秋番茄除了正常防治侵染性病害和蟲害外，像生理性卷葉、臍腐病、裂果和綠肩果等生理性病害發生也很多，嚴重影響番茄商品性，不容忽視。
落花、落果
一、溫度過高引起。溫度過高或過低都會導致花器官缺陷，從而引起落花落果。有關資料顯示，番茄在夜溫低於15℃或高於22℃，日溫高於35℃時會引起大量的落花。
二、植株旺長引起。夏季高溫高溼的環境條件容易造成植株旺長，最終引起落花落果。
三、缺硼引起。部分地區由於缺硼也能引起番茄大量落花落果。
四、土壤、空氣溼度不當引起。水分過多或過低均會造成落花落果。
解決方案
一、溫度、光照條件的調控。番茄開花坐果期，所需白天溫度為20-30℃，夜間最適溫度為15-20℃。棚內溫度高於30℃時，就要及時進行放風，防止溫度過高，導致落花落果的產生；棚內最低溫度降到15℃以下時，就應及時覆蓋草簾進行保溫。
二、肥水管理。番茄是需肥量大的作物，整個生長期需較多肥料，在番茄開花坐果期對肥料的需求量會大增，故應在施足基肥基礎上進行追肥。
三、植株調整。對於非自封頂類型番茄可採用單幹整枝或雙幹整枝。
四、激素調控。生產中，可通過外部使用植物生長調節劑，調節番茄植物體內激素平衡，以達到保花保果的目的。
五、品種選擇。大果型品種易落花，小果型品種不易落花。注意選擇不易落花的果型。
生理性卷葉
主要與土壤、灌溉及管理有關。當氣溫高或田間缺水時，葉片氣孔關閉而出現卷葉。
措施：定植後進行抗旱鍛鍊，適時適量施肥，保證土壤水分充足；採用遮陽網覆蓋栽培；及時做好整枝打杈；選用抗性品種；正確使用激素，及時防治蚜蟲。
臍腐病
番茄病果開始頂部（臍部）呈水浸狀暗綠色或深灰色，很快變為暗褐色，病部果肉失水，頂部呈扁平或凹陷狀，病斑有時有同心輪紋，果皮和果肉柔韌，一般不腐爛。病斑多為圓形，有時會因果實形狀不正使病斑呈邊緣平滑的不規則形，空氣潮溼時病果常被某些真菌所腐生，發病處長出黑黴。
解決方案
1.臍腐果常發、重發區(地)，可選栽果形圓，果皮光滑、較厚的品種。
2.種植番茄地塊，要深耕、細耙，增施腐熟有機肥，氮、磷、鉀肥配合使用，避免偏施氮肥，尤其是速效氮素化肥，更應防止一次大量施用，否則會阻礙鈣的吸收。
3.精細播種育壯苗，適時定植，避免土溫低時過早定植。定植後早中耕、多中耕，增溫、保溼、通氣，促進根系發育。
4.做到適時灌水，均勻灌水。土壤乾旱時及時灌水。灌水間隔天數要適當，不可使土壤忽幹忽溼，特別注意防止土壤過幹。
5.推廣地膜覆蓋栽培。地膜覆蓋可保持土壤水分相對穩定，能減少土壤中鈣質養分淋失。
6.減少植株葉片水分蒸騰，及時進行植株調整。及時疏花疏果，減輕果實間對鈣的爭奪。
7.土壤酸化，應施石灰改良。或增施過磷酸鈣。
8.坐果後30天內，是果實吸收鈣的關鍵時期，此期間要保證鈣的供應。可葉面噴施過磷酸鈣液，或硝酸鈣液，或氯化鈣液，或含鈣的複合微肥。噴施時在氯化鈣中加入少量VB。，有阻止草酸形成的作用，能有效減輕臍腐果發生。
9.發生臍腐果，立即噴布臍腐寧或臍腐王予以防治。
裂果
頂裂果：果實臍部及其周圍果皮開裂，有時胎座組織及種子隨果皮外翻、裸露，受害果形狀難看，嚴重時失去食用價值。
放射狀裂果：放射狀紋裂果表現為以果蒂為中心，向果肩部延伸，呈放射狀開裂，一般始於果實綠熟期，先出現輕微裂紋，轉色後裂紋明顯加深、加寬。
混合狀紋裂果：是指放射狀紋裂和同心圓狀紋裂同時出現，混合發生，或開裂成不規則形裂口的果實。
防治措施
一、頂裂果：科學施肥，施足有機肥，避免過施氨態氮肥和鉀肥。培養壯苗，育苗期間，夜間最低溫度不能低於8℃，春季露地栽培時，不可定植過早。科學澆水，避免土壤乾旱。補充鈣肥，一旦土壤缺鈣，可施用石灰補鈣，作為應急措施，可葉面噴施氯化鈣溶液，也可噴施含鈣複合微肥。
二、放射狀紋裂果和混合裂狀紋果：
（一）品種選擇。選擇抗裂性強的品種，一般果形大而圓、果實木栓層厚的品種，比中小型品種、高樁型果、木栓層薄的品種更易產生裂果。
（二）水肥管理 。深翻地，增施有機肥，使根系健壯生長。合理澆水，避免水分的忽幹忽溼，特別應防止久旱後澆水過多。避免土壤過溼或過幹，土壤溼度以80％左右為宜。溫室通風口應避免落進雨水。秋延後番茄在溫度急劇下降時，更要注意土壤溼度管理，避免溼度變化過快。露地栽培時，平時要多澆水，避免突然下雨時土壤溼度劇烈變化，雨後及時排水。 番茄裂果與植物吸收的鈣和硼也有關，鈣、硼供應不足可引起裂果，要補充鈣肥和硼肥，調節土壤中各種營養元素的比例，氮肥、鉀肥不可過多，否則會影響植株對鈣的吸收。在乾旱條件下，鈣的吸收也會受到影響，因此要均勻地澆水，以利植株對鈣的吸收。
（三）環境條件。注意防止果皮老化，防止陽光直射果肩是防老化的有效措施，因此在選留花序和整枝綁蔓時，要把花序安排在支架的內側，靠自身的葉片遮光。打頂尖時在最後一個果穗的上面要留兩片葉，為果穗遮光。保護地要及時通風，降低空氣溼度，縮短果面結露時間。（四）噴灑植物生長調節劑增強果實抗裂性。
（五）及時採收。成熟後及時採收，即在果實開裂前採收。
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