由於新病例的迅速增加，2019年冠狀病毒病（COVID-19）很快引起了全球關注，病原體被鑑定為SARS-CoV-2 。截至2020年4月16日，全球確診病例累計超過200萬例，死亡14萬餘例。這些數字每天都會更新，而且預計還會進一步增加。瞭解病毒進入新種群後的進化和傳播方式對於設計有效的疾病控制和預防策略至關重要。
2020年4月16日，廣東省疾病預防控制中心柯昌文及牛津大學Oliver G Pybus共同通訊在Cell 在線發表題為“Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China ”的研究論文，該研究結合了宏基因組測序和平鋪擴增子方法，從廣東受感染的個體中產生了53個基因組。
流行病學和系統發育分析相結合的結果表明，儘管由於大流行初期病毒遺傳變異低，但系統發育聚類尚不確定。該研究結果表明，假定的本地傳輸鏈的時間，規模和持續時間受到國家出行限制以及該省大規模密集監視和干預措施的約束。儘管取得了這些成功，但隨著從其他國家進口的病例數量的增加，仍需要在廣東進行COVID-19監視。
由於新病例的迅速增加，2019年冠狀病毒病（COVID-19）很快引起了全球關注。新型冠狀病毒感染被認為是從動物傳播的，病原體被鑑定為SARS-CoV-2。到2020年1月，懷疑最初受感染的患者是通過人與人之間的傳播感染了該病毒。自2020年1月以來，該病毒已迅速傳播到中國大部分地區和其他國家。截至2020年4月16日，全球確診病例累計超過200萬例，死亡14萬餘例。這些數字每天都會更新，而且預計還會進一步增加。
廣東省和珠江三角洲大都會區擁有一些世界上最大，人口最稠密的城市地區。廣東是中國人口最多的省份（1.13億人口），其中有許多大城市，包括廣州（1200萬），深圳（1000萬），東莞（800萬）和佛山（700萬）。該省與湖北省的交通聯繫十分便利，湖北省報告了首例COVID-19病例。據估計，從2020年1月10日開始的春節期間，武廣高速鐵路每天運送10-20萬人次。到2020年3月19日，廣東省確診的COVID-19病例為1,388例。
瞭解病毒進入新種群後的進化和傳播方式對於設計有效的疾病控制和預防策略至關重要。在這項研究中，研究人員結合遺傳和流行病學數據來調查廣東省SARS-CoV-2的遺傳多樣性，進化和流行病學。研究人員使用宏基因組測序和多重PCR擴增，然後進行納米孔測序，從廣東53例患者中產生了病毒基因組序列。通過系統發育分析，在可用流行病學信息的背景下進行解釋，研究人員試圖調查傳入病例與本地傳播的時間和相對貢獻，廣東省內遺傳上不同的傳播鏈的性質以及廣東省如何反映緊急情況。該研究結果可能為在其他地區實施和解釋COVID-19的基因組監測提供有價值的信息。
具體而言，到2020年初，中國人口最多的廣東省進行了廣泛的分子監測，從160萬試驗中報告了1388例RNA陽性病例。為了瞭解中國SARS-CoV-2的分子流行病學和遺傳多樣性，研究人員結合了宏基因組測序和平鋪擴增子方法，從廣東受感染的個體中產生了53個基因組。
流行病學和系統發育分析相結合的結果表明，儘管由於大流行初期病毒遺傳變異低，但系統發育聚類尚不確定。該研究結果表明，假定的本地傳輸鏈的時間，規模和持續時間受到國家出行限制以及該省大規模密集監視和干預措施的約束。儘管取得了這些成功，但隨著從其他國家進口的病例數量的增加，仍需要在廣東進行COVID-19監視。
參考消息：
https://marlin-prod.literatumonline.com/pb-assets/products/coronavirus/CELL_CELL-D-20-00921.pdf
