目前，以支付寶、微信為典型代表的第三方支付平臺的營業收入主要來源於服務手續費收入、客戶備付金利息收入、平臺衍生收入（或增值服務收入）等。
（一）服務手續費收入，具體包括：
1、第三方支付平臺針對個人客戶轉賬、提現、信用卡還款等交易收取的服務費。如支付寶於2016年10月12日起對個人用戶轉賬到銀行卡（包括本人卡和他人卡）和賬戶餘額提現等兩項業務收費（具體收費標準略）；又如微信支付自2017年12月1日起，對每位用戶每個自然月累計信用卡還款額超出5000元的部分按0.1%進行收費（最低0.1元），未超過5000元的部分繼續免費等等。
2、第三方支付平臺為商戶或企業提供收付款服務、POS機布放、款項查詢、轉移支付、退款等交易的服務收費。例如，微信支付的商戶手續費標準中，針對不同行業的手續費費率通常為結算金額的0.1%-1%，其中大多數為0.60%。而傳統POS機刷卡的手續費率通常在1%至3%之間。上述兩部分收入是支付行業傳統的收益來源，其增長主要依靠規模效應。
（二）客戶備付金利息收入
客戶在使用第三方支付平臺消費轉賬過程中，由於存在結算週期的時間差，會在備付金賬戶內沉澱出一定規模的資金。這部分資金的利息收入歸第三方支付機構所有，但只能進行銀行存款、基金購買，不能進行放貸等投資。根據WIND資訊的數據統計，2017年備付金利息收入在支付機構總收入中的佔比大約為9.52%。其中在預付卡發行與受理機構總收入中的佔比為22.24%、在類似支付寶、微信之類的網絡支付機構總收入中的佔比為11.26%、在銀行卡收單機構總收入中的佔比為1.81%。
而隨著中國人民銀行逐步推進支付機構客戶備付金集中存管制度，第三方支付機構依靠沉澱資金獲取利息收入的空間將越來越小。
（三）平臺衍生收入（或增值服務收入）
第三方支付平臺通過累計客戶信息、聚合交易信息、製造支付場景，衍生出諸如互聯網營銷、徵信、金融等增值服務，分別對企業端客戶及個人客戶提供金融服務或產品銷售。例如螞蟻金服依託支付寶平臺，拓展業務至小額貸款、網絡銀行、在線融資、在線理財、保險等多個衍生領域。這種類型的收入通常以“交易分成”形式計算和實現。
《2017全球支付報告》指出在監管環境不斷變化，金融科技企業層出不窮，企業和客戶對增值服務的期望與日俱增，創新支付手段日新月異等一系列因素共同作用下，以數據變現為核心商業模式的全新支付生態系統已經出現。從未來發展角度來看，第三方支付平臺鋪設支付通道、收取手續費的傳統收入模式即將成為過去，基於支付數據的服務將完整地融入到各類交易分成中去，這將是支付服務創造的最大增量價值，並將最終重塑整個行業。未來數據變現相關的具體服務大致包括徵信、精準營銷、流水貸、消費金融、用戶忠誠管理等等。
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