中醫理論有四條魂，貫穿於中醫理論終始。四條靈魂分別是：天人相應、陰陽、五行、三陰三陽。
天人相應是古人認識世界的思想和方法，體現在《內經》理論的方方面面，而五運六氣理論是對天人相應思想的具體表達，其地位和作用被當代所弱化。陰陽、五行貫穿於中醫學理論，當代認為陰陽、五行是中醫學的說理工具，其內涵和意義也沒有完全發揮經意。三陰三陽在當代中醫理論中只保留了概念性的認識。
一、天人相應
天人相應理論是中醫學理論的核心，是中醫理論之魂，五運六氣理論是天人相應理論的具體應用和表達，是魂中之魂，人法天地而生，人是天地整體的一個有機成分。陳無擇曰：“夫五運六氣，乃天地陰陽運行之常道也。”
(1)天體運行影響自然界萬物，人是自然的一部分：我國自有文字記載，就有對天象的觀測記錄。《尚書·堯典》雲：“乃命羲和，欽若昊天，曆象日月星辰，敬授人時。”
《素問·天元紀大論》雲:“太虛廖廓，肇基化元，萬物資始，五運終天，布氣真靈，㧾統坤元，九星懸朗，七曜周旋，曰陰曰陽，曰柔曰剛，幽顯既位，寒暑弛張，生生化化，品物鹹章。”說明了天地自然地生化規律。《素問·寶命全形論》雲：“天地合氣，命之曰人”，“人以天地之氣生，四時之法成。”《素問·六節髒象論》雲：“天食人以五氣，地食人以五味。”說明萬物資始，天地化人，人的生存依賴天地以供養 。
自然之道在於天、地、人的和諧，人和萬物的生長壯老已在於天地之氣的運動變化。《素問·氣交變大論》雲：“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事，可以長久。此之謂也。帝曰：何謂也？岐伯曰：本氣位也。位天者，天文也；位地者，地理也；通於人氣之變化者，人事也。故太過者先天，不及者後天，所謂治化而人應之也。”
（2）自然因素影響人體健康與發病
人體的生理、病理與天地相應：日月、星辰（五大行星、北斗）、潮汐、不同的年份、四季、五季、二十四節氣、日夜等對人體的生理和病理都有內在的聯繫和影響。《素問·生氣通天論》雲：“天地之間，六合之內，其氣九州、九竅、五臟、十二節，皆通乎天氣。”《靈樞·經別》雲：“餘聞人之合於天道也，內有五臟，以應五音、五色、五時、五味、五位也；外有六腑，以應六律，六律建陰陽諸經而合之十二月、十二辰、十二節、十二經水、十二時、十二經脈者，此五臟六腑之所以應天道。”
日月：日月的運動變化對人體的生理病理有明顯的影響，人體之氣與天地相通，順應四時變化，人身之陽氣靠陽光滋養以溫煦，人體氣血隨月亮的運動而表現盈虛變化。
《素問·生氣通天論》雲：“天地之間，六合之內，其氣九州、九竅、五藏、十二節，皆通乎天氣。”又：“陽氣者若天與日，失其所，則折壽而不彰，故天運當以日光明。是故陽因而上，衛外者也。”《素問·上古天真論》雲：“法則天地，象似日月，辨列星辰，逆從陰陽，分別四時。”《靈樞·歲露》雲：“人與天地相參也，與日月相應也。故月滿則海水西盛，人血氣積，肌肉充，皮膚致，毛髮堅，腠理郄，煙垢著。當是之時，雖遇賊風，其入淺不深。至其月郭空，則海水東盛，人氣血虛，其衛氣去，形獨居，肌肉減，皮膚縱，腠理開，毛髮殘，膲理薄，煙垢落。當是之時，遇賊風則其入深，其病人也卒暴。”
