新中國成立初期，高等教育在結構上存在的主要問題有:
1、地區佈局上，高等學校多數集中在沿海和接近沿海的大城市，內地和邊遠地區城市的高等學校數量偏少。1949年，205所高等學校中，位於北京、上海、天津以及江蘇和廣東的高校就有79所，上海一地的高等學校就有37所，在校學生2萬多人，約佔全國高等學校學生總數的1/5，而西北廣大地區僅有8所，西南地區也少得可憐。2、在學校類型上，不能滿足形勢發展的需要。中國各項建設所急需的工程、師範、醫藥、農林等專業由於缺乏統籌規劃，其發展規模受到極大限制。3、在系科的設置上，偏重文、法而輕視理、工。
為了改變高等學校分佈和專業設置的不合理狀態，國家開始了院校調整，以充實西部地區高校的實力。經過兩次的院校調整，基本達到了最初的設想:既要逐步加強內地高校的實力，又要充分發揮沿海地區高校現有的優勢。經過這次院系調整，內地高校由1951年的87所增至115所，在校學生人數由1951年佔全國的 38. 6%上升至44.1%。例如西安作為新興的工業基地，高等學校由1951年的8所，增至1957年的22所。
建國前西安高等教育事業極端落後，僅有3所高校，學生2000餘人，校舍與設備簡陋不堪，教師更是少得可憐。建國初期，隨著西安市經濟建設的蓬勃發展，新建的高等學校也飛速發展起來，原有擴建和正在建設的高等院校共有13所，學生達到21000餘人，每千人口中就有大學生17人，比1949年增加了10倍;新建和擴建的房屋面積共達6000多萬平方米，佔地420公頃，各個高等院校擁有的圖書總計已超過100多萬冊，期刊雜誌數千種，教學實驗設備普遍地增加了10—20倍。解放前只有61張病床的西安醫學院，共設有1174張病床;這個醫學院已經擁有許多新式的手術和研究設備。西北大學地質系過去連偏光顯微鏡也沒有，現在這種顯微鏡己經增加了41臺。隨著西安高等教育事業的發展，西安高等院校就為國家培養了近10000名建設人才，培養的學生的學業成績，也是一年比一年好。如西安師範學院1953年在剛剛成立時，優等成績的學生佔全縣學生的0. 11%，到1956年度優等成績的學生就佔了14. 08%。西安醫學院現在的畢業班學生都能熟練地做闌尾切除等手術。而西北大學地質系畢業生，則很多擔任了各地野外勘探隊大隊長和小隊長職務。
經過50年代的兩次院系調整，到1957年，成都共有普通高校11所，即四川大學、成都電訊工程學院(電子科技大學前身)、成都工學院(後更名為成都科技大學)、成都地質學院、四川醫學院、成都中醫學院、四川財經學院、四川師範學院、成都體育學院、西南音樂專科學校、西南民族學院。這樣，成都高等學校的專業設置與佈局已能體現出“以培養工業建設人才和師資為重點，發展專門學院，整頓和加強綜合大學”的改革，整頓舊高校的指導方針的要求。工科院校已由1950年的四川大學工學院1所發展到4所，工科專業設置數量也大為增加，僅成都工學院即設置了17個專業。
重慶市在1956年新建和擴建24所高校和中專，其中新建的重慶醫學院和重慶航務工程學校等7所院校同年暑期招生。重慶大學原有的地質系將獨立出來，擴大成為成都地質勘探學院，這個學院院址暫時設在重慶大學校內。這個學院招生的專業有礦產地質測量及找礦，水文地質和工程地質，石油及天然氣地質勘探等專業，招生2000人。新建的重慶醫學院即將完成第一期工程。這個學院的醫療系、兒科系將招收學生420名，學院總容量是4200名。重慶航務工程學校將培養河道當面的專門人才。第一批招生400名，重慶石油學校和重慶鋼鐵學校也都進行了擴建。擴建後，學生人數將比1955年同期增加50%以上。
1956年蘭州市6所高等院校的學生人數達6532人，比1955年增加了32. 3%;畢業學生數是1054人。蘭州市最著名的高等學校——蘭州大學，在1949年只有文、理、法、醫四個學院，學生600餘人，教師72人，藏書94000冊，內有外文雜誌2000冊;經過8年的發展和中央的傾斜支持，蘭州大學己經發展為在西北地區重要的高等學校。1957年蘭州大學擁有學生1800餘人，教師328人，其中教授36人，副教授23人，講師84人，藏書38萬多冊，內有外文雜誌46000多冊，師生的數量和藏書都是1949年的4倍。蘭州大學教學科研設備得到改善。教學設備費用逐年增加，截止到1956年，蘭州大學教學設備積累總額為164萬多元，約為1949年設備總額的47倍。
西部中心城市高等教育的跨越與中央政府實施的全國兩次院系調整有著密切聯繫。不過，1952年第一次院系調整主要指導思想是結束部分公私立高校各立門戶，各自為政的無政府狀態，主要調整京、津、滬、杭、寧、漢、長沙、廣州以及安徽、山東的大城市的高等學校。1955年在修訂國民經濟第一個五年計劃時，中央提出高等教育建設必須符合社會主義建設的要求，必須和國民經濟的發展計劃相配合。學校的設置分佈應避免過分集中，學校的發展規模一般不宜過大。高等工業學校應該逐步地和工業基地相結合。根據中央的指示精神，高等教育部便決定採取有力措施，改變東西部高等學校分佈不合理的狀況。所以，第二次的院系調整大大加快了西部中心城市的高等教育發展。
