神舟飛船是我國的太空載人往返運載系統，自從楊利偉上天以來的多次執行任務，它保持著百分百的安全性，可以說是一件“信得過產品”，但不為人知的是，在他的實驗過程中，也有過多次意想不到的事件發生。
比如在楊利偉第一次參加載人航天實驗的時候，乘坐長征2f火箭搭載的神舟5號飛船進入太空，就曾經遇到火箭的共振，時間長達26秒，五臟六腑如翻江倒海，那是一種讓人非常難受的情況，一度讓楊利偉“感覺要犧牲了”，而且在返回的時候，神舟5號重新進入濃厚的大氣層，巨大的降落傘拉開的時候還破了一點，然後就是在返回艙落地的時候，速度有點兒太快，導致飛船返回艙落地後又彈起，使得楊利偉在飛船中也經受了猛烈的震盪，而且由於嘴角磕到了麥克風上，把嘴角竟然都磕破了，不過幸好都沒有出大問題，作為中國第一首載人飛船，神舟5號也算圓滿完成了任務，就像楊利偉對媒體記者所說的那樣，即便是普通人乘坐神舟5號飛上天，活著回來也是沒問題的。
但是在楊利偉乘坐神舟5號飛天之前，中國的神舟飛船已經試驗了四次，其中第二次尤其危險，即神舟2號上天的時候，楊利偉曾在採訪中透露：在“神舟二號”上天后返回時，降落傘竟然沒有打開，返回艙來了個硬著陸，如果人在裡面的話，巨大的衝擊力會讓人遭遇生命不能承受之重，從而難以保住生命，楊利偉關於神舟2號的表態也是我國航天首次公開承認“神舟二號”返回時出現重大故障。
其實關於神舟2號返回的情況，很多人曾經產生過疑問，因為據說當時“神舟二號”發射的時候，各方面的關注和報道很多，但是在返回後卻基本沒怎麼報道，而且在其他幾艘神舟飛船返回的時候都用了“成功著陸”這個詞，但只有神舟二號用了“成功返回”，雖然同樣是成功，但是情況卻是不一樣的，或者說結果也是完全不同的。
雖然很少有講到神舟2號返回時情況的報道，但是在《載人航天發射技術》一書中，也用了很明白的表述，就是“在飛船返回過程中傘系統發生故障”。還有就是，“神舟二號”升空時攜帶有不少信封郵件，但是不少都燒燬了，由中國航天醫學工程研究所製作的一枚保存了下來，信封上貼長城普票200分和80分票各一枚，但是該信封右側上端邊緣有燒焦痕跡，這可能是因為神舟飛船在返回大氣層中的速度過大，與大氣層發生劇烈摩擦，溫度上升，某些保溫層被破壞，燒焦了裡面的一些信件等等，這樣的情況都發生了，飛船裡面的景象可想而知，如果有人的話，可能到不了地面就熱死了，即使沒熱死，落地時巨大的衝擊力也不是人所能承受的。
為什麼會發生這樣重大的系統故障呢？有網友認為，這是由於當時飛船上主副傘切換裝置還沒搞定，神舟二號都是隻裝了主傘，由於沒有副傘引導，導致主傘沒能打開，才出現了上述情況，但是也正是由於出了這樣的事故，飛船返回艙的降落傘安裝和控制系統都進行了徹底的改進，於是之後的神舟飛船發射返回都沒有出現過這樣的事故了。