因此，如果日月的運動變化出現異常，則邪氣侵害人體，治療上要充分考慮日月運動對人體的影響，辨證論治。《素問·四氣調神大論》雲：“天明則日月不明，邪害空竅。”《素問·八正神明論》雲：“凡刺之法，必候日月星辰，四時八正之氣，氣定乃刺之。是故天溫日明，則人血淖液而衛氣浮，故血易瀉，氣易行；天寒日陰，則人血凝泣，而衛氣沉。月始生，則血氣始精，衛氣始行；月郭滿，則血氣實，肌肉堅；月郭空，則肌肉減，經絡虛，衛氣去，形獨居。是以因天時而調血氣也。是以天寒無刺，天溫無凝。月生無瀉，月滿無補，月郭空無治，是謂得時而調之。因天之序，盛虛之時，移光定位，正立而待之。故曰月生而瀉，是謂髒虛；月滿而補，血氣揚溢，絡有留血，命曰重實；月郭空而治，是謂亂經。”
星辰八正：五大行星、二十八宿的運行，對人體經脈、氣血陰陽也產生影響。人身氣血運行上應二十八宿，五行之氣貫通天地五臟。
《素問·八正神明論》雲：“星辰者，所以制日月之行也。八正者，所以候八風之虛邪以時至者也……以日之寒溫，月之虛盛，四時氣之浮沉，參伍相合而調之，工常先見之，然而不形於外，故曰觀於冥冥焉。”《聖濟經》雲：“五行之氣，上應五星，內徹五臟。”《靈樞•五十營》雲：“天週二十八宿，宿三十六分。人氣行一週，千八分。日行二十八宿，人經脈上下、左右、前後二十八脈，周身十六丈二尺，以應二十八宿。”
自然界的氣候變化與五星運動亦有密切的聯繫，歲候太過與不及影響人體生理病理。如歲木太過，上應歲星的變化，風氣流行，根據五行生剋規律，木克土，影響脾的生理功能，脾土容易感受邪氣，產生疾病，臨證應順天而治。《素問·氣交變大論》雲：“夫子之言歲候，其不及太過，而上應五星……承天而行之，故無妄動，無不應也。卒然而動者，氣之交變也，其不應焉。”又云：“歲木太過，風氣流行，脾土受邪……上應歲星……化氣不正……上應太白星。”《素問·六元正紀大論》雲：“太陽司天之政……水土合德，上應辰星、鎮星。”
歲運：歲運的變化對人體疾病也有明顯的影響。不同的年份，有太過不及之殊；同一年之中，主運、客運會相互作用，對氣候和人體產生影響；主氣、客氣會化生不同的氣象變化，影響人體健康與發病。所以治病必須要了解每一年的歲運、客運和客氣，以及司天、在泉，以及他們之間的相互作用對人體所產生的影響。
《素問·六節髒象論》雲：“五日謂之候，三候謂之氣，六氣謂之時，四時謂之歲，而各從其主治焉。五運相襲，而皆治之，終期之日，週而復始，時立氣布，如環無端，候亦同法。故曰：不知年之所加，氣之盛衰，虛實之所起，不可以為工矣。”《靈樞·五變》雲：“先立其年，以知其時。時高則起，時下則殆，雖不陷下，當年有衝通，其病必起，是謂因形而生病，五變之紀也。”
四季：生命要順應天地陰陽，法則天地，四季變化，陰陽交替，春生、夏長、秋收、冬藏，人體的氣血與之相順應，四時氣候變化，對應人體相應臟腑，人體的脈象也隨四時而變化。
《靈樞·逆順》雲：“氣之逆順者，所以應天地、陰陽、四時、五行也。”《靈樞·順氣一曰分為四時》雲：“春生、夏長、秋收、冬藏，氣之常也，人亦應之。”《素問·脈要精微論》雲：“春日浮，如魚之遊在波；夏日在膚，泛泛乎萬物有餘；秋日下膚，蟄蟲將去；冬日在骨，蟄蟲周密，君子居室。”
