隊長方面，懲罰者偷偷潛入巴克斯特大廈偷取42號監獄的資料，看到詳情的懲罰者表示如果隊長想要擺平那裡需要更多的人手，隊長回答已經在想辦法了。
隊長的辦法是派隱形女去找納摩求援，而派隱形女去的原因竟是（貴圈真亂）——
當然，求援的事註冊派之前也幹過，只不過都失敗了。
黑豹不願干涉美國的政治問題；擁有強大到改變戰局的力量的奇異博士選擇前往北極進行冥想；X戰警現領袖白皇后雖然嗆了鋼鐵俠不過還是答應老情人託尼X戰警也不會幫隊長（經歷過吉諾沙被屠以及紅女巫對變種人的清洗，此時變種人的數量已經非常稀少，且處於終日被哨兵機器人監視的狀態）。而在之前放逐浩克時，鋼鐵俠已與納摩交惡，所以並未去亞特蘭提斯求援。
說回此時。隊長決定在懲罰者弄到42號監獄資料的當晚進行劫獄。然而隱形女並沒能得到納摩的援兵，基於與註冊派同樣的原因奇異博士、X戰警也同樣沒有伸出援手，好在黑豹和暴風女夫婦因為曾經的隊友歌利亞的死而同意了援助。此時響尾蛇（改邪歸正的罪犯）介紹自己當年的罪犯朋友給隊長，希望能助反註冊派一臂之力，然而超級罪犯們一出現便被懲罰者擊殺，隊長不能容忍這種殺戮，痛打懲罰者一頓後將其逐出，也透露出懲罰者其是實視隊長為偶像的。
遙遠的北極，奇異博士在觀察者面前表達了自己的觀點，這也是整個內戰的基調。
當晚，反註冊派在隊長的領導下，藉著隱形女的隱形場和監獄的藍圖進入了42號監獄。然而由於早在一星期前鋼鐵俠就已安插了虎女郎做為間諜在反註冊派，所以隊長他們遇到的情況是這樣的：
好在之前隊長派出的小浩克此時已經替換掉了黃衫俠，並用漢克·皮姆的聲音和視網膜打開了所有牢房放出了之前被囚禁的反註冊派英雄。一場勢均力敵的戰鬥開始了。
在註冊派與反註冊派激烈的戰鬥時，神盾局試圖關閉反物質監獄通往巴克斯特大廈的傳送門，黑豹前去阻止但未能成功，為了防止所以人被困在反物質地帶，斗篷盡全力施展傳送術將戰鬥中的所有人傳送到紐約的巴克斯特大廈外。
這樣做雖然避免了反註冊派全軍覆沒，但也讓鋼鐵俠及隊長最不願發生的事發生了——將平民捲入危險之中。這也為後文埋下伏筆。
戰鬥在繼續，雷霆特工隊圍攻隊長時，納摩帶著亞特蘭蒂斯的大軍從天而降。鋼鐵俠也派出自己的後援——五十州別動隊。
石頭人回到戰場為反註冊派而戰，神奇先生擋掉模仿大師射向自己妻子隱形女的子彈失去了戰鬥能力。身為希臘神話大力神的海格力斯拆掉了冒牌雷神，勝利的天平向反註冊派傾斜。
鋼鐵俠與美國隊長再次展開宿命的對決，但這次輪到隊長使了詐，他派出幻視處理掉了鋼鐵俠的裝甲。
失去裝甲的鋼鐵俠只能任憑隊長擺佈。
鋼鐵俠此時的心情是複雜的，若想徹底消除超級英雄對平民的威脅，兩派之間必須要有一邊被徹底摧毀，而此時大局已定，雖然他絕對的支持註冊，但他也同時相信隊長領導的反註冊派會對未來做出正確的選擇。就在他放棄之時，事情出現了新的變化。
附近的警察、消防員及平民們攔住了欲下殺手的隊長。在那一刻，隊長醒悟了，他突然意識到反註冊派的戰鬥已經偏離了他們的初衷。反註冊派的存在是為了讓超級英雄們不受政府的擺佈更好的保護民眾，
然而此時民眾已經做出了自己的選擇，那麼反註冊派又是為了什麼而戰呢？
隊長選擇了投降，但是投降的是史蒂夫·羅傑斯，並不是“美國隊長”。隊長做為他自己可以為了民眾而投降，但是象徵著自由的標誌永不低頭。
戰鬥就這樣戲劇性的結束了。隨著史蒂夫·羅傑斯的被捕，獵鷹、夜魔俠、蜘蛛俠等隊長的忠實追隨者徹底轉入地下活動，一些不願註冊也不願改變自己行事的英雄去了別國。鋼鐵俠升職為神盾局的總指揮，他和神奇先生打造新的英雄改造舊的英雄，保證合眾國每一個州都有一支超級英雄戰隊。反物質監獄也再次開放並得到了公眾狂喜的掌聲。
而對於這一切在鋼鐵俠等人心中有多麼掙扎，不如看看他們是怎麼說的。
神奇先生：“想想在此之前的世界多麼的可怕啊，濫施正義的人、一竅不通的外行和超級惡棍們都躲在根本管不住他們的柵欄後蠢蠢欲動。應當令我們驚訝的是公眾居然容忍了我們這麼久。與政府的合作使我們的工作超越了簡單的維持法律秩序，現在我們在處理著從全球環境到貧困等各項事務。”
鋼鐵俠：“你知道我們的監獄為什麼叫42號嗎？那是因為在斯坦福德事件發生的當晚，裡德、漢克和我寫下了一百套方案，而它排在第42號。為創造一個更安全的世界我們設計了一百套方案，現在才僅僅用了不到五十套。對神盾局進行整頓是第43號，相信我，超級英雄們剛剛找到了他們最好的朋友，你認為我真會把朋友們的秘密身份交給別人保管嗎？”
一切彷彿恢復了平靜，世界甚至變得更美好。但故事並沒有結束,隊長在被押去法庭審判的路上，受到交叉骨的狙擊（實際上隊長注意到了狙擊槍的瞄準點，他為了救旁邊的法警擋了子彈，交叉骨正是利用了這點而並沒有直接瞄準隊長）。
更加悲劇的真正致命的子彈卻是從被紅骷髏控制的隊長的女友莎倫·卡特那射出的。
隊長死後，鋼鐵俠等英雄在阿靈頓國家公墓為他舉行了葬禮。但他的屍體則被深埋在了當初發現他的那片海域（為他日後復活埋下伏筆）。
此時，最痛苦的人莫過於託尼斯·塔克了。
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