商定之後，李連杰派人把方世玉的劇本大綱送給元奎。
過了幾天，李連杰找來元奎，因兩人都是老朋友，李連杰開門見山地說：“元導，我的劇本你也看了，就不多說了，我想請你執導方世玉一片，希望你幫我一把。”
元奎笑笑，爽快地答應了。見元奎答應，李連杰很高興。兩人開始討論起具體的事情來，元奎對李連杰說：“片子我想了一下，你拍方世玉有優勢，也很合適。而且古裝戲對你專長的動作有幫助，另外，方世玉這個人物用喜劇的方法去拍，觀眾容易得到新鮮感。”
李連杰說：“對，觀眾就是上帝。現在的電影只要視覺及聽覺上配合，動作瀟灑而有少許突破就可以，人的四肢打起來永遠都是那幾種，所以重要的地方是有個好劇本，可愛的人物。”
隨後，李連杰又說：“方世玉一片準備請蕭芳芳、李嘉欣、計春華、鄭少秋出演，蕭芳芳演苗翠華、李嘉欣演雷老虎的女兒、鄭少秋演陳家洛、計春華演反派于振海，你覺得合適嗎？”
元奎說：“蕭芳芳的工作態度我很佩服，他在身體不舒服時仍全情投入，她拿著劇本充分消化，自我豐富以臻完善，甚至與對手瞭解怎樣去表達一場戲，我想是她從影幾十年以來的經驗累積，除了女星著重的漂亮外型外，她還關心每一個人給觀眾的感覺，每一細節她都用心想過。這在演員中是很難得的；李嘉欣的選擇也很好，我們需要個純潔點的形象，她的第一個鏡頭很重要，我們要她用眼神演戲，這樣會有內容；至於鄭少秋，我想他在影片中著重體現出老大的感覺；計春華嘛，當反派當慣了，肯定是沒有問題的。”說完之後，元奎笑了起來。
李連杰也跟著笑了起來，說道：“這些人物一個人一種性格，方世玉頑皮正直，苗翠華潑辣張揚、雷老虎的女兒純情剛烈、陳家洛、于振海陰險惡毒。”
“那在武打動作上怎麼設計呢？我想在這部影片中區別於李小龍的生猛和成龍的拼命。”
元奎思考了一下，說：“在這部武打片裡要發揮你的特長，《黃飛鴻》一片中，除了有武學正宗遺留的大家痕跡之外，還表現出中國傳統文化薰陶出的儒雅。在方世玉電影中你仍要做到這一點，用舞蹈般華美的招數戲打對手，先禮後兵，後發制人，點到即止，招招留情，一次次將武藝與俠義完美地結合，既打敗了敵手，又打敗了觀眾。”
元奎的話說得李連杰很高興，他拍拍元奎的肩膀說：“好，武打設計就按你的辦！”
從元奎那裡回來後，李連杰便花精力想如何去塑造方世玉這個人物，為此，他鑽研了好長一段時間，李連杰希望在方世玉上有較大的突破，他說：“我不想讓人認為我只懂得演黃飛鴻，我想擺脫黃飛鴻的形象，去創造一個新的東西。”
最後他從方世玉與黃飛鴻的比較中獲得了靈感。
黃飛鴻的形象是一代宗師，他的心裡揹負沉重的包袱，有家庭的有國家的，所有其一舉一動都要穩重，就是武打動作的設計也不能輕浮，要沉得住氣。而方世玉是一個無憂無慮的年輕人，腦袋裡一切裡什麼也不想，做什麼事情都很直接，他的一些動作相對於黃飛鴻來說要隨意得多。
李連杰分析時說：“方世玉是一個很隨意，很機靈，有正義感的人，他出手的時候不會想到這一出手跟家族會扯上什麼關係，他只有母親，但母子關係卻原近乎姐弟感情，無所不談，路見不平，打過再說。”
“方世玉還有一個特點是少不更事，他的心目中只有父母。父親是嚴厲正義，母親是愛護有加。父親選擇紅花會時，說這一條路可能影響母子兩人今後的生活，方世玉胡亂說了一番後，仍然認定父親是對的！”
為了取得開門紅，李連杰為講好電影的故事耗盡心血，劇本幾經修改才定稿。《功夫皇帝方世玉之誰與爭鋒》一片的劇情簡介為：武功高強、行俠仗義的好漢方世玉深受反清組織紅花會總舵主陳家洛的青睞。然而，心狠手辣的紅花會二號人物于振海，認為方世玉是他爭坐總舵主之位的障礙，欲置方世主於死地。紅花會會員不知總舵主是當朝皇帝乾隆的親哥哥。居心叵測的日本浪人獲得了陳家洛的“身世書”欲交乾隆皇帝。陳家洛知道，一旦身世暴露，紅花會將面臨分裂的危險。於是，他派方世玉攔截日本浪人。方世玉不知要奪之物的重要性，途中為救一遭劫少女而未攔截成功。不久，密探稟報陳家洛，“身世書”落入兩廣總督孫士毅之手，而他的女兒孫安兒正是被方世玉解救的遭劫少女。陳家洛又派方世玉用“美男計”智奪“身世書”。孫安兒早已悄悄愛上方世玉，孫士毅也知他加入了紅花會。為降伏方世玉，他將計就計來個比武招婿。身手不凡的方世玉將美人孫安兒輕取懷中，痴情的孫安兒明知方世玉不是為她而來，仍真心成全了她的心上人。方世玉打開“身世書”頓時明白了一切。他爭忙打道回府，卻被官兵團團圍住，幸得孫安兒挺身相救轉危為安。方世玉對陳家洛身世守口如瓶，謊稱未取到，奸詐的于振海逼陳家洛新手廢掉方世玉的武功，受重傷的方世玉被母親和師兄帶回茅舍養傷。于振海則以陰謀手段綁架了陳家洛，爬上了總舵主的交椅。他斷定方世玉知道陳家洛的身世，為鞏固自己的地位，于振海決定帶兵追殺世玉。師兄為掩護方世玉被殺，方的母親也被於抓獲。為救母親，方世玉忍痛殺回紅花會與于振海決戰。于振海萬沒料到方世玉的武功並沒被廢掉，惡貫滿盈的于振海終於死在方世玉的手下。陳家洛重新掌權，力邀方世玉共創大業。方世玉卻毅然退出江湖，和母親、未婚妻一起回鄉隱居。
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