疾病的發生與自然界四時的異常氣候有關聯，如春天生東風，如果太過異常，影響人體肝臟；夏天生南風，異常則影響人體心臟；秋天生西風，異常則影響人體肺臟；冬天生北風，異常則影響人體腎臟。
《素問·金匱真言論》雲：“東風生於春，病在肝，俞在頸項；南風生於夏，病在心，俞在胸脅；西風生於秋，病在肺，俞在肩背；北風生於冬，病在腎，俞在腰股；中央為土，病在脾，俞在脊。故春氣者病在頭，夏氣者病在藏，秋氣者病在肩背，冬氣者病在四肢。”《素問·陰陽應象大論》雲：“冬傷於寒，春必溫病；春傷於風，夏生飧洩；夏傷於暑，秋必痎瘧；秋傷於溼，冬生咳嗽。”又云：“天有四時五行，以生長收藏，以生寒暑燥溼風；人有五臟化五氣，以生喜怒悲憂恐。”
（3）養生治未病：人要順應四時養生，和於陰陽，以防病治病。春天到來，萬物以榮，要早睡早起，散步旅遊，順應春氣之生髮；夏天萬物生長，要保持情緒穩定，享受陽光，適當運動，順應陽氣的發散；秋天涼燥，要早睡早起，保持平和的心態，收斂神氣，勿使外洩，多食水果，清肺氣，以應秋氣；冬天要養精氣，早睡晚起，減少運動，以應冬氣閉藏。
《素問·四氣調神大論》雲：“春三月，此謂發陳，天地俱生，萬物以榮，夜臥早起，廣步於庭，被髮緩形，以使志生，生而勿殺，予而勿奪，賞而勿罰，此春氣之應，養生之道也。逆之則傷肝，夏為寒變，奉長者少……夫四時陰陽者，萬物之根本也。所以聖人春夏養陽，秋冬養陰，以從其根，故與萬物沉浮於生長之門。逆其根，則伐其本，壞其真矣。故陰陽四時者，萬物之終始也，死生之本也，逆之則災害生，從之則苛疾不起，是謂得道。”又云：“從陰陽則生，逆之則死，從之則治，逆之則亂。反順為逆，是謂內格。”
十二月：十二月之中，人氣順應每月的氣候變化而自我調節，適應自然規律。如正月二月，人氣在肝；三月四月，人氣在脾；五月六月，人氣在頭；七月八月，人氣在肺；九月十月，人氣在心；十一月十二月，人氣在腎。這是人氣與天地相應，每月的運行規律。所以我們在臨床實踐中，要認識每月的發病特點，以指導治療。
《靈樞·五亂》雲：“經脈十二者，以應十二月。十二月者，分為四時。四時者，春秋冬夏，其氣各異。”《素問·脈解》雲：“正月陽氣出在上，而陰氣盛，陽未得自次也，故腫腰椎痛也。病偏虛為跛者，正月陽氣凍解地氣而出也，所謂偏虛者，冬寒頗有不足者，故偏虛為跛也。”
晝夜：我們知道，日夜的變化在於地球隨太陽運動的自轉，形成了晝夜，以分為陰陽。面向太陽則為白天，陽氣生髮；背向太陽，則為夜晚，陽氣潛藏。人體的陽氣呈現陽光規律，因此我們在養生、防病、治病過程中，要順應陽氣的特點，適陰陽而安居處。
《素問·生氣通天論》雲：“故陽氣者，一日而主外，平旦人氣生，日中而陽氣隆，日西而陽氣已虛，氣門乃閉。是故暮而收拒，無擾筋骨，無見霧露，反此三時，形乃困薄。”《靈樞·營衛生會》雲：“日中而陽隴為重陽，夜半而陰隴為重陰。故太陰主內，太陽主外，各行二十五度，分為晝夜。夜半為陰隴，夜半後而為陰衰，平旦陰盡而陽受氣矣。日中為陽隴，日西而陽衰，日入陽盡而陰受氣矣。夜半而大會，萬民皆臥，命曰合陰。平旦陰盡而陽受氣。如是無已，與天地同紀。”
人體發生的疾病，有旦慧、午安、夕加、夜甚的特點，提示我們要預判疾病的發生發展變化規律，提前採取措施，以治未病。
