總包實際是農民工拖欠工資的第一責任人，面臨墊付工資的風險
條例只規定了建設單位按月撥付人工費，建設單位的人工費實際是由建設單位和總包合同中約定的。
對於建設單位來說，總包實際處於弱勢地位，在招投標時，其只能面臨兩種選擇，一是對建設單位的要求進行實質性響應，二是不進行響應放棄中標機會。
如果建設單位（發包人）在招標文件中約定了苛刻的人工費比例或者工程款付款條件，總包單位為中標也只能被迫接受。換句話說，建設單位根據合同約定撥付至農民工工資專用賬戶的錢可能是遠遠不能滿足實際需要的。在此情況下，總包很可能面臨墊付農民工工資的風險。
根據條例32條規定，總包單位要存儲工資保證金，專項支付農民工被拖欠工資。同時根據條例35條規定，不能因爭議不按規定代發工資。所以，雖然條例第30條規定分包單位對農民工工資支付負直接責任，但實際上總包單位因工資代發制度才是農民工拖欠工資的第一責任人。
第三十條 分包單位對所招用農民工的實名制管理和工資支付負直接責任。
第三十二條 施工總承包單位應當按照有關規定存儲工資保證金，專項用於支付為所承包工程提供勞動的農民工被拖欠的工資。
第三十五條 建設單位與施工總承包單位或者承包單位與分包單位因工程數量、質量、造價等產生爭議的，建設單位不得因爭議不按照本條例第二十四條的規定撥付工程款中的人工費用，施工總承包單位也不得因爭議不按照規定代發工資。
總包不可避免的介入分包的管理
總包單位採用工資代發制，首要任務是需要知曉代發農民工工資的金額，且必須將代發的農民工工資的金額控制在核算的人工費以內。否則，極有可能出現總包單位代發的農民工工資總額高於人工費，甚至是高於合同金額的情形。如此，將會加大總包單位的風險。
對於總包來說
如果不對農民工的合同進行干涉，很可能出現利用總包單位代發農民工工資的通道，趁機抬高農民工的工資，變相提前收取工程款的情況。如果不對工作內容進行安排監督，也同樣會出現虛報工資等。
對於分包單位來說
代發工資直接直接削弱其對農民工的管理能力，而工資不經自己直接發放給農民工相當於放棄了一部分利益。
由於總包直接代發工資，勞務分包或包工頭的利益很難保證，他們的管理動力就會減弱。而對於虛報工資等情況，則需要對農民實名制，工資臺賬、工資專管員制度進行落實，對工作安排，工資待遇進行全面介入。
以上情況均增大了總包單位的管理難度，如總包單位的不加大管理力度填補分包單位或包工頭留下的空白或虛報工資的風險防範，則整個工程項目均處於不可控的風險之中。
第三十一條 工程建設領域推行分包單位農民工工資委託施工總承包單位代發制度。分包單位應當按月考核農民工工作量並編制工資支付表，經農民工本人簽字確認後，與當月工程進度等情況一併交施工總承包單位。施工總承包單位根據分包單位編制的工資支付表，通過農民工工資專用賬戶直接將工資支付到農民工本人的銀行賬戶，並向分包單位提供代發工資憑證。
對於勞動關係認定的挑戰
如果一個農民工的工資水平由總包進行干預，工資由總包進行支付；每天進場都接受總包的檢查，工作由總包安排，工作的內容是總包的一部分，風險亦可能由總包承擔（建築工程工傷險）。那麼除了形式上和分包的合同以外，如何確認到底和哪個主體建立了勞動關係？
在目前取消勞務分包資質的情況下，會不會造成建築單位通過形式上的勞務分包，逃避勞動法規定的其他責任？
律師評：
對總包單位必須承擔起更多的管理責任才能預防農民工代發制度導致的產生的風險，總包的市場競爭力核心在於管理水平。
對於勞動分包而言，代發工資制度雖然使其失去了一部分利益，但是也降低了很大的風險。分包單位只有提供熟練的建築產業工人才能在市場上具有競爭力。
這可能正是立法的目的：鼓勵成立“專業勞務分包企業”來代替“包工頭”的模式，即總包企業只存在相關專業管理人員，分包企業則掌握熟練的建築產業工人。
