木葉忍者村突然遭到九尾妖狐的襲擊，第四代火影犧牲生命將妖狐封印到當時還是嬰兒的鳴人身上。村人將鳴人當做妖狐的化身，對他冷眼相待，鳴人為了得到大家的認同而不斷在村裡搞惡作劇，以引起人們的注意。
鳴人的目標是成為村子裡最偉大的忍者“火影”，讓所有人認同他的存在。在忍者學校是萬年吊車尾的鳴人，終於得到伊魯卡老師的認同而順利畢業，並和同期畢業的佐助、小櫻分配到同一小組。
指導上忍卡卡西為了培育鳴人他們的團隊合作精神而在生存訓練中設下各種考驗，最終判定他們合格，也使得鳴人他們學習到了團隊合作的重要性。
卡卡西小組收到任務，保護造橋專家達茲納回到波之國。但在任務途中，他們遭到霧忍者村的叛忍桃地再不斬的攻擊，這也成為了他們的第一次實戰。
眾人在戰鬥中各自都有所成長，也瞭解到了忍者世界的殘酷性。鳴人他們完成任務回到村子，卡卡西推薦他們參加即將舉辦的中忍考試。
考試會場中強手雲集，而在考試過程中，鳴人他們遭到原屬木葉忍者村、已經叛離村子的大蛇丸的攻擊，佐助也被大蛇丸在身上留下了咒印。
之後，鳴人和佐助順利通過預選賽，併為即將到來的正式考試作準備。鳴人得到木葉三忍之一的自來也傳授忍術，而佐助則是受到卡卡西的專門指導。但與此同時，大蛇丸正在暗地裡醞釀著陰謀，那就是聯合砂忍者村一同襲擊木葉。
鳴人在正式考試的第一場擊敗了人稱天才的日向寧次，向大家證明了自己的實力。
但在考試中途，音忍和砂忍們開始向木葉忍者村發動攻擊，考試也被迫中止。大蛇丸向第三代火影發起挑戰，在一場激戰過後，第三代火影戰死，而大蛇丸也付出了失去兩隻手臂的代價，被迫撤退。
鳴人則與砂忍者村派來的“兵器”我愛羅交手，並打敗了我愛羅。木葉忍者村由於大蛇丸的陰謀而受到極大的損傷，就在此時，已經叛離木葉的宇智波鼬突然現身。
鼬是佐助的哥哥，曾經將一族的人們全部殺光而離開村子，這次他與霧忍者村的幹柿鬼鮫一同來到木葉，似乎是以鳴人體內的九尾作為目標，並且是受到名為“曉”的組織的命令。
佐助得知鼬回到村子，向鼬發起挑戰，但卻遭到慘敗。此後，自來也為了尋找新任火影的候補人選綱手，同時也為了幫助鳴人修行，而和鳴人一起外出尋找綱手的下落。
大蛇丸找到綱手，希望她能治療自己的雙手，並提出可以讓她再次見到她最重視的兩人的條件。綱手為此猶豫不決，這時鳴人和自來也找到了她。
綱手對繼任火影一事心灰意冷，但她看到鳴人為了成為火影的夢想而刻苦修行的樣子，也逐漸改變了想法。之後綱手拒絕了大蛇丸的請求，昔日的三忍展開激烈的戰鬥，鳴人也終於練成了自來也所傳授的螺旋丸，打敗了大蛇丸的隨從兜。
最後大蛇丸被逼退，綱手跟隨自來也和鳴人回到木葉，成為第五代火影。
佐助因為鳴人實力的飛速成長而感到焦慮，這時大蛇丸的使者音忍四人眾前來說服他離開木葉前往音忍者村。佐助為了得到更強大的力量以向鼬復仇，而離開了村子去找大蛇丸。
鳴人、鹿丸等人結成五人小隊前去追趕佐助，途中分別與音忍四人眾以及隨後趕到的君麻呂展開戰鬥，期間得到了砂忍者村援軍的助力，好不容易才將敵人一一擊敗。
鳴人追上了佐助，但佐助不打算回到村子，兩人使出渾身解數展開激戰，最後鳴人還是功虧一簣，敗在佐助手下而沒能挽留佐助。之後鳴人回到村子，打算和自來也一同外出修行，以使自己變得更強。
在外修行了兩年半的鳴人回來了。但此時的“曉”也開始蠢蠢欲動，已經成為砂忍者村風影的我愛羅被“曉”成員迪達拉和蠍擄走。鳴人和卡卡西小組為了救出我愛羅而前往砂忍者村，並找出了“曉”的根據地，但我愛羅已經被抽離尾獸而死亡。
憤怒的鳴人不顧一切地追趕迪達拉，而小櫻和砂忍者村的千代婆婆聯手與蠍交戰，最終將蠍打倒。千代婆婆犧牲自己的生命，使用轉生忍術將我愛羅復活，鳴人他們回到木葉忍者村。
卡卡西由於勞累過度而住院，暗部的大和代替卡卡西帶領卡卡西小組，新的成員佐井也加入了隊伍。他們利用從蠍那裡得到的情報，前往天地橋打聽有關佐助的消息。
