9月10日晚，據中國機構編制網，國家衛生健康委員會職能配置、內設機構和人員編制規定，即“三定”方案正式公佈。原內設機構計劃生育基層指導司、計劃生育家庭發展司、流動人口計劃生育服務管理司三個與計劃生育相關的內設機構，均已被撤銷，轉而變成新的人口監測與家庭發展司；此外，老齡健康司、職業健康司、保監局為新設內設機構。
原內設機構計劃生育基層指導司、計劃生育家庭發展司、流動人口計劃生育服務管理司三個與計劃生育相關的內設機構，均已撤銷，轉而變成新的人口監測與家庭發展司；此外，老齡健康司、職業健康司、保監局為新設內設機構。
根據規定，國家衛生健康委員會機關行政編制525名(含兩委人員編制10名、援派機動編制4名、離退休幹部工作人員編制29名)。設主任1名，副主任4名，司局級領導職數88名(含機關黨委專職副書記1名、衛生健康監察專員10名、離退休幹部局領導職數2名)。
與原國家衛計委機構設置相比，國家衛健委內設機構有了較大變動。《規定》顯示，國家衛健委下設21個內設機構，包括新設立的老齡健康司、職業健康司、人口監測與家庭發展司和保健局，原國家衛計委的內設機構計劃生育基層指導司、計劃生育家庭發展司、流動人口計劃生育服務管理司被取消。
其中，老齡健康司負責組織擬訂並協調落實應對老齡化的政策措施。組織擬訂醫養結合的政策、標準和規範，建立和完善老年健康服務體系。承擔全國老齡工作委員會的具體工作。
職業健康司負責擬訂職業衛生、放射衛生相關政策、標準並組織實施。開展重點職業病監測、專項調查、職業健康風險評估和職業人群健康管理工作。協調開展職業病防治工作。
人口監測與家庭發展司負責承擔人口監測預警工作並提出人口與家庭發展相關政策建議，完善生育政策並組織實施，建立和完善計劃生育特殊家庭扶助制度。
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