12路、20路、22路、27路公交車，而金井新區方向的3路、7路公交車途經新汽車站，20路優化延伸原平潭舊汽車站，現延伸到新汽車站。
1路、2路、8路、9路公交可在厝庠站下車，然後步行到新汽車站。
新車站整潔美觀，分流了部分客流，減輕了舊車站的負擔，也是平潭新的地標建築之一。
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