注：本攻略以 PS4 版為例，Xbox One / PC 版可靈活參考
本作共有八個為支線任務，全部完成後會自動獲得
不速之客－庫阿克雅庫
完成“入侵物種”獲得獎盃“不速之客”
心神合一 / 刀劍無情 / 越獄風雲 / 傳奇猛獸－秘密都市
“心神合一”：
完成“感性與理智”取回救星護符後獲得獎盃
“刀劍無情”：
分為兩部分。第一部分完成“死亡骰子”任務可開啟隱藏商人，可購買強化小刀。
第二部分，完成“處決暫緩”任務之後獲得精心製作的小刀，即可獲得獎盃
“越獄風雲”：
完成“處決暫緩”任務後獲得獎盃
“傳奇猛獸”：
在最終決戰之前，在骷髏島營地再次向哈庫接受並完成“感性與理智”最後一部分的取回冠軍神弓的委託
值得注意的是，擊殺納瓦人後不會立即跳杯，回到營地與哈庫提交委託後才能獲得獎盃
支線任務限定，影響100%收集
大部分支線任務及收集品都有地圖和求生本能提示，大家按圖索驥即可。這裡給出不會被求生本能標出的，可能錯過的收集品。
位於秘密都市的“寡婦之淚”委託有一個地方需要繞路才能到達：
最後有一項需要玩家自行尋找的線索且沒有任何提示：
位於聖胡安傳教所的“偏逢黴運”在墓地需要解決一個小孩謎題，一樣沒有求生本能提示。