復旦公學開辦之初，由馬相伯任校長、嚴復任總教習，兩人共同擬定了該校的第一份章程。但不久以復旦“主意之人太多，恐辦不下”為由，嚴復毅然辭職離去。不過在復旦首次招生之時，嚴復還是和馬相伯共同開展了學員的面試工作。1906年，馬相伯因前往日本而辭去校長一職，嚴復應馬及復旦師生之邀，出任了復旦公學的第二任校長。
在此之後不久，嚴復又被安徽巡撫恩銘聘去了安慶，擔任了安徽師範學堂監督一職。當時恩銘奉旨在安徽推行“新政”，整頓巡警學堂並開辦警察處。但在1907年5月，恩銘遭到了革命黨人光復會員徐錫麟的刺殺，後不幸身亡。於是安徽新政被迫停頓，嚴復也只得離開安徽師範學堂。
1908年，嚴復來到北京，擔任了學部審定名詞館的總纂。然而此時已是半隻腳踏入滅亡的清廷不死心，在垂死掙扎之中意圖通過“預備立憲”的方式來挽救其瀕死的國運。此後嚴復得到了清廷的重用，接連被委任以要職。1909年5月（宣統元年四月），嚴復被清廷任命為憲政編查館二等諮議官，同時還兼任了福建省顧問官一職。
1910年，嚴復被賜以進士出身，還被海軍部授以協都統職務，後來有出任資政院議員。1911年，大清編定了國歌《鞏金甌》，嚴復親自將其翻譯成英文，這也是中國史上的第一首法定國歌。1911年，辛亥革命的爆發標誌著清廷正式滅亡，但是革命勝利的果實很快就被袁世凱所“竊取”。
1912年，嚴復受袁世凱的調令，前往京師大學堂擔任總監督一職，負責處理該學堂的具體事務。同年5月，京師大學堂被改稱為北京大學，嚴復順理成章地成為了校長。但在半年後，他就辭去校長一職離開了。1913年，袁世凱任命嚴復為總統府的外交法律顧問。接著次年，嚴復被推舉為約法會議議員。
之後嚴復還曾擔任參政院參政、憲法起草委員。後於1915年，袁世凱企圖稱帝，欲在中國推行君主立憲制。於同年8月23日，嚴復等作為發起人成立了籌安會，公開宣佈支持袁世凱稱帝。1961年6月6日，沒成想剛當了幾天皇帝的袁世凱竟然就因病去世。袁世凱死後，當時的國會立刻秋後算賬，打算懲辦禍首及籌安會六君子。
被逼無奈之下，嚴復只得躲去了天津。因為嚴復自早年就有吸食鴉片的惡習，在日積月累之下他患上了嚴重的哮喘病。後於1920年，其哮喘病發作卻無法得到有效的醫治，嚴復只得回到福州老家休養，其實也就是回家等死了。1921年10月27日，福州郎官巷嚴復在自家住宅中與世長辭，終年69歲。
靠著自己對晚清國情民性的瞭解，嚴復始終都是反對革命、抵制共和的。其平生的一些主張與作為，尤其是晚年時對袁世凱稱帝的支持，不僅在當時引發眾怒、不為時人理解，而且令後人對其也頗有爭論。然而嚴復一生都持有高潔而遠大的志向，其存身自立且行為有度，堅持從一而終的原則一直不願與世俗同行。
兼之他在翻譯學方面敢為人先，他的風格與思想，尤其是他提出的“信、達、雅”的翻譯標準，影響了一大批後來人。嚴復的眾多譯著，如《天演論》、《原富》（即《國富論》）、《群學肄言》、《法意》（即《論法的精神》）、《名學淺說》等，都是給後人留下了十分珍貴的遺產。所以說，嚴復本人的功過是非與成敗得失，以及他在近代中國思想史中產生的深遠影響，值得人們用心研究探討與公正批判。
