故事發生在距今不遠的未來，我們人類所瞭解的世界看上去並沒有發生太大的變化，但是世界各地不斷有“異生獸”作亂的報告。為了暗中解決這個問題，成立了世界性的防衛組織TLT，它的日本支部被稱為TLT-J。而TLT-J的下屬組織就是夜襲隊NR。他們的任務就是秘密消滅異生獸。新的敵人異生獸突然出現於擁有驕人戰績的夜襲隊面前，他們陷入了苦戰。這時，光之巨人——奈克賽斯奧特曼登場了。奈克賽斯·奧特曼的適能者——一度失蹤的戰地攝影師——姫矢準也出現了。奈克賽斯奧特曼製造屬於自己的戰鬥空間“美塔領域”。他在巨大化後，將異生獸拉到這個空間內進行戰鬥。隨後，TLT的切斯特戰機進行合體後也可以進入這個空間，與奈克賽斯一起並肩作戰。TLT的新隊員，孤門一輝，他與和倉隊長以及其他的隊員一起處理著繁忙的任務。
奈克賽斯·奧特曼是諾亞·奧特曼最初的形態。因為來訪者根據諾亞·奧特曼的樣子製造了人造超人黑暗扎基。但由於黑暗扎基的暴走，來訪者炸燬了M80和黑暗扎基逃到了地球。諾亞最初為了追擊THE ONE來到地球上，並藉助地球人真木舜一的身軀來戰鬥，但最後諾亞被真木的話所感動，決定離開真木。之並把自己的光留在地球上等待像真木這樣的人來繼承光，而自己只剩下意志，與適能者同化之後成為奈克賽斯。
注：在《艾克斯·奧特曼》第22話裡有了新適能者橘小百合，但她其實不屬於適能者，而是為了幫助橘小百合救家人和幫助艾克斯打敗異生獸而暫時賦予了橘小百合的力量。
大批的怪獸卡片來啦
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