據傳法門寺始建於東漢明帝十一年（68年），周魏以前原名也叫“阿育王寺”，隋改稱“成實道場”，唐初改名“法門寺”，被譽為“皇家寺廟”，因安置釋迦牟尼佛指骨舍利而成為舉國仰望的佛教聖地。
法門寺始建於東漢末年恆靈年間，法門寺因舍利而置塔，因塔而建寺，原名阿育王寺。釋迦牟尼佛滅度後，遺體火化結成舍利。公元前三世紀，阿育王統一印度後，為弘揚佛法，將佛的舍利分成八萬四千份，使諸鬼神於南閻浮提，分送世界各國建塔供奉。中國有十九處，法門寺為第五處。公元558年，北魏皇室後裔拓跋育曾擴建，並於元魏二年（494年）首次開塔瞻禮舍利。隋文帝開皇三年（583）改稱“成實道場”，仁壽二年（602年）右內史李敏二次開塔瞻禮。 唐高祖李淵武德七年（625年）敕建並改名“法門寺”。唐貞觀年間曾三次開塔就地瞻禮舍利。原塔俗名“聖冢”，後改建成四級木塔。高宗顯慶年間修成瑰琳宮二十四院，建築極為壯觀。
唐代200多年間，先後有高宗、武后、中宗、肅宗、德宗、憲宗、懿宗和僖宗八位皇帝六迎二送供養佛指舍利。每次迎送聲勢浩大，朝野轟動，皇帝頂禮膜拜，等級之高，絕無僅有。據史載 “三十年一開，則歲豐人和”，可干戈平息，國泰民安，風調雨順。鹹通十五年（874）正月四日，唐僖宗李儇最後一次送還佛骨時，按照佛教儀軌，將佛指舍利及數千件稀世珍寶一同封入塔下地宮，用唐密曼荼羅結壇供養。唐代諸帝篤信佛法，對舍利虔誠供養，寺院大小乘並弘，顯密圓融，使法門寺成為皇家寺院及舉世仰望的佛教聖地。佛塔被譽為“護國真身寶塔”。
宋代法門寺承襲了唐代皇家寺院之宏闊氣勢，被恢復到最大規模，當時僅二十四院之一的“浴室院”即可日浴千人。宋徽宗曾手書“皇帝佛國”四字于山門之上。金元之際，法門寺仍是關中名剎，“藏經碑”中有寺僧抄寫大藏經5000卷之記載。金人也刻“詩碑”盛讚其寺塔：“三級風簷壓魯地，九盤輪相壯秦川”。
明清以後，法門寺逐漸衰落。明隆慶三年（1569），歷經數百年曆史的唐代四級木塔崩塌。明神宗萬曆七年（1579），地方紳士楊禹臣、黨萬良等捐資修塔，歷時30年建成八稜十三級磚塔，高四十七米，極為壯觀。清順治十一年（1654）因地震塔體傾斜裂縫。民國二十八年（1939）在愛國志士朱子橋先生的主持下，完成了晚明以來最大規模的維修。文革期間，紅衛兵欲挖地開塔，良卿法師點火自焚，用自己的生命保護了塔下珍寶。
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