2000年，經過千年更始、世紀交替，人類社會跨入新的歷史進程；2011年，清華大學度過百年華誕，邁入新百年發展的新階段。新世紀以來，清華大學舉行了3次黨的代表大會，進一步總結弘揚建校百年來的光榮革命傳統和優良文化傳統，梳理闡述新時期辦學的重要理念和黨建工作的基本經驗，面對國家發展、民族復興、人類進步的新形勢、新要求，部署建設世界一流大學、培養拔尖創新人才、不斷加強黨的建設等各方面的工作任務。
第十一次黨代會
2002年1月14日至17日，中國共產黨清華大學第十一次代表大會舉行。按照規定，上屆黨委應於1999年任期屆滿，但上級黨組織根據學校級別調整和開展“三講”教育等實際情況，決定我校第十一次黨代會推遲到90週年校慶後召開。大會代表296名，代表全校13958名黨員。
第十一次黨代會會場。
教育部部長、黨組書記陳至立和北京市委副書記龍新民出席開幕式並講話。黨委書記賀美英作題為《以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，為建設世界一流大學而努力奮鬥》的工作報告，從五個方面回顧了過去的工作，指出“我們確定了‘綜合性、研究型、開放式’的世界一流大學辦學模式”，“初步形成了涵蓋理、工、文、法、經濟、管理、藝術和醫學等學科的綜合性大學的格局”，總結了六年工作中的三點深切體會，認為高校黨委發揮應有作用關鍵是“五抓”──抓改革、抓思想、抓班子、抓基層、抓隊伍，同時提出了對今後工作的幾點建議。紀委書記葉宏開作了題為《反腐倡廉為創建世界一流大學服務》的紀委工作報告。各代表團在3次分組討論的基礎上，推舉出17人作大會發言，交流了討論情況。陳希致閉幕詞。
大會通過了決議，選舉產生黨委委員25人，紀委委員11人。校黨委全會選出常委11人，陳希為黨委書記，孫道祥為紀委書記。
為選舉北京市第九次黨代會代表，這次黨代會後不久，我校於2002年4月11日召開黨員代表大會，選舉產生我校出席中共北京市第九次代表大會的代表4人。
本次黨代會後，校黨委為加強黨內民主、發揮代表作用，決定每年召開一次黨代會代表會議，由校黨委書記彙報黨委和學校過去一年的工作，介紹新一年的工作設想。本屆黨委任期內，認真實行了這項制度。2003年3月11日、2004年3月4日、2005年3月10日，分別召開了黨代會代表會議，陳希作了工作報告，在2003年的黨代會代表會議上，還補選了校黨委委員1人。
第十二次黨代會
2006年9月12日至15日，中國共產黨清華大學第十二次代表大會舉行。大會代表294名，代表全校20057名黨員。
中共中央政治局委員、北京市委書記劉淇，教育部部長、黨組書記賙濟出席開幕式並講話。北京市委常委、市委教育工委書記朱善璐出席開幕式。
第十二次黨代會根據代表討論意見對黨委工作報告作了幾十處修改。
黨委書記陳希作題為《全面貫徹落實科學發展觀為建設世界一流大學努力奮鬥》的報告，從六個方面總結了黨的建設和學校工作的顯著成績，包括進一步明確中長期發展目標，提出了“三個九年，分三步走”的總體戰略；論述了樹立和落實科學發展觀，一定要確立正確的辦學理念，一定要堅持實事求是的原則，一定要堅持走群眾路線，一定要處理好涉及學校發展的若干重要關係，即規模、結構與質量的關係，重點突破和全面推進的關係，當前建設與長遠發展的關係，物質條件和精神力量的關係，改革發展穩定的關係；就形勢與任務提出了幾點意見。紀委書記孫道祥作題為《堅持教育、制度、監督並重努力推進我校黨風廉政建設工作》的紀委工作報告。3次分組討論後，18人分別代表各代表團作了大會發言。陳希致閉幕詞。
