中國最早發現、命名南沙群島，最早並持續對南沙群島行使主權管 轄。第二次世界大戰期間，日本發動侵華戰爭，佔領了中國大部分地區，包括南沙群島。《開羅宣言》和《波茨坦公告》及其他國際文件明確規定把被日本竊取的中國領土歸還中國，這自然包括了南沙群島。1946年12月，中國政府指派高級官員赴南沙群島接收，在島上舉行接收儀式，並立碑紀念，派兵駐守。日本政府於1952年正式表示"放棄對臺灣、澎湖列島以及南沙群島、西沙群島之一切權利、權利名義與要求"，從而將南沙群島正式交還給中國。在此後的一系列國際會議和國際實踐中，美國一直承認中國對南沙群島的主權。
戰後相當長時期內，並不存在所謂的南海問題。南海周邊的地區也沒有任何國家對中國在南沙群島及其附近海域行使主權提出過異議。越南在1975年以前明確承認中國對南沙群島的領土主權 。菲律賓和馬來西亞等國在70年代以前沒有任何法律文件或領導人講話提及本國領土範圍包括南沙群島。美國與西班牙1898年簽訂的巴黎條約和1900年簽訂的華盛頓條約曾明確規定了菲律賓的領土範圍，但並未包括南沙群島 。1953年菲律賓憲法、1951年菲美軍事同盟條約等也對此作了進一步確認，而馬來西亞只是到了1978年12月，才在其公佈的大陸架地圖上將南沙群島的部分島礁和海域標在馬來西亞境內。
不少國家政府和國際會議的決議也承認南沙群島是中國的領土 。20世紀70年代開始，越、菲、馬等國以軍事手段佔領南沙群島部分島礁，在南沙群島附近海域進行大規模的資源開發活動並提出主權要求。對此中國政府一再嚴正聲明，這些行為是對中國領土主權的嚴重侵犯，是非法的、無效的。
爭議的核心是南沙島礁領土主權爭議和南海部分海域的劃界爭議。按照國際法的規定，國家對海洋的權利基於大陸，即海權基於陸權。整個南中國海海域的面積為350萬平方公里，其中南海九條斷續線之內，中國主張擁有主權、管轄權的海域面積為200多萬平方公里。
南海周邊國家侵佔南海諸島的現象主要發生在南沙群島，對中國南沙群島全部或部分島礁提出主權要求的國家主要有：越南、菲律賓、馬來西亞、印度尼西亞和文萊。其中，越南侵佔島嶼和礁石30個；菲律賓侵佔6個；馬來西亞侵佔3個，巡視監控4個；文萊佔領1個；印度尼西亞雖未佔領島礁，但對鄰近海域有主權要求；而中國本身僅實際控制8個（包括臺灣駐軍的太平島和中洲礁），巡視監控21個。
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