但佐井實際上卻是奉上司團藏的命令執行暗殺佐助的極秘任務，本打算執行任務的他在看到鳴人與佐助的羈絆之後改變了想法。
鳴人等人終於在大蛇丸的根據地與佐助重逢，但佐助仍然不打算回心轉意，還是選擇和大蛇丸一起離開。而佐井則因為這一任務的契機成為了鳴人他們的同伴。
鳴人為了學得比螺旋丸更強的忍術而展開修行，此時“曉”的成員飛段和角都為了捕獲九尾而入侵木葉，與第十班的成員交戰，阿斯瑪在這一戰中中了飛段的咒術而犧牲。為了替阿斯瑪報仇，鹿丸等人結成新的小隊，與卡卡西一道向飛段和角都挑戰。
鹿丸運用過人的智慧打敗了強敵飛段，而鳴人也終於學成了新術“風遁·螺旋手裡劍”，來到戰場支援，一擊打倒了角都，贏得勝利。此時佐助認為自己已經獲得了超越大蛇丸的力量而突然向大蛇丸發難，破解了他的轉生忍術，打倒了大蛇丸。
佐助找到了大蛇丸原先的部下水月、香燐和重吾，四人組成名為“蛇”的小隊，為了尋找鼬而展開行動。在此期間，佐助與“曉”的迪達拉遭遇並交戰，迪達拉敗於佐助手下，為了證明自己的藝術而自爆，佐助卻躲在了萬蛇的體內而躲過一劫。
迪達拉的隊友、戴著面具的“曉”的新成員“阿飛”本以為也死於爆炸之中，但“阿飛”卻突然在“曉”的首領佩恩面前出現，並自稱為“宇智波斑”，以幕後黑手的姿態現身。
自來也為了獲取“曉”的情報而潛入雨忍者村，在那裡遇到佩恩和小南，並認出佩恩就是自己昔日的徒弟長門。雖然自來也啟動仙人模式與佩恩六道交戰，但還是不敵輪迴眼的力量。
自來也為了得到敵人的情報而犧牲，並讓深作仙人將情報帶回木葉。佐助終於找到了鼬，和鼬展開激烈的戰鬥，兩人各自施展自己的絕技發動攻擊。
佐助由於查克拉耗盡而導致隱藏在體內的大蛇丸重新現身，但鼬卻利用須佐能乎手裡的十拳劍封印了大蛇丸。鼬也由於早已身染重病，在激烈的戰鬥過後就倒地身亡。佐助也因力量耗盡而倒下，被“阿飛”帶走，“阿飛”告訴了他關於鼬的真相。
佐助得知了鼬想要保護自己和村子的心意，而決定毀滅木葉忍者村。佐助將“蛇”小隊改名為“鷹”，為了得到“曉”的幫助而答應他們前往雲忍者村捕獲八尾。
鳴人得知自來也戰死的消息而大為悲痛，為了替自來也報仇而決定前去妙木山修煉仙術。此時佩恩六道突然對木葉忍者村發動攻擊，並幾乎將村子毀滅了，連卡卡西也在和天道的交戰中犧牲。
學成仙術的鳴人回到村子，接連打敗了六道中的五人，在與天道交戰中由於目睹雛田為保護自己而重傷，導致體內的九尾暴走，此時鳴人的父親第四代火影突然出現在鳴人的精神世界中，阻止了九尾。
鳴人由於父親的幫助而重新回到戰場，打倒了佩恩天道。鳴人找到了佩恩們的本體長門所在的位置，說服長門重新找回昔日的理想，長門施展輪迴天生之術讓包括卡卡西在內的已經犧牲的木葉村人們復活，自己也因此而死去。
鳴人由於保護了村子而成為英雄，得到村人們的景仰。雷影因為弟弟奇拉比被佐助擄走而暴怒，決定召開五影會談以制裁“曉”。
綱手在之前的戰鬥中由於消耗大量查克拉而昏迷不醒，團藏藉機奪取了火影之位，並前往鐵之國參加五影會談。佐助為了殺死團藏而入侵會場，遭到五影的連續攻擊，在千鈞一髮之際被“阿飛”救走。
“阿飛”宣稱自己將要實現“月之眼計劃”，並向在場的眾人宣告將要發動第四次忍界大戰。佐助則在那之後追上了逃離會場的團藏，在一番戰鬥後將團藏殺死。
為了準備即將到來的大戰，並保護八尾和九尾，鳴人被送往雲忍者村準備的秘密基地，在那裡遇到八尾人柱力奇拉比，並向他學習控制九尾的方法。
鳴人在精神世界中遇到母親玖辛奈，玖辛奈告訴了他關於他出生那天發生的事情，以及九尾入侵木葉的真相。
鳴人在母親的幫助下成功地控制了九尾，並得到了新的力量，察覺到了暗中潛入此地的鬼鮫的存在。打算逃走的鬼鮫與阿凱交戰，被阿凱打倒，為了守護情報而自殺。
“阿飛”為了奪取輪迴眼來到雨忍者村，並殺死了一心守護長門遺體和輪迴眼的小南，更和獲得大蛇丸力量的兜聯手，以兜的穢土轉生大軍和“阿飛”的白絕大軍發動了戰爭。
