山東博物館古籍藏量豐富，善本比例較高，包括唐代敦煌寫經、宋元珍本、明清抄稿本等珍稀藏品，僅入選《中國古籍善本書目》的就達503部。近年來，又有205部古籍入選《國家珍貴古籍名錄》，在全國博物館界名列前茅。館內還有一特色收藏，即“海源閣”舊藏善本古籍。
聊城“海源閣”為晚清四大藏書樓之一，自道光年間建立以來，歷經楊以增、楊紹和、楊保彝三代百餘年苦心經營，其藏書時間之久、規模之大，質量之精，在當時北方藏書樓中首屈一指。海源閣藏書四千六百餘部，僅宋元刻本和名家抄校本就達七百餘部。然而上世紀二、三十年代，海源閣幾經兵燹，其藏書被焚、被掠、被毀極其嚴重，十餘年間，楊氏“海源閣”遭到書散閣毀的悲慘命運。1930年，時任山東省立圖書館館長的王獻唐先生在調查“海源閣”之情形後寫成《聊城楊氏海源閣藏書之過去現在》一文，對海源閣藏書進行了高度評價，並呼籲有志之士積極搶救海源閣散出之書。幾經波折，如今海源閣散出之藏書多收於國家圖書館、山東省圖書館、臺灣中央圖書館和山東博物館等公家單位。
館藏海源閣藏書多為善本，宋元佳槧、名家抄校本無所不包。這些珍貴藏品多為王獻唐先生經手購藏，另有一部分來源於山東籍藏書家王貢忱、趙東甫等愛國人士的捐贈。館藏海源閣善本的特點，可以歸納為以下幾個方面：
一、宋元佳槧珍本薈萃
楊紹和雲：“書以最古者為可貴”。雕版印刷術始於唐代，盛於宋元，延續至明清。海源閣收書尤重宋元刻本，歷楊以增、楊紹和、楊保彝三代，共收宋元佳槧二百餘部，並專闢“宋存書室”珍藏這些善本。收入館藏的宋刻本有《韋蘇州集》，元刻本有元大德九年太平路儒學刻本《漢書》、元至元六年益友書堂刻《範德機詩集》、元刻本《呂氏春秋》等。這些宋元善本一入藏就成為館藏珍品。
《韋蘇州集》，原為十卷，現存卷一至卷四，二冊，為唐代詩人韋應物的詩集。書原為蝴蝶裝，後重裝為線裝。原書高20.7、寬15.9釐米，框高16.5、寬12.7釐米。其行款為：半頁十行，行十八字，白口，左右雙邊，單魚尾，版心記字數，下題刻工“餘”、“同甫刁”等，內避宋諱。宋代刻書多以唐代舊本為依據，學術價值較高，且字體端莊、紙墨精良，是後世刻書的典範，具有較高的文物價值，最為藏書家珍視。書鈐多方海源閣藏書印，有“楊氏海源閣藏”、“陶南山館”、“東郡楊氏海源閣藏”等。另鈐有“安樂堂藏書記”、“子清”、“臣澄私印”等藏書印。其中的“安樂堂藏書記”為清宗室允祥的藏書印記，安樂堂是其藏書之地。允祥（1685-1730），康熙第十三子，號青山、朝陽居士，室名為安樂堂、交輝園。雍正時封為怡親王。“臣澄私印”、“子清”為晚清藏書家朱澄的藏書印記。朱澄（？-1890），字子清，為“結一廬”朱學勤之子。
《範德機詩集》，七卷，四冊，為“元詩四大家”之一範檸的詩集。書為元至元六年（1340）益友書堂刻本，元代儒學學正孫存吾校刊。有牌記：“至元庚辰良月益友書堂新刊”。《宋元書刻牌記圖錄》曾著錄此牌記，其中，“至元”為元惠宗年號。書高19.2、寬13.4釐米，框高17、寬10.8釐米。其行款為：半頁十一行，行二十字，黑口，左右雙邊。此書扉頁有楊紹和題跋：“讀書敏求記，《範德機詩集》七卷，至元庚辰刊於益友書堂。臨川葛雛仲穆編次，即此本也。同治辛未，以朱提十金，得之京城廠肆。彥合主·人識。”跋後鈐印：“臣彥合印”、“楊氏彥合”。又鈐藏書印“彥合珍玩”、“楊氏海源閣鑑藏印。”《宋存書室宋元秘本書目》、《海源閣宋元秘本書目》均著錄此書。王獻唐撰寫《聊城楊氏海源閣藏書之過去現在》時，此書尚存海源閣，散出後由王獻唐收歸山東省立圖書館。此書經清藏書家查瑩（1743-？）舊藏，有藏印“賜硯堂圖書印”、“映山秘玩”、“查氏映山珍藏圖籍印”。另有藏印“靖廷”、“靖廷手校”、“恭”、“臣恭”。
二、名家抄校流傳有序
清代著名藏書家黃丕烈曾說：“勿以世有刻本而薄抄本。”又說：“無宋刻，則抄本貴矣，舊抄而出名家所藏，由則貴矣。”名家抄本往往因校勘精善、訛誤較少，而倍受藏書家的重視。海源閣藏抄本三百餘部，明清名家抄本大都有所收藏。入藏館內的抄本就達十餘部，既有明末林宗抄本《經典釋文》，又有清錢謙益家抄本《汪水雲詩》、吳翌鳳抄本《江淮異人錄》，還有黃丕烈之孫影寫本《霏雪錄》，有黃丕烈批校及題跋。