《靈樞·順氣一日分為四時》雲：“夫百病者，多以旦慧、晝安、夕加、夜甚……春生、夏長、秋收、冬藏，是氣之常也，人亦應之。以一日分為四時，朝則為春，日中為夏，日入為秋，夜半為冬。朝則人氣始生，病氣衰，故旦慧；日中人氣長，長則勝邪，故安；夕則人氣始衰，邪氣始生，故加；夜半人氣入髒，邪氣獨居於身，故甚也。”
二、陰陽
遠古對自然界的認識應該是基於陰陽，陰陽源於古人對日月晝夜的認識，陰陽本原為地球的自轉。這在《內經》中可以有所體現。《靈樞·陰陽系日月》雲：“黃帝曰：餘聞天為陽，地為陰，日為陽，月為陰。”《靈樞·營衛生會》雲：“衛氣行於陰二十五度，行於陽二十五度，分為晝夜。”《靈樞》的這些認識，可以看出古人對陰陽認識的肇源。
陰陽觀念的萌生可遠溯至伏羲、堯舜時代，人們對陰陽的認識逐步擴大，把向日為“陽”，背日為“陰”，山之南陽光多為陽，山之北陽光少為陰；把男人為陽，女人為陰。《素問·生氣通天論》雲：“陽氣者，若天與日，失其所則折壽而不彰。故天運當以日光明，是故陽因而上，衛外者也。”
傳說伏羲發現河圖，大禹發現洛書。二者皆是以符號標註陰陽。大約4000多年前，古人發明了圭表，並以圭表測影，觀察一天、四季、一年陰陽變化，於是產生了太極圖，並由此產生二十四節氣概念。在陰陽概念的基礎上，進一步分為四象、八卦，以先天八卦對應河圖，說明天道；以後天八卦對應洛書，說理地道。
在夏商之際出現了三易：連山、歸藏、周易。連山、歸藏已失傳，留給我們的《周易》揭示了古代文明的肇源。《周禮•春官宗伯第三•筮人》雲：“筮人掌三易，以辨九筮之名：一曰《連山》，二曰《歸藏》，三曰《周易》”。《帝王世紀》雲：“庖犠作八卦，神農重之為六十四卦，黃帝、堯、舜引而申之，分為二易。至夏人因炎帝曰《連山》，殷人因黃帝曰《歸藏》，文王廣六十四卦，著九六之爻，謂之《周易》。”
創制“陰陽”一詞，明確陰陽概念，則是殷周時代才有的文化特徵，殷代龜甲卜辭裡就已有大量關於“陰陽”、“晦日”的記載。由於古人對二十八宿的認識久遠，此時古人以陰陽描述二十八宿的運行是可能的。《靈樞·衛氣行》雲：“歲有十二月，日有十二辰，子午為經，卯酉為緯。天週二十八宿，而一面七星，四七二十八星，房昴為緯，虛張為經，是故房至畢為陽，昴至心為陰，陽主晝，陰主夜。”
後經春秋到戰國中、後期，陰陽觀念始發展、演變成一種概念形態。《詩經·公劉》雲：“既景遒崗，相其陰陽。”陰陽成為陰陽家、道家、儒家、法家、農家等諸子百家普遍的理論基礎，成為古人的思想觀和方法論，並把陰陽賦以象數的內涵。此時《易經》理論誕生，《周易》包括《經》和《傳》兩部分，《經》主要是六十四卦及三百八十四爻，各有卦辭和爻辭，可能寫定於周初至春秋。《傳》是解釋《經》的，相傳孔子所作，今人研究，大抵系戰國及秦漢之際的作品，是以陰陽說理，以卦、爻、象、數作為基本要素。
《黃帝內經》應用了陰陽的哲學思想為指導，繼承了傳統陰陽的認識，陰陽應天地之象為主，用陰陽以說醫理，《內經》中的陰陽具有象、數、物質以及古代哲學指導下的說理方法，陰陽理論貫穿於《內經》全篇，成為中醫理論的靈魂。《素問·陰陽應象大論》雲：“陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也。”說明陰陽是天地自然規律，萬事萬物的綱領，運動變化的源泉，生克亢害的肇始，是天地之大道。其後《素問·天元紀大論》在五運六氣理論中進一步闡發了五運陰陽：“夫五運陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也，可不通乎！故物生謂之化，物極謂之變，陰陽不測謂之神，神用無方謂之聖。”
