原子組成了自然界的萬物。但是，萬物之間區分很大，最大的區分就是，有些具有生命力，有些沒有生命力。
也就是說，大家都是原子組成的，但是有些被組成了生命體，有些被組成了非生命體。
而只有具有生命特徵的個體，才會有複雜的思維活動，才會繼而演化出七情六慾，也包括了煩惱。
要注意的是，人類的這些七情六慾，都是演化出來的，這與人類的智力水平的提升有關。有證據表明，幾十萬年的人類先民已經對死亡有了深刻的概念。當種群中有人死去之後，同伴會用石頭對死者進行掩埋。可見，很早的時候，人類就已經有了比較複雜的感情活動，否則他們不會對死者做出這樣的事情。
那麼，為什麼人類這樣的智能生物要擁有複雜的七情六慾呢？首先，人類的大腦在不斷的進化，神經元的數量越來越多，這使得人類可以進行更多的複雜的思考，七情六慾就是思維的“副產品”。本質上，還是人類複雜思考的產物。
（神經元）
那麼，為什麼人類一定要進行復雜的思考呢？為什麼動物就沒有太複雜的思考和七情六慾呢？
這個就是人類與動物之間本質的區別。
人類和動物的身體構造，在生物學上沒有截然分明的鴻溝，但是人類大腦足夠複雜化，可以有高層次的思維活動。而越高級別的思維活動，越能讓人類擁有更好的學習能力，這些能力有益於人類擺脫愚昧，建立文明，而建立了文明之後，生產力被加速推動，社會組織制度更加嚴密和科學化，反過來增加了人類在自然界的生存能力。
一切生命的本質動力就是為了生存。而生命是負熵為主。任何一個生命體系都會本能的，竭盡所能的對抗熵增，維繫一個低熵的有秩序的系統。人類的一切特徵，從本質上來說，就是為了對抗熵增。這樣看，人類有了煩惱在內的七情六慾，並沒有沒有原因，歸根到底，還是一種為了對抗熵增而自然演化的產品。
至於說原子這樣的微觀粒子擁有思維，那是無稽之談。提問者並非這種意思。提問者是想問，原子沒有煩惱，為什麼原子可以組成有煩惱的存在，而煩惱從何而來。有些人不注意分析，所以有錯誤的解釋。
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