《江淮異人錄》，一卷，一冊，為北宋初年文學家吳淑所撰，錄二十五位異人事蹟。書為清乾隆四十八年（1783）吳翌鳳抄本。書高25.3、寬16.7釐米。其行款為：半頁八行，行二十字，白口，綠格，四周單邊。目錄頁鈐印“士禮居藏”、“楊氏海源閣藏”、“古歡堂鈔書”；卷端鈐印“直本即校”、“復翁”、“瀛海仙班”、“東郡楊紹和彥合珍藏”；卷末鈐印“枚庵流覽所及”、“東郡楊紹和鑑藏金石書畫印”、“道光秀才咸豐舉人同治進士”。抄本為吳翌鳳據鮑廷博校明代刻本手抄，先由黃丕烈批校鑑藏，後歸入楊氏海源閣。吳翌鳳（1742-1819），字伊仲，號枚庵，別號古歡堂主人，江蘇吳縣（今蘇州）人。與當時藏書家鮑廷博、吳騫、盧文詔等互換互借圖書，遇未見之書，必力抄，僅手抄之書，就達千餘卷。所抄之書，精校精核，書法逸秀。其藏書散出後，黃丕烈所得甚多。黃丕烈（1763-1825），字紹武，號蕘圃、又號復翁、佞宋主人等，與吳翌鳳同為江蘇吳縣人。黃丕烈是清代中期最著名的藏書家，他專事收藏、校讎和著述，所藏善本、秘本、珍本極為豐富。他精於校勘，經他手所校之書，在藏書家、書商界頗有聲望，學術價值也較高。據楊保彝編《楹書隅錄續編》著錄有“校本江淮異人錄一冊”可知，鮑廷博校本《江淮異人錄》與吳翌鳳抄本的流傳脈絡完全一致，只不過海源閣藏書散出後，鮑校本歸了國家圖書館。吳翌鳳抄本《江淮異人錄》於上世紀30年代被王獻唐收購於濟南書肆，歸入山東省立圖書館，建國後於1954年收入館內。
《虞山錢牧齋先生絳雲樓書目》不分卷，一冊，為明清之際學者錢謙益的藏書目錄。書高25、寬17.9釐米。其行款為：半頁十行，行字數不等，無格欄。錢謙益（1582-1664），字受之，號牧齋，晚號蒙叟，東澗老人。錢謙益喜好藏書，不惜重金購藏古本，晚年建“絳雲樓”用以藏書，多宋元舊刻。後因家中剪燭不慎引發大火，絳雲樓藏書付之一炬。後人研究絳雲樓藏書不見實物，因而特別重視《絳雲樓書目》，多有抄本流傳。此抄本鈐印有“楊氏海源閣”、“東郡楊氏鑑藏金石書畫印”、“世德雀環子孫潔白”、“宋存書室”、“以增之印”、“紹和築巖”、“秘閣校理”、“文武世臣”、“蘇州淵雅堂王氏圖書”、“淵雅堂藏書記”、“王鐵夫閱過”、“惕甫”等。此書曾經清著名藏書家王芑孫收藏，扉頁有其題跋：“十年前得崑山葉氏策竹堂書目，今又得此虞山錢氏書目，則以鄉人黃堯翁刻之而已，得其所本者也。系非羔祿之家。聊志據跡。嘉慶十三年十月二十七日，漚波舫自記。”王芑孫（1755-1817），字念豐，又字惕甫，號鐵夫，又號楞伽山人，江蘇長洲（今蘇州）人。富於藏書，自謙僅藏書萬卷，藏於“漚波舫”、“淵雅堂”、“愣伽山房”中。與江南各藏家往還唱和，為黃丕烈作《陶陶室記》，為吳翌鳳《借書圖》題詩。
三、明代珍本刻印俱佳
海源閣十分重視收藏經、史、子、集各類書籍，對刻印俱佳的明代珍本書籍也格外重視。如入藏館內的明閔於忱刻本《孫子參同》，為朱墨套印本，行格舒朗，朱墨燦然；明嘉靖二十七年（1548）黃姬水刻本《兩漢紀》，為目前該書能見到的最早版本；明刻本《大廣益會玉篇》為明內府藏書，開本朗闊，字大如錢。
《大廣益會玉篇》，三十卷，附《廣韻指南》一卷。六冊。《玉篇》為南朝文字訓詁學家顧野王撰寫的字書，經後人多次刪改、修訂，宋代陳彭年等重訂《玉篇》，稱為《大廣益會玉篇》。書高33.8、寬22.6釐米，框高24.5、框寬17.9釐米。其行款為：半頁九行，行十七字，小字雙行三十四字，黑口，四周雙邊，雙對魚尾。此書用白棉紙以佳墨精印，版式闊大，行格疏朗，字大如錢，讀來悅目醒神。此書經明內府收藏，每冊首頁鈐“廣運之寶”朱文印，氣象凝重、恢宏，有很強的藝術性。海源閣藏書印有“彥合珍存之印”、“楊氏海源閣藏”。此書為藏書家王貢忱捐獻。王貢忱（1877-1953），又名王窠廷，山東桓臺人。王氏家富藏書，且多善本，曾於濟南布政司小街開設“逢源閣書店”，悉心搜求鄉幫文獻，為山左文獻資料的保留做出了巨大的貢獻。尤其難能可貴的是，在其去世前，將其藏書捐獻給山東博物館，為後人留下了寶貴的文化遺產。
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