近年來，設施蔬菜發展迅速，為了獲取更高的種植效益，大棚蔬菜連年重茬種植，化肥用藥的用量逐年增加，土壤惡化現象越來越顯著。而土壤微生物作為土壤生命活力的重要組成部分，對農作物安全、土壤生態系統變化、汙染物轉化、甚至氣候變化等，均有很大的影響，也是土壤質量評價指標之一。並且研究表明，土壤微生物及其代謝產物還擁有新型抗生素和其他藥物的重要資源，可製成不同用途的微生物農藥，用來防治蔬菜病害、根結線蟲、病毒等，毫不誇張地說，土壤微生物就是未來的“藥神”！
微生物的作用
土壤改良：有益微生物菌在活動過程中通過氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸或產生的糖類物質，與植物粘液、有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，並能改善土壤的通氣狀況，促進有機質、腐植酸和腐殖質的生成。
養分轉換：微生物菌能夠活化土壤有機與無機養分，增加養分的有效性，促進土壤中元素的釋放及螯合，可提高肥料利用率10％-30％。
清潔土壤：微生物菌在其繁殖和代謝過程中，可以降解土壤中殘留的化肥、農藥、重金屬和其他汙染物等，把他們分解成低害甚至無害的物質，從而降低土壤汙染的程度。某些微生物菌能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，它們對土壤進行“解毒”和“保健”，達到防治和減少土壤中有害微生物菌對植株的危害，提高植株的產量和品質。
提高果實品質：據資料顯示，側孢芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、凝結芽孢桿菌等可降低植物體內硝酸鹽含量20%以上，能降低重金屬含量，可使果實中Vc含量提高30%以上，可溶性糖提高2—4度。乳酸菌、嗜酸乳桿菌、凝結芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等可提高果實中必需氨基酸(賴氨酸和蛋氨酸)、維生素B族和不飽和脂肪酸等的含量。使果實口感好，耐儲藏，品質高。
常用的微生物農藥
預防土傳病害：如芽孢桿菌，細菌的一種,是土壤中的優勢種群,包括枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、蠟質芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、膠凍樣芽孢桿菌、側孢短芽孢桿菌等等，衝施可防治根腐病枯萎病等多種土傳病害，葉面噴施對白粉病、霜黴病、疫病等也有很好的效果；此外，木黴菌，對於立枯絲核菌、鐮刀菌、、黑根黴和柱孢黴等病原菌引起的植物病害有防治作用。
預防害蟲：如蘇雲金桿菌（Bt），在防蟲方面已經應用多年，可防治菜青蟲、小菜蛾等鱗翅目、直翅目、鞘翅目的多種害蟲。白僵菌是世界上用防治害蟲面積最大的真菌之一，對防治鞘翅目的害蟲特別有效。它可以侵害蚜蟲、白粉蝨、蠐螬、薊馬等。綠僵菌是一種廣譜的昆蟲病原菌，防治效果與白僵菌相差無幾。
預防線蟲：如淡紫擬青黴或厚孢輪枝菌等菌種，淡紫擬青黴是植物寄生線蟲的重要天敵，能夠寄生於卵，也能侵染幼蟲和雌蟲，可明顯減輕多種作物根結線蟲、胞囊線蟲、莖線蟲等為害，是目前防治線蟲非常有前途的生防菌劑；厚孢輪枝菌是一種兼性寄生菌，既能在土壤中自力更生營腐生生活，又能寄生於植物根區的球形胞囊線蟲、胞囊線蟲和根結線蟲中，減少線蟲的繁殖，同時對作物根系的生長也能起到促進作用。
預防病毒病：利用微生物菌代謝產物製成的核苷酸、甘氨酸、脂肪酸、菇類蛋白、氨基寡糖素、氮苷·嗎啉胍等，通過活化植株自身抗性基因，並誘導作物產生抗性物質溶解病菌的細胞壁，破壞病菌的生長點，抑制並殺死病菌，鈍化病毒，增強作物抗逆性。
此外，還有從微生物菌代謝產物中提取的抗生素農藥，如寧南黴素、嘧肽黴素等，可以在一定程度上抑制病毒病的增殖（即抑制病毒核酸的複製和外殼蛋白的合成），同時對植株還具有明顯的促長作用。
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