有正義就有邪惡。要想征服世界，光靠一個人單槍匹馬是不行的。必須得有一個龐大的組織才行。反派組織也分三六九等。分工明確。一般來說反派組織的大BOSS負責戰略，手下的大幹部出謀劃策負責如何對敵。怪人負責打架，小兵負責打雜。而大幹部之間有時候會因為爭功而內訌。
這些反派組織擁有各種高科技和黑科技。就連正義的假面騎士（蒙面超人）也是這些組織製造出來的。當然技術高不代表就是無敵的，邪惡是不能戰勝正義的。英雄和大俠不一定武功很高，但一定會很聰明。勇夫靠蠻力，聰明人靠智慧。而騎士和這些組織之間的戰鬥就得鬥智鬥勇了。
1.修卡。《假面騎士 1號，2號》
修卡組織是納粹的殘黨，是征服世界的邪惡秘密組織，修卡組織憑藉自己的改造手術能夠把正常人改造成持有動植物能力的怪人，這些怪人的最終目的就是修卡用來征服世界。
組織的紋章是一隻大鷲抓住地球，（納粹的標誌也是鷹）在世界各地都有秘密基地，進行著各種各樣的邪惡活動。
大首領是加丹。擁有多個馬甲。在『假面騎士V3』以迪斯特隆首領的身份捲土重來，在『假面騎士Stronger』的最終回，又以潛伏在岩石大首領體內的獨眼宇宙生物的姿態再登場，並說自己是歷代邪惡組織的幕後黑手。
SIC短篇小說裡修卡的首領自稱是太古時期被流放到地球的宇宙人。是B26黑暗星雲派遣來統治地球的行政官。
修卡首領以非洲剛果河流上的暗黒宗教——傑魯達姆教為基礎，加上原來修卡的殘餘重新創造一個組織——蓋爾修卡。
劇中的修卡騎士是蓋爾修卡為了消滅對付假面騎士新1、2號而製造出的偽騎士，戰鬥力與性能接近假面騎士。假騎士1號到6號的圍巾顏色分別為黃色、白色、綠色、藍色、紫色、紅色。
漫畫原作中修卡騎士殺死了男主角本鄉猛，說明實力不差。
2.迪斯特龍《假面騎士V3》（騎士人）
V3世界觀連接騎士1號和2號，V3是早期最受歡迎的假面騎士之一，主角風見志郎的扮演者宮內洋也是出演過多部特攝片。可以算是特攝界的著名人物。
V3裡的新組織“迪斯特龍”是由生存下來的蓋爾修卡首領新結成的組織。邪惡組織蓋爾修卡被1號2號徹底消滅後，修卡首領又創建了新組織———迪斯特龍。怪人主要以生物+機械組合而成。
首領BOSS是裝備了人工心臟與錄音帶的骷髏。
3.GOD機關《假面騎士x》
邪惡組織哥丹即GOD。全名：Goverment of Darkness以征服世界為目標的邪惡組織，初期的幹部阿波羅蓋斯特，是假面騎士decade中的最終boss！後期幹部King Dark在最終決戰中，X把控制King Dark的咒博士殺死，令King Dark爆炸，GOD機關從此滅亡……
4.奇頓 加蘭達帝國 《假面騎士亞馬遜》
奇頓組織是十面鬼在亞馬遜內陸成立的組織，該組織是就算自己人任務失敗都會處以死刑的恐怖組織。怪人具有野生動物能力,戰鬥員均為女性的組織。漫畫中稱為亞馬遜女戰士，TV中沒有具體名稱。首領為：十面鬼哥魯哥斯。
加蘭達帝國是自己把奇頓集團消滅，然後自己取而代之的恐怖新組織。與奇頓集團的目的一樣，利用古代印加帝國的神秘力量征服世界，重新建立第二個巴魯齊亞王朝。在奇頓滅亡之際得到了嘎嘎腕輪。基地設置在地下數百米。首領：傑洛大帝。
4.黑撒旦 ，迪爾扎軍團《假面騎士Stronger》
黑撒旦是通過撒旦蟲製造名為奇械人的改造怪人，並控制奇械人進行世界征服計劃的邪惡組織，其怪人兵團擁有特殊的武器。
黑撒旦首領是撒旦蟲一族的族長，能使用掛墜進行巨大化。能使用撒旦蟲控制人腦，並隨心所欲地對其進行操控，企圖利用撒旦蟲征服世界。
