好的育苗設施重要，但育苗管理水平更加關鍵，兩者搭配才能育出好苗子。隨著各地育苗場的大量興建，育苗技術人員緊缺，水平參差不齊，育出的苗子也不是很穩定。那麼，如何判斷一個苗場的管理水平高低呢？
1.水肥管理
澆水是考量育苗水平高低的關鍵因素，當前多數新建苗場都採用行車澆水，自動化程度較高，注意根據天氣及時調整澆水量。一般來說，若穴盤覆蓋的珍珠岩出現綠苔，就代表近期澆水過多，需要減少澆水量；若植株萎蔫，尤其是在夏季高溫水分蒸發快速的時候，則應在下午人工適量補水。苗床外側與內側水分蒸發量不一樣，要間隔3-5天調整一次，確保內外長勢一致。
種子發芽後，需要的營養較少，但穴盤育苗基質少，營養含量低，更容易出現缺素問題，尤其是苗齡期較長的蔬菜品種，要注意用肥情況。目前，山東壽光等地地下水鈣鎂含量豐富，育苗場補肥時一般只補充優質全水溶性肥料即可，主要含氮磷鉀及部分微量元素。但在一些河湖水為主的地區，水源中鈣含量低，很多育苗場仍然使用普通全水溶性肥料，就容易出現問題，如抗病性差、黃葉、苗子細弱等，需要適當補充鈣鎂等中微量元素肥料。
2.用藥管理
育苗過程中，病蟲害防治是個不得不提的問題。近年來，因為苗子定植後病蟲害高發，尤其是死棵、蟎蟲等，造成種苗糾紛的例子每年都有很多。此外，因為防治病蟲害出現藥害，影響苗子質量，造成苗子後期出現畸形花、無頭苗等的例子更是不少。菜農進入育苗場，要仔細檢查苗子生長狀況，沒有病斑、蟲害，還要查看常用藥劑，諮詢苗期用藥情況，不但要確保苗期無病蟲，還要確保苗期無藥害。
苗期常發生的病害很多，細菌、真菌、卵菌都有，要以預防為主，常用化學藥劑有銅高尚、百菌清、氯溴異氰尿酸等等，要求殺菌譜廣泛，安全性高，不容易出現藥害。苗子組織幼嫩，分化快，抗藥性差，很多定植後能用的藥劑，育苗期是不能使用的。如乳油類製劑、嘧菌酯、三唑類等，要儘量避免使用。
近年來，隨著生物技術的發展，微生物菌劑在育苗上的使用效果也非常突出。如用激抗菌968蘸根寶處理基質，可以有效促進根系生長，莖稈粗壯，苗子更加健壯，效果極為明顯。在預防病蟲害方面，微生物菌劑也具有獨特的優勢，預防效果好，廣譜性好，持效期長，用藥安全性好，如瓜類蔬菜白粉病可以用哈茨木黴菌和幾丁聚糖噴霧預防，細菌性病害可用熒光假單胞桿菌、枯草芽孢桿菌等。
蟲害也是苗期高發問題，尤其是葉蟎、粉蝨等，同樣要加強預防。通過防蟲網等物理措施，可以避免蝶蛾類害蟲、粉蝨、蚜蟲等體形稍大的害蟲進入，但葉蟎、薊馬等體形小，仍然可以隨著空氣進棚棚內，尤其是夏季溼簾風機開動時，需要從棚外抽取空氣，一旦棚外有較多的葉蟎等蟲源，就容易造成葉蟎、薊馬暴發。育苗場要注意做好棚外清理，並及時觀察苗子生長狀況，及早發現蟲害情況，早用藥防治，避免其暴發為害。尤其是到了送苗前後，苗子更大，葉片重疊，噴藥難以噴透噴全，更要注意做好病蟲害防控，確保送苗後無病無蟲。
3.激素使用
夏季溫度高，苗子生長快，使用激素控旺是必備的手段。然而，激素使用是把雙刃劍，用好了苗子健壯，用不好則影響正常生長，甚至影響後續開花結果。
苗期控旺應選擇副作用小，較為溫和的控旺藥劑，如葉綠素等，注意根據天氣情況，提早用，少量多次使用。苗子生長速度快，正常的苗子就是一般的綠色，若苗子葉片深綠，則表面控水過度或激素濃度過高，苗子生長受到過度抑制。而苗子是花芽分化開始的階段，苗期控旺過度，極容易影響苗子後續的花芽分化，造成畸形花、畸形果增多。
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