在調整中，陝西西安作為全國高等院校重點發展城市之一，得到了充實和加強。1952年至1955年，主要是以西安原有院校為基礎，從綜合大學和解放區高等幹部學校中分設和組建了一些專門學院，如西安醫學院、西安師範學院、西北俄文專科學校、西安體育學院、西北藝術專科學校等，1955年以後，從沿海城市遷過來一些高等工科院校，如1955年由東北工學院、青島工學院、蘇南工業專科學校的部分專業和西北工學院的土建類專業組成了西安建築工程學院。根據國務院的決定，交通大學的大部分於1956年遷到西安，同年，華東航空學院由南京遷到西安，更名為西安航空學院，後與西北工學院合併為西北工業大學。這一年還以蘇南工業專科學校、青島工學院、西北工學院的部分專業組建西安動力學院。院系調整推動了陝西高等院校的發展和提高。高等學校由原來的4所發展到13所，在校學生由2272人發展到22322人，增加了近9倍，由全國第15位躍居第7位，成為全國高等教育的重要基地之一。辦學條件、教學質量和學術水平都有所提高，增強了實力，縮短了同全國先進地區的差距。特別是西安交通大學師資力量強，辦學條件好，教學質量和學術水平比較高，大大增強了西安高校的實力，縮短了西安和全國沿海城市的高等教育差距。
這次由國務院批准的並校方案，是根據支援西北、統一部署、合理安排的方針確定的。這個方案是:西北工學院除採礦、地質、紡織三個專業外的其餘各專業，與西安航空學院合併，成立西北工業大學。而西北工學院的採礦、地質、紡織三個專業，以及西北農學院的農田水利系土壤改良專業，和西安動力學院的全部專業，與西安交大合併。這樣合併之後，使西北地區的高等工業教育，有了比較合理和比較完整的部署。這兩個學校各專業的服務對象，也有了明確分工。西安市的標誌性大學——西安交通大學，通過合併，除原有的機械製造、電機制造、發電、無線電等方面的16個專業外，還增設了地質、採礦、河川結構、水利土壤改良等7個專業，總計23個專業。使之在配合完整的工業基地的需要上，比以前更加完備了。1957年，西安交通大學招生達到7000人左右。
1952— 1954年，根據中央“以培養工業建設人才和師資為重點，發展專門學院，整頓和加強綜合大學”的方針，成都高等學校進行了第一次院系調整，首先各私立高校均改為公立，各校撤消學院一級建制，按照蘇聯模式，根據國家建設需要設置專業。
1954年，為適應國民經濟發展的需要，中央對高校進行了第二次院系調整。所以1956年，為適應西南無線電基地對電訊工程人才的需求，上海交通大學有線電系，華南工學院電訊系和南京工學院無線電系的部分教師調集成都，組建了全國第一所電子工業大學——成都電訊工程學院，院長吳立人。成都電訊工程學院建校初期學科設置為有線電設備專業、無線電設備專業、電真空器件專業、無線電零件與絕緣材料專業、半導體材料與器件專業、磁性材料與器件專業、計算裝置專業、自動化設備專業。其中，半導體專業和計算裝置專業屬國內首批建立的專業，為國家早期的半導體器件輸送了急需的人才。同年，以重慶大學、西北大學部分教師為基礎，抽調北京地質學院、東北地質學院教師在成都建立了成都地質勘探學院，院長朱國平。同年，還新建了成都中醫學院，院長李斯熾。1956年，四川師範學院也由南充遷往成都，加強了成都的師範教育，為成都乃至四川培養了大量合格的教師人才。7年來，在本市新建了各類高等學校6所，連原有的共11所，1956年學生人數已近2萬人，比1949年增加了1倍多。
當然，高等教育也存在一些問題。不適當地砍掉了一些文科，使政治、財經、管理等學科和專業受到削弱，同時在整頓和調整中大量裁併專科學校，把一些辦學時間長、辦學經驗豐富、有一定影響的學校全部撤併，嚴重削弱了專科教育，使高等教育的層次日趨單一，很不適應社會主義建設的需要。
經過院系調整後，除了少數綜合性大學保留外，更多的學校變成了單科性的專門學校，這種來自蘇聯教育模式是為了培養應用性人才而設立的。各專業間相互隔離，分工越來越細，交流與滲透越來越少，嚴重背離了現代科學發展規律。原是要加強綜合院校，但綜合大學卻普遍沒有受到重視。“對理科，既沒有充分準備，又要求過急，專業設置缺乏計劃性，而對本科和專修科的擺法也不夠妥當。加之學習蘇聯經驗時沒有結合各方面的實際情況，造成師生忙亂現象。對文科，則採取了一種消極態度，缺乏具體步驟，特別是沒有發揮教師的潛在力量。”這種模式在短期內確實能夠為經濟建設及時提供人才，但從長期來看，卻不利於我國高等教育的發展。
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