第十二次黨代會選出的黨委委員合影。
大會通過了關於黨委工作報告的決議和關於紀委工作報告的決議，選舉產生黨委委員29人，紀委委員11人。校黨委全會選出常委13人，陳希為黨委書記，程建平為紀委書記。
2007年4月12日，我校召開選舉北京市第十次黨代會代表大會，我校第十二次黨代會代表240人參會，選舉產生了出席中共北京市第十次代表大會的代表4人。會上，校黨委書記陳希彙報了2006年黨委工作，介紹了2007年工作要點。
第十三次黨代會
我校跨入新百年後的首次黨代會──中國共產黨清華大學第十三次代表大會，於2012年4月10日至12日舉行。大會代表295名，代表全校24513名黨員。
中共中央政治局委員、北京市委書記劉淇和教育部副部長、黨組副書記杜玉波出席開幕式並講話。北京市委常委、秘書長李士祥，市委常委、教工委書記趙鳳桐，副市長洪峰出席開幕式。
黨委書記胡和平作題為《改革創新奮勇爭先努力開創清華大學新百年科學發展新局面》的工作報告，從五個方面回顧五年多來黨的建設和學校工作，論述了必須將世界一流、中國特色、清華風格統一在辦學實踐中，努力走出一條世界一流大學建設的成功之路，提出改革創新，加快建設世界一流大學，繼續推進“三個九年，分三步走”總體戰略，到2020年我國全面建成小康社會時爭取使清華大學在總體上達到世界一流大學水平，到本世紀中葉國家基本實現現代化時力爭進入世界一流大學前列，強調求真務實，努力提高學校黨的建設科學化水平。紀委書記韓景陽作題為《深入推進黨風廉政建設為學校改革發展提供堅強保證》的紀委工作報告。
第十三次黨代會進行大會發言。
代表們分18個小組進行了3次討論，並推舉代表作了大會發言。根據黨的十七大報告要求，從本次黨代會開始，我校正式實行黨代會代表任期制和提案制。本次黨代會共收到代表提案48件，立案31件，轉為建議17件，黨代會提案工作委員會主任韓景陽在閉幕式上作了提案工作報告。胡和平致閉幕詞。
大會通過了關於黨委工作報告的決議和關於紀委工作報告的決議，選舉產生黨委委員29人，紀委委員11人，出席北京市第十一次黨代會的代表4人。校黨委全會選出常委13人，胡和平為黨委書記，韓景陽為紀委書記。
以座談會形式舉行黨代會代表會議落實任期制。
2016年1月4日，我校首次以座談會的形式，召開黨代會代表會議，貫徹落實中央關於黨代會代表任期制的要求。黨委書記陳旭通報了開展“三嚴三實”專題教育和校領導班子民主生活會的情況，有關部門負責人分別介紹了學校“十三五”事業發展規劃綱要和黨的建設“十三五”規劃的制定情況和主要內容。
2016年12月22日，我校舉行第十三次黨代會代表會議。黨委書記陳旭傳達了全國高校思想政治工作會議精神，通報了本屆黨委主要工作和第十四次黨代會籌備情況。黨委副書記鄧衛通報了學校黨的建設、文化建設“十三五”規劃的制定過程和主要內容。有關部門負責人通報了“兩學一做”學習教育和落實基層黨建專項任務情況。黨委常務副書記姜勝耀作總結講話。
2017年5月25日，我校出席北京市第十二次黨代會代表選舉大會舉行，我校第十三次黨代會代表198人參會，選舉產生中共北京市第十二次代表大會代表4人。黨委書記陳旭彙報了近期學校黨委工作的要點。
最近，我校第十四次黨代會即將召開。會議將總結過去五年來學校發展和黨的建設新成就，鼓舞全校共產黨員和廣大師生員工紮根中國大地、聚力改革創新，為邁入世界一流大學前列而不懈奮鬥。
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