明教又稱摩尼教，這個教派在唐朝的時候傳入中國，並且在唐武宗遭到打擊轉入地下，摩尼教是一個專門教唆別人起義的教派，北宋方臘也是教眾之一。
這樣一來，朝廷就更加容不得摩尼教了。到了南宋時期，明教開始跟彌勒教、白蓮社聯結在一起，大家轟轟烈烈搞起義。
元代末期起義軍“紅巾軍”就是摩尼教（明教），彌勒教，白蓮教聯合扶持的起義軍，在原起義軍“大明王”韓山童死後，他的兒子“小明王”上位。這個時候朱元璋的戲份就來了，他開始活躍在小明王的左右，不久之後朱元璋取代小明王，統一散亂的紅巾軍，並且在不久後推翻了元朝的統治建立明朝。
但是明朝建立之後朱元璋的首要目標是穩定朝政，而摩尼教，白蓮教等等都是教唆別人反叛的，這是對朱元璋十分不利，畢竟誰也不想自己的國家天天有一群人在天天想著怎麼謀反，而他自己對明教和白蓮教了解的比誰都深，自然會首先拿這明教開刀了。
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