迪爾扎軍團是黑撒旦滅亡後出現在Stronger面前的新邪惡組織，怪人兵團為號稱最強的改造人的改造魔人。迪爾扎的成員們都是由世界各地著名的神話魔物的後裔改造而成，對人類有著天生的蔑視。
頭領是岩石大首領，是修卡大首領的真身。是1號至stronger七位假面騎士所有敵對組織的幕後操縱者。黑撒旦大首領也是它的一個偽裝
本體原本設定是個有起死回生法術的西藏和尚，後來割捨了自己的感情與原來的肉體，成為了不死的存在。後來設定大首領是來自B25黑暗星雲的外星人之一，與同伴一同創造了世界，但後來被其同伴背叛導致肉體被毀滅，靈魂則被封印在太空中的異次元空間所形成的牢籠裡。
5.新修卡，銀河軍《假面騎士Sky》（天空騎士）
新修卡是繼黑撒旦與迪爾扎軍團後又一個企圖征服世界的邪惡組織，操縱著前所未有的強大的改造人軍團達成自己征服世界的野心。新修卡的大首領是一條巨大的會飛的魔龍。
銀河王是銀王軍的領袖，出自劇場版，劇場版中征服了天界的銀河王來到地球野心征服此地，帶領著宇宙中窮兇極惡的宇宙生物襲擊地球，後銀王軍跟新修卡聯手，最後被8大騎士合力消滅。
6.多格瑪王國，神多格瑪《假面騎士super1》
多格瑪王國和修卡一樣，來自B26黑暗星雲的暗之王國。首領是帝王德拉馬克羅。
神多格瑪是繼多格瑪王國之後的新組織，同樣是來自B26黑暗星雲的宇宙人，首領是惡魔元帥。
7.巴丹帝國《假面騎士ZX》
巴丹帝國同樣是修卡的組織起來的。巴丹帝國是納粹殘黨為中心成立的邪惡帝國，以南美亞馬遜巨大的地下都市巴丹城市為根據地。過去曾結成多個邪惡組織企圖征服世界。具備高度的科技。能製作出UFO以及向優秀的人移入動植物的細胞而將其身體機械改造為強化士兵。企圖征服地球支配人類。
可以說昭和ZX以前的的敵對組織都是修卡所為，因為是同一世界觀，都有前輩客串，把世界觀延續了很好。不得不說修卡這麼龐大的組織生命力確實有點頑強。讓修卡想不到的是自己製造出來的改造人假面騎士竟成為了自己的敵人........
8.戈魯戈姆（戈爾戈姆）《假面騎士BLACK》
假面騎士BLACK無論造型還是劇情都比以往的假面騎士讓人耳目一新，黑日的反派組織不在是修卡，而是獨立開創另一個故事模式。黑日的人氣還是蠻高的，在日本一些特攝排行榜經常排名。
戈魯戈姆是一個由太古時代就存在的秘密組織，人類出現前就支配著地球。他們會招攬優秀的財政界及科學界的人類加入為他們服務，暗地裡支配世界。
首領創世王每五萬年更換一次，所以五萬年後就會選出兩個人，並移植帝王石要他們戰鬥，勝利的一方就會成為新的創世王。
但實際上他們是破壞人類文化及文明，把優秀人才改造成怪人，希望建立一個只有怪人世界的組織。
地位序列為創世王、世紀王、大神官、怪人、Gorgom Member。而以往的大幹部到該作改成了三大神官。
除了創世王與世紀王以外，三大神官是戈爾戈姆中的最高幹部。體內分別擁有天，地，海之石，針對人類社會的攻擊計劃大部分也是由三神官來考慮。世紀王的改造手術也是由他們來完成。相當於參謀團。
首領創世王外表是一顆心臟，被黑日用撒旦劍消滅。SIC裡利用影月的身體復活，變成紅影月。
9.克萊西斯帝國《假面騎士BLACK RX》
RX是BLACK的續作。因為BLACK一些都有的東西讓他大獲成功，《假面騎士》史上兩個TV作品的主角是同一個人，也是假面騎士系列獨一無二的作品。
當時演出南光太郎的倉田鐵雄的人氣極高（男神可不是浪得虛名的），所以石森章太郎決定在讓倉田鐵雄在演一部。強烈邀請倉田繼續飾演主角，倉田也答應了繼續出演續作。
