禪宗強調「一頓超三界，當下如來身」，就是掌握禪的超越性。修禪最重要的概念，就是了悟禪的超越性，並相應禪的超越性，而得到超越的力量。禪是超越時空的，不隨時空變化而改變其不生不滅的性質，地球未形成前它已存在，地球毀滅後，它也仍然繼續永恆存在，這是時間上的超越性。首楞嚴經上又說：「於一毫端立寶王剎，坐微塵裡，轉大法輪」，這是空間上的超越性，又有「芥子納須彌」，「一即多，多不礙一」，一大中含小，小中見大的說法，也是指禪的空間上的超越性。
其次談生理與心理的超越性---做坐禪要盤腿，盤腿必有痠痛麻之感覺，似乎妨礙禪定，但要能超越而不在乎，久而久之，自然不受痠痛麻之困擾而達不酸不痛不麻之境。又如初修時有生理障礙，腰痠，胃痛，鼻塞，頭疼，若能超越而不受生理的影響，則久之因禪本身具有生命力，可使器官老化者重生、新陳代謝不正常者，變為正常，壞死的細胞恢復生機加強其生命力。禪可使人從其生理上的病態超越到健康。
在心理意識上，從眼耳鼻舌身五官進來的資訊，隨意念之反應，因客觀環境與條件之不同，自我的慾望而形成種種「意識」，並進而影響我們的思想及進一步行為。「意識」是「相對」的價值判斷，是感性或理性的層次，而非絕對的真理（智慧的層次），並不一定正確，所以人類意識上的障礙，會帶來困擾，造成心理壓力，影響健康，影響人際關係。
生理作用與心理作用是禪之「用」而非禪之「體」，用隨外緣而變化，體恆常不變，清淨無為，故修禪者要放得開放得下，無得無失，才能超越意識入禪境。」大學上說：「君子務本，本立而道生」，就是指放下意識之末，超越意識到本體，方可見道。修禪更超越我們的知識，知識是大腦靠學習經驗吸收儲存的，是有限的、局部的而且不一定是對的，不一定是真理，更不具圓滿性。正如愛因司坦說：「科學的定律，不一定都是真理，原因是不曉得以時間配合空間」，常隨時空變化需要修正，若以執著於先入為主之知識，見解或學問，則失之主觀，不通達真理，不能入禪境，因為禪才是宇宙絕對的真理。若太執著個人之感受或太情緒化亦不能入禪境。要理性與感性平衡，永遠保持客觀，讓知識通達智慧，讓智慧圓融理性與感性，須超越個人的知識與感受，才能通達本心，才能入禪境。
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