三、五行
五行概念的提出和形成，目前通常認為，先有殷商五方概念，後春秋有五材說，多以《尚書·洪範》提出“五行”的概念為五行源頭。《尚書·洪範》雲：“木火土金水，木曰曲直，火曰炎上，土曰嫁穡，金曰從革，水曰潤下。”是以木火土金水五種物質的形態象來說理五行。
五行概念源於木火土金水五種物質嗎？非也。《五行大義》雲：“五行因何生？曰：因天地而生。”董仲舒也明確指出：“天地之氣，合而為一，分為陰陽，判為四時，列為五行”。
醫聖張仲景曰：“夫天布五行，以運萬類。”《素問·天元紀大論》雲：“天有五行，御五位，以生寒暑燥溼風。”《素問·五運行大論》雲:“天垂象，地成形，七曜緯虛，五行麗地。”可見，
五行源於古人對天象的觀察。《事物記源》引史記曆書曰：“黃帝建立五行，起五部”。應劭注曰：“五行，金木水火土也”。《史記·五帝本紀》也記載：“軒轅……治五氣。”《集解》引王肅言註解“五氣”為“五行之氣”。《素問·五運行大論》雲：“覽《太始天元冊》文曰：丹天之氣經於牛女戊分，黅天之氣經於心尾已分，蒼天之氣經於危室柳鬼，素天之氣經於亢氏昂畢，玄天之氣經於張翼婁胃。所謂戊已分者，奎壁角軫，則天地之門戶也。夫候之所始，道之所生，不可不通也。”《白虎通·五行》雲：“五行者，謂金、木、水、火、土也。言行者，欲為天行之義也。”王冰曰：“五運，謂五行之氣，應天之運而主化者也。”《素問·氣交變大論》曰：“五運更始，上應天期，陰陽往復，寒暑迎隨，真邪相薄，內外分離，六經波盪，五氣傾移，太過不及，專勝兼併。”
五行關鍵在行、動（傳）、運。《素問·藏氣法時論》雲：“黃帝問曰：合人形以法四時五行而治，何如而從？何如而逆？得失之意，願聞其事。岐伯對曰：五行者，金、木、水、火、土也，更貴更賤，以知死生，以決成敗，而定五藏之氣，間甚之時，死生之期也。”
（1）行的含義有二：一是運行之義。《漢書》：“五行者，五常之行氣也。”二是具有行列的意義。《尚書·洪範》曰：“汩陳其五行。”我們目前的教材取其行列之意，即以五行類比自然界萬事萬物及人體發病與臟腑、經絡等，更多地忽視了五行之運行。
（2）動（傳）：五行之氣在動，在人體表現為五臟之氣相傳,《內經》以生克乘侮表現。《素問·玉機真髒論》雲：“五藏受氣於其所生，傳之於其所勝，氣舍於其所生，死於其所不勝。病之且死，必先傳行至其所不勝，病乃死。此言氣之逆行也，故死。肝受氣於心，傳之於脾，氣舍於腎，至肺而死。心受氣於脾，傳之於肺，氣舍於肝，至腎而死。脾受氣於肺，傳之於腎，氣舍於心，至肝而死。肺受氣於腎，傳之於肝，氣舍於脾，至心而死。腎受氣於肝，傳之於心，氣舍於肺，至脾而死。此皆逆死也。一日一夜五分之，此所以佔死生之早暮也。黃帝曰：五藏相通，移皆有次。五藏有病，則各傳其所勝。”《難經·五十四難》：雲：“髒病所以難治者，傳其所勝也。府病易治者，傳其子也。”《難經·七十七難》雲：“所謂治未病者，則知肝當傳之與脾，故先實脾氣。”
