海幢寺始建於南漢時期(公元907年~971年)，迄今有一千多年曆史，是廣州市重點文物保護的寺院。它以寺貌莊嚴、殿宇雄偉、高僧輩出面(而)聞名於世，被譽為廣州市“五大叢林”之一。
據史料記載：本寺南漢時期為千秋寺。後來由於歷史原因，被廢為民居。明朝末年，為富紳郭龍嶽的園地。時有光牟、池月二位法師，向郭氏募得此園，建造寺院，並依《華嚴經》經文中“海幢比丘潛心修習般若波羅密多心經成佛”之意，以海幢比丘的名字，取名海幢寺。
清初有曹洞宗第三十三祖空隱大師主持此寺，天然大師(三十四祖)、阿字大師(三十五祖)先後在此住(主)持弘法。永曆皇帝舊臣金堡，也在此出家，法號今釋，又名澹歸。當時阿字和尚得到平南王尚可喜的支持，購地擴建寺院。在康熙期間寺院不斷擴建，最鼎盛時期，住僧眾逾百。寺院規模宏大，全寺範圍，北至珠江之濱，東及前進大街；南沿萬松嶺(今紅十字會醫院、南武中學一帶)。清代海幢寺全盛時，既是弘揚佛法之所，也是廣州市民遊春勝地之一。
清光緒初年，海幢寺日漸式微，東北曠地也變為民居。至清末民初，由於戰亂，文物古蹟遭嚴重破壞，除大雄寶殿、天王殿、塔殿外，其餘殿宇多被拆毀。民國十七年(1928年)，海幢寺被沒收並闢為“河南公園”。民國二十二年九月(1933年)，又改名為“海幢公園”。然而，海幢寺院宗教活動一直沒有停止。解放後，在十年文革的活劫中，海幢寺再次遭到嚴重的破壞。
一九九三年，根據國家宗教信仰自由政策，經廣州市人民政府批准恢復海幢寺為宗教活動場所，並被確定為廣州市文物保護單位。海幢寺在終止宗教活動三十年後又重獲新生。寺院恭請德高望重的新成法師出任本寺住持。新成大和尚接管本寺之後，發(決)心為重興海幢寺而勞苦奔波，在短短几年之內，就修復大雄寶殿、塔殿，並重建天王殿、藏經閣、唸佛堂、及七層僧寮，重塑三寶大佛及四大天王金身，使海幢寺重現大叢林的氣派。
一九九三年以後，由於歷史原因，海幢寺與海幢公園同園，海幢寺只佔園中西側，因而失去佛教寺院應有的對稱和平衡，也給寺院的管理造成很大的困難。經新成大和尚及市、區各界人士多年不懈努力，終於在二00六年七月一日，經廣州市、海珠區人民政府年批准將公園歸為海幢寺管理使用，使歷經百年滄桑的海幢寺恢復歷史本來面目，邁進了歷史上又一興盛時期，功德無量。
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