一、國內成績不重要
這個問題在很多學生的認知上都或多或少的存在。很多申請人會認為，已經要出國留學了，那麼在國內讀書時候的成績就沒有什麼太大的關係了。其實不然，目前日本的部分城市或地區都講學生在國內取得的成績視為比較重要的考核因素。作為能夠判斷學生學習能力的一個標準，如果學生在國內的課程中表現良好、成績突出，就說明這個學生能適應教育教學的機制，學習能力也足夠強。那麼留學階段也會有比較良好的課程表現。
並且，日本方面已經和中國教育部達成協議，對申請者的高中畢業成績、會考成績和高考成績進行認證。學生獲得的成績高低不同，能報考的日本學校的檔次也不同。
二、學了日本語就有入學資格
有些申請者認為自己在國內完成高中課程並在日本學了幾年日語，就能直接申請進入日本的高等學府。其實並非如此，想要在日本留學必須具備一定的語言能力並且只有達到入讀日本大學資格的語言水平才行，這兩個條件缺一不可。並且語言能力不達標，也不會申請到日本留學簽證。
三、日本留學輕鬆
這是很多人的大誤區。在日本留學的艱苦性相較於國內的學習狀況有過之而無不及。有不少中國留學生因為沒有做到足夠的瞭解和準備就選擇去日本留學，有很多人都被困在了日本的語言學校或者專業學校。並且入讀日本的高校也需要一定的條件，完全沒有想象中的簡單和輕鬆。
四、國內日語課程不重要
很多學生對國內的日語培訓課程不重視，認為在國內學不學日語無所謂的。只要去日本的語言培訓學校學習，然後申請就讀學校就可以了。這是一個錯誤的想法，因為即便申請日本的語言培訓課程，申請人也需要達到在國內學習日語課程的課時數量，而且必須提供相關證明。目前日本的大學對留學生的日語水平有比較高的高要求，需要申請人的日語水平達標才能正式入讀。
五、有“在留資格認定證明書”就能拿到簽證
這個想法也是錯誤的。即便學生已經拿到了證明書，簽證官在決定是否向學生髮放簽證的時候會考慮學生的日語學習能力，是否有較強的學習意志，是否達到一定的日語水平。並且還需要申請人有明確的學習計劃和學習目的，以及是否有充足的資金支持並且需要提供經濟能力證明。還有一些申請人的材料被使領館發現存在錯誤或不真實的情況，也會遭到拒籤。這也就是一些申請人雖然取得了"在留資格認定證明書" 卻沒有拿到簽證的原因。
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