不同組織形式的企業在稅收方面有著不同的特點，投資者對企業不同組織形式的選擇，其投資收益也將產生差別，進而影響企業的整體稅收和獲利能力。因此，在企業設立之時，很有必要在組織形式的選擇上進行一番積極籌劃。
我國對公司企業和合夥企業實行不同的納稅規定。國家對公司營業利潤在企業環節上課徵公司稅，稅後利潤作為股息分配給投資者，個人投資者還需要繳納一次個人所得稅。而合夥企業則不然，營業利潤不交公司稅，只課徵合夥人分得收益的個人所得稅。
在不考慮其主要因素的情況下，單就合夥企業和股份有限公司而言，合夥企業要優於股份有限公司，因為合夥企業只徵一次個人所得稅，而股份有限公司還要再徵一次企業所得稅;如果綜合考慮企業的稅基、稅率、優惠政策等多種因素的存在，股份有限公司也有有利的一面，因為，國家的稅收優惠政策一般都是隻為股份有限公司所適用。
其次，在測算兩種性質企業的稅後整體利益時，不能只看名義稅率，還要看整體稅率， 由於股份有限公司的“ 整體化”措施一般情況下要優於合夥制企業，“整體化”就意味著重疊課徵的消除，稅收便會消除一部分。
第三，如合夥人中既有本國居民，又有外國居民，就出現了合夥企業的跨國稅收現象，由於國藉的不同，稅收將出現差異。一般情況下，規模較大企業應選擇股份有限公司，規模不大的企業，採用合夥企業比較合適。
此時，當一個企業要進行跨地區經營時，常見的做法就是在其它地區設立下屬機構，即開辦子公司或分公司，從法律上講，子公司屬於獨立法人，而分公司則不屬於獨立法人，它們之間的不同在於：一是設立手續不同，在外地創辦獨立核算子公司，需要辦理許多手續，設立程序複雜，開辦費用也較大，而設立分公司的程序比較簡單，費用開支比較少。
另外，核算和納稅形式不同。子公司是獨立核算並獨立申報納稅，當地稅務機關比較喜歡，而分公司不是獨立法人，由總公司進行核算盈虧和統一納稅，如有盈虧，分公司和總公司可以相互抵扣後才交納所得稅。
當然稅收優惠也不同。子公司承擔全面納稅義務，分公司只承擔有限納稅義務。子公司是獨立法人可以享受免稅期限、優惠政策等在內的各種優惠政策;而分公司作為非獨立法人，則不能享受這些優惠政策。如我國對外商投資企業實行的“兩免三減半”、“ 稅收優惠稅率” 等優惠政策，（13500389525 肖先生）則只能適用於獨立法人企業。這裡為大家推薦一個合理合法的稅收窪地政策，只要將企業註冊在有優惠政策的稅收窪地(註冊式，不用實地辦公)，兩種方式：
1、有限公司(一般納稅人)
增值稅根據地方財政所得部分的50%-70%予以財政扶持獎勵;企業所得稅按照地方財政所得部分的50%-70%予以財政扶持獎勵。
2、個人獨資企業或者合夥企業(一般納稅人)
這種方式是對於缺乏或無法取得進項的企業，可以註冊成個人獨資企業或合夥企業對所得稅進行核定徵收，所得稅稅率可降低至0.5%-3.5%，其增值稅還有返還獎勵，通過納稅籌劃解決企業成本、個人所得稅、分紅等問題。
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