在與戈爾戈姆戰鬥後半年後，本應取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝國打破。克萊西斯帝國的傑克將軍想拉攏南光太郎作為部下，但光太郎不答應，於是傑克將軍便將其變身機能破壞。變身機能破壞的情況下，光太郎被扔往宇宙。在即將變為宇宙塵埃的時候，光太郎被神秘的太陽光線照射，其體內的帝王石亦產生了變化，光太郎也因此變成了新生的光之王子——“太陽之子”假面騎士Black RX，並展開了與克萊西斯帝國的戰鬥……
克萊西斯帝國是從另一個世界來侵略的生物。克萊西斯帝國來自是怪魔界，侵略地球是因為自己的母星因為克萊西斯皇帝的原因已經不適合大量人口居住。所以才不斷侵略地球。
片中提到克萊西斯帝國在地球背後，因為地球人排放各種汙染氣體，嚴重的汙染影響到了在地球背面一側的克萊西斯帝國，才讓克萊西斯帝國走向滅亡。
10.財團 《假面騎士真》
財團，顧名思義是以將世界的政治、經濟、文化、思想等一切領域完全掌握為基本理念的，充滿謎團的跨國複合企業體。本部在紐約。 為了推進作為主要財源的軍事產業，通過旗下的ISS社對製作改造士兵進行研究，是令真變成改造士兵的幕後黑手。其終極目的至今不明。並稱為“死之商人”。
生化改造戰士Lv2改造士兵，對上司的命令完全服從，行動方式機械化，不及Lv3的改造士兵靈活難測，最後被真打敗，頭顱被扯下後仍想啟動炸彈與真同歸於盡，但失敗。
11,新生命體《假面騎士ZO》
望月博士創造的沒有肉體完全生命體。直徑十五釐米的銀色球體。稱呼望月博士為“爸爸 ”。於成長過程中覺醒了自我，絕對不會被感情所左右，但因為望月博士“人類是無用的生物”與望月博士本身是人類矛盾而苦惱。望月博士因為恐懼其殘忍的性格與強大的力量，所以停止了他的成長，令他必須依靠定期浸泡生體水池維持生存，若離開了水池只能活數小時。對此不滿的新生命體為了成為神而軟禁瞭望月博士，並企圖捉住望月博士的兒子宏威脅他給自己進化。通常會在生體池裡以不定形的形式存在。能使用念動力發出衝擊波。
另外，該片是雨宮慶太導演，另一部同是雨宮導演的特攝作品《伊利亞傑拉姆》傑拉姆身上的小人臉，對此片的小人臉或多或少應該有一些影響。
12.濃霧王國《假面騎士J》
濃霧王國是從宇宙飛來的。它們千年一度孵化數萬怪物，將一個星球的生物全部吞食。
基地“
機械獸母艦霧母”是一個巨大移動型要塞。七千萬年前曾經造成地球出現冰河期，把恐龍逼入滅絕狀態。企圖把地球變為自己的千年王國。
在S.I.C小說中，霧母的殘骸散落在霧嶽水壩一帶，和德拉斯融合後成為更強的霧·德拉斯。原本是一億年前在人馬座名為“蜜蜂”的行星上居住的一種類似蜜蜂的生命體。該星球原本是分為有色族和白色族的人類所支配，但是因為種族之間的抗爭所開發出來的核子飛彈的實驗影響，動物昆蟲都產生變異現象，進化成懂得人類語言也會操縱電子儀器的霧母，過去有一段為了從化為焦土的行星逃離，嘗試與機械合體，因而變成機械獸母艦的經緯。
昭和騎士反派多為修卡，black開始反派不在是修卡，可以是來自不同的地方或是其它不同的物種。而騎士一般都是由反派的改造手術或是利用反派的科技技術製造出來。可以說騎士也是另一種“反派”的存在，只是接受改造手術的人為了保護人類而利用反派的技術來對付反派。可以說是另一種“以彼之道，還施彼身”！
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