（3）運：即五運，是五行之氣運，其客觀基礎是地球的公轉。運氣理論以生克乘侮、亢害承製來表現。
《素問·陰陽應象大論》雲：“東方生風，風生木，在音為角；南方生熱，熱生火，在音為徵；中央生溼，溼生土，在音為宮；西方生燥，燥生金，在音為商；北方生寒，寒生水，在音為羽。”《素問·六節髒象論》“何謂所勝？岐伯曰：春勝長夏，長夏勝冬，冬勝夏，夏勝秋，秋勝春，所謂得五行時之勝，各以氣命其藏。”用以說明五運的相生、相勝運化。
《素問·五運行大論》雲：“氣有餘，則制己所勝而侮所不勝；其不及，則己所不勝侮而乘之，己所勝輕而侮之。”《素問·六微旨大論》雲：“相火之下，水氣承之；水位之下，土氣承之；土位之下，風氣承之；風位之下，金氣承之；金位之下，火氣承之；君火之下，陰精承之。帝曰：何也？岐伯曰：亢則害，承乃制，制則生化，外列盛衰，害則敗亂，生化大病。”用以說明五運的相乘、相侮、相承之機。
五行理論貫穿《內經》，貫穿中醫理論，是以五行理論也是中醫理論之魂。
四、三陰三陽
三陰三陽即厥陰、少陰、太陰、少陽、陽明、太陽。《素問·天元紀大論》雲：“陰陽之氣各有多少，故曰三陰三陽也。”中醫古籍裡有多種序次不同的三陰三陽，大抵可以歸納為經脈生理特性及其層次類、經脈長短淺深和血氣盛衰類、病理反應類、脈診部位類、時間週期類等。
最早的對三陰三陽記載的文獻可能是馬王堆漢墓出土的《陰陽脈死候》：“凡三陽，天氣也……凡三陰，地氣也。”《足臂十一脈灸經》和《陰陽十一脈灸經》中有以太陽、陽明、少陽、太陰、少陰、厥陰命名的經脈名稱，是目前中醫醫籍中所能見到的最早的三陰三陽術語。
在中醫理論中，三陰三陽也是貫透《內經》，張仲景更是以三陰三陽為基礎，發展了《內經》臨床應用。
三陰三陽在《內經》理論中大體可分為三種內涵：
（1）天之三陰三陽：以風寒暑溼燥火六元為本，三陰三陽為標，中氣與之相承說理六氣天運。《素問·天元紀大論》雲：“寒暑燥溼風火，天之陰陽也，三陰三陽上奉之……厥陰之上，風氣主之；少陰之上，熱氣主之；太陰之上，溼氣主之；少陽之上，相火主之；陽明之上，燥氣主之；太陽之上，寒氣主之。所謂本也，是謂六元。”《素問·六微旨大論》雲：“所謂本也，本之下，中之見也，見之下，氣之標也，本標不同，氣應異象。”
（2）地的三陰三陽：以木火土金水陰精與天之三陰三陽相承，以說理地道。《素問·六微旨大論》雲：“相火之下，水氣承之；水位之下，土氣承之；土位之下，風氣承之；風位之下，金氣承之；金位之下，火氣承之；君火之下，陰精承之。帝曰：何也？岐伯曰：亢則害，承乃制，制則生化，外列盛衰，害則敗亂，生化大病。”
（3）人的的三陰三陽：《素問·五運行大論》雲：“夫數之可數者，人中之陰陽也，然所合，數之可得者也。夫陰陽者，數之可十，推之可百，數之可千，推之可萬。天地陰陽者，不以數推，以象之謂也。”太陽、陽明、少陽、太陰、厥陰、少陰。三陰三陽之氣存在於臟腑、經脈、經筋、皮部之中，各部也以三陰三陽命之。其離合出入，升降沉浮，數之可得，合於陰陽變化規律。《素問·陰陽離合論》雲：“三經者，不得相失也……陰陽沖沖，積傳為一週，氣裡行表而為相成也”。《素問·熱論》雲：“傷寒一日，太陽受之，故頭項痛、腰脊強。二日陽明受之…三日少陽受之…四日太陰受之…五日少陰受之…六日厥陰受之……三陰三陽，五臟六腑皆受病，榮衛不行，五臟不通”。三陰三陽在人體中除了歸納經脈生理特性及其層次類、經脈長短淺深和血氣盛衰類、病理反應類、脈診部位類、時間週期類等內涵之外，更多地是探討天、地、人與自然、疾病的關係，說明人體結構和氣化，貫穿中醫理論，是中醫理論不可或缺的重要內涵，是以三陰三陽是中醫理論之魂。
