川軍團機槍手迷龍
土耳其斯坦軍區解散的直接原因是蘇聯解體。1991年3月，在有關是否保留蘇聯的全民公投中，中亞各共和國大多數居民投票支持保留蘇聯，希望能夠留在新的聯盟中。戈爾巴喬夫主導的有關革新聯盟的談判得到了時任中亞各共和國領導人積極響應，但蘇共烏茲別克斯坦黨組織領導人卡里莫夫突然在烏茲別克實行總統制，成為原蘇聯境內第一個加盟共和國總統。
1991年12月8日，蘇聯主要的三個共和國——俄羅斯、烏克蘭和白俄羅斯的領導人秘密決定解散蘇聯，另外成立一個鬆散的獨立國家聯合體。中亞地區五個共和國領導人得知消息後，決定接受既成事實，以獨立的主權國家身份加入新建立的獨聯體。
蘇聯解體後，土耳其斯坦軍區遂於1992年6月30日正式解散，所轄部隊被新獨立的中亞五國——哈薩克斯坦、烏茲別克斯坦、土庫曼斯坦、吉爾吉斯斯坦和塔吉克斯坦分割繼承，其主力部隊歸了哈薩克斯坦。
土耳其斯坦軍區可以追溯到帝俄時代，十月革命後東方面軍在1918年分編組建了土耳其斯坦方面軍，由伏龍芝任司令員。1926年6月4日，土耳其斯坦方面軍更名為中亞軍區，轄區包括土庫曼、烏茲別克、吉爾吉斯和塔吉克。1940年8月，中亞軍區擴展吸收了哈薩克的大部分土地。
1945年7月9日，中亞軍區分割為土耳其斯坦軍區和草原軍區，領導機關分別以是原中亞軍區司令部、突擊第1、第4集團軍機關為基礎組建。土耳其斯坦軍區司令部駐地塔什干是當時蘇聯的第四大城市，如今仍是中亞地區最大最美的城市。
1946年5月草原軍區併入土耳其斯坦軍區，土耳其斯坦軍區吸收了除西哈薩克三州（烏拉爾斯克州、古裡耶夫州和阿克糾賓斯克州）以外的哈薩克的領土。1958年1月，南烏拉爾軍區解散，土耳其斯坦軍區獲得西哈薩克三州，轄區囊括了中亞五國的全部領土。
由於與中國接壤（包括遠東軍區、後貝加爾軍區、西伯利亞軍區、中亞軍區、土耳其斯坦軍區、蒙古軍區），土耳其斯坦軍區的名號為當時的中國軍民所熟知。1969年6月24日，土耳其斯坦軍區又分出一部分轄區新組建了中亞軍區。新的中亞軍區以第18諸兵種合成集團軍指揮部為基礎，指揮部位於阿拉木圖，包括塔吉克、哈薩克和吉爾吉斯三個加盟共和國領土。土耳其斯坦軍區僅包括烏茲別克和土庫曼。1979年,土耳其斯坦軍區部隊作為主力參加入侵阿富汗的軍事行動。1989年，中亞軍區又被併入土耳其斯坦軍區。折騰來折騰去，沒過幾年蘇聯終於解體了。