五大國的忍者們也團結一致，組成忍者聯合軍，第四次忍界大戰終於開戰。鳴人在修行期間察覺到了外部的戰爭，和奇拉比一同趕往戰場，而佐助也在移植了鼬的眼睛之後趕往戰場。
穢土轉生的忍者們和白絕接連被打倒，這時兜突然把真正的宇智波斑利用穢土轉生召喚出來。五影為了對付斑而一同趕到戰場，鳴人和奇拉比則與“阿飛”和人柱力軍團展開戰鬥。
佐助在趕往戰場的途中與穢土轉生的鼬相遇，為了向鼬詢問當年的事情而追趕鼬，和鼬一同來到兜的根據地，兩人聯手打倒了兜。
鼬解開了穢土轉生之術，和佐助告別，而佐助則為了尋找答案而利用大蛇丸的咒印復活了大蛇丸，和“鷹”的成員一起前往木葉忍者村，利用穢土轉生之術使歷代火影復活。
佐助從初代火影那裡得到了自己想要的答案，希望能守護鼬的意志，而和歷代火影一同趕往戰場。
“阿飛”的面具在鳴人等人的奮戰之下被打碎，眾人也發現“阿飛”的真實身份竟然是卡卡西的昔日好友宇智波帶土。
帶土當年在大戰期間死裡逃生被斑所救，由於目睹卡卡西殺死琳的瞬間而對世界陷入絕望，此後便繼承斑的意志打算實現“月之眼計劃”。
帶土和斑復活了集結所有尾獸力量的十尾，鳴人這邊也集合聯合軍忍者的全部力量與敵人展開戰鬥，而佐助也隨後趕到，昔日的第七班終於再次重聚。
帶土獲得了十尾之力，一度讓眾人陷入苦戰，並打算利用十尾的本體神樹發動月之眼，但在眾人的奮戰之下其體內的尾獸也被抽離，鳴人說服帶土重新正視自己。
帶土在奄奄一息之時遭到黑絕的控制而發動輪迴天生之術使斑完全復活，斑抽離了鳴人體內的九尾，又用劍刺穿了佐助的身體，在奪取了全部尾獸之力後成為十尾人柱力。
阿凱為了打倒斑而開啟八門遁甲，差一點便將斑逼入絕境，但阿凱最後還是因為力量耗盡而倒地。鳴人和佐助在生命垂危之際見到了六道仙人，並被六道仙人賜予力量而獲得了更加強大的力量。
重返戰場的鳴人和佐助利用六道之力壓倒了斑的力量，但斑在奪回了輪迴眼之後開始施展無限月讀，讓全世界陷入了幻術當中。
鳴人、小櫻和卡卡西受到佐助輪迴眼須佐能乎的保護而免於一難。斑遭到黑絕的偷襲。黑絕利用斑的身體使六道仙人的母親輝夜復活。
輝夜的目的是利用無限月讀製造白絕大軍並取回自己的查克拉，為此而打算將妨礙她的鳴人等人抹殺，將在場的眾人傳送至自己的空間。
第七班眾人在輝夜的空間中與輝夜交戰，得到鳴人救治而甦醒的帶土也加入鳴人等人的陣營一同作戰。與此同時，留在原先世界的四位火影在機緣巧合之下召喚出六道仙人的查克拉。
帶土為了保護鳴人等人而被輝夜擊殺，卡卡西暫得到帶土寫輪眼的力量而開啟須佐能乎，第七班眾人終於合力將輝夜封印，並在六道仙人的幫助下回到原來的世界。
斑在和柱間互相敞開心扉之後死去。六道仙人解除了穢土轉生的忍術，水門在離開之前對鳴人祝賀“生日快樂”，鳴人也向水門說出了自己一直以來沒有說出口的各種話語。
佐助說出自己的真正目的是“革命”，為此要將現任五影一併處決，並將終於重獲自由的尾獸們再次囚禁。在六道仙人對這樣的結果表示無奈之際，鳴人告訴他自己必將阻止這樣的輪迴，並與佐助展開決戰。
兩人在當初曾經戰鬥過的終結之谷再次展開激烈的戰鬥，並在戰鬥中確認了對方的心意。
在最後一擊的對決中，兩人各自碎了一隻手臂，再也無力站起來的同時，終於說出了自己對對方的認同，佐助認輸……二人共同解除了無限月讀，包括真正的阿飛在內的所有剩餘白絕也都隨無限月讀的解除而死亡，忍界重新恢復了和平。
數月後，卡卡西成為第六代火影。而佐助決定離開木葉遊歷世界，與鳴人等人道別……時光飛逝，在大戰結束後十幾年，當年的年輕忍者們已經各自成家立業，而鳴人也終於實現了他成為火影的夢想，作為火之意志的繼承者，守護著村子裡的人們……（完）。
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