工程合同的風險主要來源於兩大方面：一是合同條款中存在陷阱，在執行合同時，承包方或業主據此提出索賠或反索賠；二是合同本身帶來的風險，業主經常用較苛刻的合同條款把風險轉移給承包方，或承包方為了取得工程承包權主動提出優惠的條件，造成風險承擔上的不平衡。
合同風險
採用固定價格合同帶來的風險。這種合同形式，承包方承擔了大部分的風險。業主較喜歡採用固定總價合同，因為在執行合同過程中，承包方索賠機會少，業主承擔的風險相對較小，而且工程結算簡單。一是價格風險，例如報價計算錯誤、漏報項目等。二是工程量風險，因做標期時間太短，投標單位無法具體計算工程量，只能憑經驗估算，這是投標單位會處於兩難境地。算高或算低都要承擔相應的風險和虧損。
合同條款標準不明確帶來的風險。工程項目由於具有單件性、生產和技術複雜性，決定了工程合同的複雜性。合同中涉及許多標準和細節問題，如工程質量，若在專用條款中對於“約定標準”沒有做出明確具體的解釋或缺乏可操作性， 承包方很輕易造成拆除重建的返工損失，反過來說， 建設方也可能會造成永久的質量問題，給以後的生產經營造成隱患。
合同條款前後不一致所帶來的風險。無論是工程前期的招投標、中間過程中的變更，還是工程的洽商，這些方面的書面協議和文件在合同文件中具有最高效力，而且簽署在後的高於簽署在前的。假如在整個工程合同的執行過程中，簽署文件時出現了前後不一致的現象且不利於自己一方的條款，就會帶來額外的損失。
工程作業過程中設計變更帶來的風險。在工程作業過程中，由於工程項目的工藝和技術的複雜性， 經常涉及到工作量及其他方面的變更。這些變更必須經工程師的書面同意，否則，承包方擅自變更，即使是合理的也要賠償損失，且延誤工期，更易導致業主的反索賠。
工程款支付約定中的風險。工程價款的支付可分為四個階段:工程預付款、工程進度款、最終結算款和保留金。在合同實施過程中，工程進度款的支付是甲乙雙方矛盾存在的焦點，進度款的拖欠或提前支付都會給雙方帶來一定的風險。假如此條款不明確，對日後合同的實施，造成經濟糾紛和困難。
風險防範措施
做好籤訂合同前的準備工作，規避風險
做好前期工作規避風險是指承包商在投標前，應對投標文件進行全面透徹地分析和研究，詳細調查工程項目及業主的經營狀況和工程的競爭情況，以便做出準確的決策。
在合同談判階段，最好籤訂開口合同，如可變價格合同，或者材料價格據實調整等條件。在報價上也可採取一些策略，如將工程中一些風險大、花費多的分項工程或工作拋開，僅在報價單中註明，由雙方再度商討決定。
建立企業內部風險評估機制。不管是業主或承包商，風險評估是企業對即將面臨的各種風險加以分析和決策的過程。企業應該建立相應的風險評估小組，將項目的風險管理落實到相應管理部門或項目管理班子。
規範合同簽訂程序，控制風險
在合同正式簽訂前進行嚴格的審查把關。其要點是：施工合同是否合法，業主的審批手續是否完備健全，合同是否需要公證和批准；合同是否完整無誤，包括合同文件的完備和合同條款的完備；合同是否採取了示範文本，與其對照有無差異；合同雙方責任和權益是否失衡；合同實施會帶來什麼後果，完不成的法律責任是什麼，如何補救；雙方合同的理解是否一致，發現歧義及時處理的方式、方法。
對於合同，最好採用示範文本，並且在示範文本的專用條款用詞上要採用專業術語，以便界定明確。合同條款中要明確己方的違約成本、權利義務對等情況。對於合同的計價方式，在可以談判的情況下，儘量滿足己方的要求，以達到降低風險的目的。工程範圍不確定的風險，採用固定價格合同，雙方在專用條款內約定合同價款包含的風險範圍和風險費用的計算方法，在約定風險範圍內合同價款不再調整。
加強施工過程中合同履行的管理，降低風險
實施合同的過程也是合同履行的過程，在履行合同前，必須對合同進行交底，使參與項目的團隊成員都明白合同在履行過程中存在哪些風險，如何正確地行使合同權利和履行義務。
施工過程中可能存在的風險主要有工程變更風險、索賠風險等。
工程變更的風險：由於施工項目的複雜性和合同履行週期長以及不可控因素等原因，合同執行過程中經常涉及工程變更問題，既有業主以工程變更指令形式產生的工程變更，也包括由業主違約和不可抗力等因素被動形成的工程變更。工程變更對建設項目管理有著巨大的影響，往往導致建設項目工期延誤、返工增加以及勞動力窩工和機械停工、降效損失。
索賠的風險：施工過程中的索賠是常見的現象，但是要正確認識和理解索賠，索賠必須滿足合同中相應的索賠條款，施工過程中，要及時收集整理資料，而且必須按規定的程序按規定的時間進行索賠，否則索賠可能不成功，會造成比較大的損失，如建築工程施工合同示範文本規定。
轉移風險和開展索賠
工程索賠制度正是轉移風險的有效方法。還要注意向第三方轉移風險，主要通過履約保證、工程保險和工程分包等方式來實現風險轉移。
對於分包，當前建築業工程量大、造價高、技術要求高，很多工程需要多個專業或承包商合作完成。承包商必要時可以將風險較大的工程分包給專業公司，是轉移風險的一種方法，這樣會有多個的分包商參與到工程中，必然存在分包合同的風險。因此，加強分包合同和分包工程的管理，按程序履行承包商應該承擔的義務，特別是提醒義務，從而減少分包合同履行不符合約定給承包商帶來的風險。
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