《傷寒論》中的三陰三陽：《傷寒論》是對《內經》三陰三陽學說的繼承和發展，《傷寒論》三陰三陽源於《內經》三陰三陽，歷代醫家對《傷寒論》理論源於《黃帝內經》幾無異議，且仲景在《傷寒論》原序中有明確交待：“勤求古訓，博採眾方，撰用《素問》《九卷》《八十一難》《陰陽大論》《胎臚藥錄》，並平脈辨證，為《傷寒雜病論》合十六卷”，闡明瞭《傷寒論》與《內經》的學術淵源關係。
（1）六病：把《傷寒論》中的論述歸於六病，歷代有之。《傷寒論》是講六病嗎？非也。首先《傷寒論》不只六個病，也不是六組病，大家可以找一找《傷寒論》裡究竟有多少病。其次，《傷寒論》講的不是六病，是傷於寒的各種病。第三，看《傷寒論》的論述，如太陽之為病，少陽之為病等等，講的都不是太陽病、少陽病。
（2）六經：《傷寒論》講六經是正確的，在傷寒例中已有明確交待。《傷寒論·傷寒例第三》三陽經“此三經受病，未入於腑者，可汗而已”。三陰經“此三經受病，已入於腑，可下而已。”因此六經是存在的。後世劉河間在《傷寒直折》所言亦是。那麼是六經病嗎？也不是。《傷寒論·傷寒例第三》：“太陽受病也，當一二日發……陽明受病也，當二三日發……少陽受病也……當三四日發……太陰受病也，當四五日發……少陰受病也，當五六日發。……厥陰受病也……當六七日發。”講的是六經受病，六經是病位，嚴格來講不是六經病。
（3）六氣：《傷寒論》講六氣嗎？仲景非常重視運氣學說，在其原序中說：“夫天布五行，以運萬類，人稟五常，以有五臟，經絡腑俞，陰陽會通，玄冥幽微，變化難極。”桂林古本《傷寒雜病論》載有《六氣主客第三》一篇，五運六氣的基本規律講得非常清楚。《傷寒論》的六氣是天之六氣嗎？六氣是什麼？太陽、少陽、陽明、太陰、少陰、厥陰，在《傷寒論》各篇題目中交待很清楚，乃人身之六氣，與天之六氣相應。成無己在《註解傷寒論》中說：“六經傳變，三陰三陽之氣皆和，大邪之氣皆去，病人精神爽慧也。”因此，三陰三陽之氣存在於《傷寒論》始終，存在於《傷寒論》靈魂之中。且在各卷之首業已明確交待清楚。六氣就是太陽、少陽、陽明、太陰、少陰、厥陰，這是人之六氣，非天之六氣，所有的論述都是圍繞六氣而進行。六氣存在於六經之中，是六經的物質基礎，升降出入，構成人的基本生命。如《素問·六徵旨大論》雲：“出入廢則神機化滅，升降息則氣立孤危。故非出入，則無以生長壯老已；非升降，則無以生長化收藏。是以升降出入，無器不有。故器者，生化之宇，器散則分之，生化息矣。故無不出入，無不升降。”六氣在六經中傳化，如發病則表現出各經症狀特點，這也是後世把六氣為病理解為六經病的根本原因。
三陰三陽理論貫穿《內經》《傷寒雜病論》始終，故為中醫理論之魂。
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