西紅柿是最常見的食物之一，在科學研究中也經常被來研究植物的生理過程。這種進水樓臺的優勢，使得早期的轉基因作物研究也經常以它為對象。
八十年代以前出生的人，或許還能記得“小時候的西紅柿”跟現在的最大區別：皮薄、易壞——成熟的西紅柿，放不了幾天就變軟，然後一碰就破。
西紅柿的軟硬很大程度上由其中的果膠決定。西紅柿中有一種叫做“多聚半乳糖醛酸酶”的蛋白質，作用是分解果膠。果膠被分解了，西紅柿就失去了硬度。美國有個叫做Calgene的生物技術公司，在西紅柿中基因中插入了這個酶的反義DNA序列，這種酶的量就大大減少了。他們把這個經過基因改造的西紅柿品種被命名為“Flavr Savr”，並且在1992年和1994年先後獲得美國農業部和食藥局的批准，成為了世界上第一個被批准種植的轉基因作物。
1994年，這種西紅柿在芝加哥和加州的戴維斯上市，因為保質期更長而大受歡迎。然而，對新事物的好奇過去之後，人們對它的熱情就逐漸減退。除了保質期更長，它並沒有別的優勢，而且生產和運輸的成本都比較高，也就大大影響了它的市場競爭力。
雪上加霜的是，不久之後就有其他公司推出了傳統育種得到的新品種，不僅有著類似的“不易變軟”特徵，而且風味更好，價格更便宜。“Flavr Savr”在1997年黯然退出了市場，完全成為了農業發展史上的一座里程碑。而開發它的Calgene公司，也被轉基因巨頭孟山都收購了。
英國也開發出了類似的轉基因西紅柿。1996年，英國一家名為Zeneca的公司用它生產西紅柿醬。跟傳統的西紅柿醬相比，這種轉基因西紅柿醬更加粘稠，而價格比傳統的西紅柿醬便宜20%。口感更好、價格更低，也就有了足夠的吸引力。在接下來的幾年中，這種西紅柿醬一度比傳統的西紅柿醬更受消費者喜愛，總共銷售了180萬瓶——在英國這個小地方，這個銷量也算不小了。
沒想到它很快就“躺著中槍”了。當時英國有一些機構在研究轉基因土豆的安全性。本來，轉基因作物的安全性是“個案審核”——一個轉基因品種怎樣，並不能擴展到另一個品種上去。而且，這些機構研究的轉基因土豆還只是處於研究階段，並沒有被批准種植。它們是否存在問題，跟已經獲批上市的轉基因西紅柿完全無關。但是對公眾來說，“轉基因”是一個框，與這個框有關的新聞，都很容易被演繹擴展到所有的轉基因作物身上。
1998年8月，英國羅維特研究所的Pusztai博士接受了一次電視採訪。他宣稱在研究中發現“餵養轉基因土豆的大鼠小腸上皮組織比對照組的厚”，而這“與免疫能力有關”，而且“可能是土豆的轉基因操作導致的”。他認為這些轉基因土豆的安全性值得關注，應該做更多的實驗來進一步評估。
這次採訪迅即引起了軒然大波，許多媒體跟進並演繹成了“轉基因有害健康”的驚人結論。羅維特研究所隨即對該該項研究進行了調查，結論是Pusztai博士的數據並不支持在他電視上宣稱的結論。研究所暫停了Pusztai的工作，並且拒絕跟他續簽工作合同——這導致了22名各國科學家的聯名反對。英國皇家學會也組織對這項研究進行了評議，在1999年2月公佈結論，認為這項研究從實驗設計到數據解讀都存在問題，得不出作者的結論。
1999年5月，《柳葉刀》雜誌發表了一篇評論，對涉及的各方都進行了批評——他們指出Pusztai博士“未經同行評議在科學雜誌上發表，就在媒體上宣佈研究結論”的做法是愚蠢的，也批評了皇家學會的做法並不恰當。後來，這項研究的論文被投到了《柳葉刀》，而柳葉刀把它送給了6位同行進行評議（通常的論文是2位同行評議）。結果，有4位專家同意發表，一位認為“研究有缺陷”，但應該發表提供給學術界評判，還有一位專家認為“研究有缺陷，不應該發表”。最後，這篇論文還是發表了。
雖然這項研究跟轉基因西紅柿沒有關係，而且研究本身也存在諸多問題，但普通公眾不可能去深入瞭解其中的是非曲直。當有足夠多的消費者對它產生疑慮，商家就推出了非轉基因西紅柿醬來迎合市場需求。1999年之後，這種西紅柿醬就再也沒有出現在貨架上。
後來還有很多轉基因西紅柿獲得了商業化種植許可。比如孟山都的耐儲存西紅柿，通過轉基因來抑制乙烯的產生，從而使得西紅柿可以在藤上成熟，採摘之後還可以保存很長的時間。中國也有類似的轉基因品種，早在1997年就獲得了種植許可。
但是，通過傳統育種也得到了具有類似特徵的品種。它們更容易被市場所接受，在跟轉基因品種的競爭中也就取得了先機。
在技術上，這些轉基因西紅柿獲得了成功；在監管上，它們也通過了所有的流程；但是在商業上，它們缺乏足夠的市場吸引力因而都沒有獲得成功。後來的轉基因西紅柿瞄準了更多獨特的特性，比如抗凍、耐旱、耐鹽、抗蟲等等，此外還有一些提供營養、改善風味、甚至產生某些口服抗體或者活性多肽的轉基因西紅柿也在研究開發之中。
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