高校科研質量在一定程度上，反映了高校教師的科研實力，是高校科研實力的一部分，高校科研實力的高低，除了科研規模外，科研質量同樣非常重要。國內高校時常被國外高校“看不起”的便是不注重科研質量，以量取勝，因而，對於國內高校而言，提高科研質量尤為重要。一般來說，科研質量可以採用FWCI指數評價，FWCI為論文的被引用次數與同類型論文的平均被引用次數之比，高校的FWCI>=1，說明該高校的論文質量達到並超過了世界平均水平。
清華北大是國內的頂尖高校，科研實力同樣遠超國內其他的高校，然而，就科研質量來說，清華、北大並不能排前三，起碼並不能超過中科大。不過，令人意外的是，有三所“四非”大學，其科研質量水平超過了中科大，分別是南方科技大學、渤海大學和遼寧工業大學。
其中，南方科技大學是高等教育改革試驗校，屬於創新性高校，建校的目的便是參與國家的重大科學技術研究，因而，南方科技大學儘管建校僅幾年，但科研質量高是無可厚非的，不過因為科研人員不多，每年的論文數量很少。
南科大的科研質量高我們可以理解，不過渤海大學和遼寧工業大學作為兩所“二本”大學，科研質量卻不可思議的超過了中科大以及清華、北大。不過FWCI指數不存在造假的可能，只能說明這兩所大學在科研上還是不錯的，儘管科研規模很低。
當然，除了這三所“非211”大學外，中國科學技術大學論文質量最好，而且論文數量遠超前面三所“非211”大學，可見，儘管南科大、渤大、遼工大三所大學科研質量超清華、北大和中科大，但很顯然，其與中科大、清華和北大仍然不是同一個層次的存在，因為論文數量的差距太明顯。
不過，值得一提的是，在科研質量前100的大學中，相同層次的名校中，論文數量多的高校，往往科研質量不高，例如上海交通大學和浙江大學，論文數量遙遙領先，但論文的質量卻並不高，而與上交大和浙大同層次的高校中，中科大和南京大學論文數量僅為這兩所大學的一般，但科研質量卻遠超它們。可見，高校的科研實力不僅僅只要數量，質量更為重要。
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