番鴨孵化的方式主有二種：一是天然孵化，二是人工孵化。天然孵化是利用母鴨的就巢性孵化，這種方法只適宜養殖數量較少的家庭養殖戶使用，而且受季節因素制約，不能滿足商品化養鴨的需要。為了大量繁殖，就必須採用人工孵化。其技術要點如下：
選擇種蛋
種蛋品質優良與否，對孵化率和雛鴨的質量都有很大的影響，所以種蛋應按家禽種蛋要求進行嚴格選擇。
孵化期及條件
番鴨的孵化期約需35天，騾鴨30天，都長於家鴨的28天。番鴨具有蛋大(75-85克)、殼厚(0.43-0.45毫米)、殼膜厚而堅韌(0.1-0.12毫米)和氣孔少(每平方釐米60-76個)及通透性差等特點，所以其受熱和散熱過程較緩慢。同時，蛋黃比例高(3.5%-38.5%)，脂肪食量約達17.19%，胚胎釋放熱量較多，如果不及時散熱和供應新鮮空氣則後期死胚蛋增加。
孵化溫度
一般種蛋量大時，可採取分批入孵，以“恆溫”孵化好，因為胚胎代謝熱源可以作為熱源。“恆溫”方案為1-32胚齡37.8℃，33-35胚齡36.5℃-37℃。整批入孵時，應以“變溫”孵化處理，因為同一胚齡，中後期胚胎釋放代謝熱累積，導致溫度升高，必須採取降溫措施處理。“變溫”方案為1-6胚齡38℃-38.2℃，7-24胚齡為37.8℃，25-35胚齡為36.5℃-37℃。
孵化溼度
孵化初期以相對溼度60%-65%為宜，中期在55%-60%為宜，後期以75%-80%為宜。因為初期溼度大可使胚胎受熱均勻，減少蛋中水分蒸發，利於羊水和尿囊液的形成。中期相反，需要排洩羊水、尿囊液及代謝產物，因此，溼度可低些。後期高溫能促使蛋殼的碳酸鈣變為碳酸氫鈣，使蛋殼變脆，利於啄殼出雛。同時，溫度高還可加速胚胎散發體熱，防止脫水或絨毛與殼膜粘連，促使雛鴨順利出殼。
空氣
胚胎在發育過程中必須不斷地進行氣體變換，吸入新鮮空氣，排出二氧化碳。據測定，孵化後期，每晝夜需氧量為初期的110倍以上。孵化室氧氣含量為21%，二氧化碳0.5%時對胚胎髮育最有利。二氧化碳上升到0.5%以上時，孵化率開始下降，達到5%時孵化率將降至零。調節空氣必須通風，但通風與溫溼度調節有負相關作用。因此，空氣調控要與溫差等環境條件綜合考慮。
翻蛋
翻蛋的主要作用在於防止胚胎與殼膜的粘連。粘連的結果是胚胎血液循環受阻，影響胚胎的正常發育。同時，定時轉動蛋的位置，可以增加胚胎運動，促進胚膜生長，也增加了卵黃囊，尿囊血管與蛋黃、蛋白的接觸面，有利於營養物質的吸收和水的平衡。一般每晝夜翻蛋次數不少於4次，翻蛋角度應達到110度。
涼蛋
番鴨蛋孵化至第8天，胚胎已開始利用脂肪，蛋溫也隨之升高，至10天可達38℃。因此，一般10天開始噴水涼蛋。涼蛋採用25℃-30℃的溫水，每天2次，每次30分鐘左右，使蛋溫降至32-35℃為宜。這樣可使胚胎過多的生理熱得到及時散發，防止蛋溫過高，保持孵化溫度的穩定。另外可將蛋面上的膠質膜洗去，還能促進蛋殼及蛋殼膜的收縮和擴張，加大蛋殼膜的通透性，促進水分代謝和氣體交換，從而增強胚胎的活力，提高孵化率。
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機器孵化法
機器孵化一般都設有自控裝置，具有易於操作管理和孵化量大。孵化效果好等優點。孵化機械有很多品種規格可參照說明書等使用，注意在開機前對孵化機進行運轉檢查、消毒和溫度校對。對經常停電或電壓不穩的地方要有備用電源和穩壓器，以防止自控系統失靈。
傳統孵化法
傳統孵化法包括桶孵法、缸孵法及炕孵法等。其優點是設備簡單、不用電、成本低廉。缺點是靠經驗施溫，不易掌握，勞動強度大。主要程序為前期供溫和保溫，後期攤床，靠胚自溫孵化。目前傳統孵化在養鴨生產中仍然發揮著一定的作用。
孵化效果的檢查
孵化效果一般是通過照蛋實現，番鴨孵化通常為6-7胚齡時進行頭照15-16胚齡時二照，30-32胚齡時三照(騾鴨一照、二照胚齡比番鴨提前一天，三照提前5天)。頭照需要有“起珠”特徵，二照需要有“合攏”特徵，三照需要有“閃毛”特徵。
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