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房地產開發企業項目開發週期長，成本核算複雜，稅種多，涉稅規定紛繁複雜。現為您解答如下：
一、稅務既然來查賬肯定不單對增值稅，故先補充幾個知識點：
（一）房開企業有三大預繳稅種
1、增值稅，按預收賬款的3%預繳；
2、企業所得稅，銷售未完工產品按15%（有的地方10%或5%）的預計毛利率計稅預繳企業所得稅；
3、土地增值稅，按預收賬款預交：普通住宅1%，非普通2%，商業3%（不同地方規定不一樣）
（二）增值稅三個“率”
1、老項目可選擇簡易徵收方式適用5%的徵收率；根據描述貴公司是老項目，以下回答均基於此。
2、新項目採用一般計稅方式稅率目前是9%；
3、不管新老項目，增值稅預徵率都為3%；
二、增值稅的預繳問題
（一）本期應繳稅款的計算
1、本期預繳稅款=預收賬款發生額（不含稅）*3%；
2、本期結轉收入的預收賬款補交增值稅=結轉收入額*2%；
一般企業很難做到交房後即確認收入，產品完工後即結轉完工產品成本，故這個點一般都在年終處理，這裡為了便於理解做這樣的表達。
3、當月應繳納的增值稅=每月預繳稅款+每月結轉預收賬款補交增值稅
（二）年累計已繳增值稅的計算
1、累計結轉收入已繳稅款=已結轉收入（預收賬款）*5%（含預繳的3%和補交的2%）
2、累計未結轉收入以預繳稅款=年末預收賬款餘額*3%
3、累計已繳增值稅=累計結轉收入已繳稅款+累計未結轉收入以預繳稅款
（三）累計應繳稅款的計算
累計應交增值稅=已結轉收入*5%-已結轉的預收賬款*3%+預收賬款發生額*3%；
三、稅務查賬人員說法的批判
（一）“稅務查賬人員說銷售收入*5%+年末預收賬款/1.05*3%即為本年應交增殖稅”不準確。
1、銷售收入即為已結轉收入的預收賬款，若按5%計算則重複計算了前期已經按3%預繳的部分增值稅，給你算多了；
2、年末預收賬款/1.05*3%計算，除以1.05的隱含前提是你的預收賬款是沒做價稅分離的，這個你自己要查賬核對；
同時這裡的年末預收賬款不包含已結轉部分即：預收賬款科目貸方發生額-借方發生額；
（二）“把預繳稅款按年末預收賬款餘額預交3%增值稅留足後，預繳增值稅可以抵減應交增值稅”這種做法加大企業稅收負擔，貴公司應該稅務局爭取預繳的稅款全額抵扣應交稅款，減輕稅收負擔。
預繳的增值稅是否可以抵減應交增值稅，一直以來存在兩種觀點，分別是可以抵扣和不可以抵扣，涉及稅收政策理論較多，並且受當地主管稅務機關的管理口徑影響較大，不在此贅述。
房地產開發企業涉及稅種非常複雜，財務人員若沒有相當的理論知識和實戰經驗，理解運營起來確實很費勁，在此儘量簡單表達了，若還有疑問，請留言諮詢！
眾信稅務
再和稅務溝通吧，稅務人員的說法是錯誤的。理由如下：
1、依據營改增相關文件規定，房地產開發企業採取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，應在收到預收款時按照3%的預徵率預繳增值稅。應預繳稅款按照以下公式計算：
應預繳稅款=預收款÷（1+適用稅率9%或徵收率5%）×3%。這就是預交3%的依據。
2、貴公司是適用簡易計稅的老項目，依據規定，一般納稅人銷售自行開發的房地產項目適用簡易計稅方法計稅的，應按照規定的納稅義務發生時間，以當期銷售額和5%的徵收率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減。
即：應納增值稅額=不含稅銷售收入×5%-已預交增值稅額。
所以說，稅務人員的說法沒有依據。其實這也是很多人的一個錯誤觀點，認為原來已預繳3%，確認銷售收入時直接補2%的差額。
建議就這個問題與稅務人員繼續溝通，相信可以解決。
就適用簡易計稅的老項目增值稅的計算問題，本人曾專門寫過一篇文章，如有興趣，請點擊https://www.toutiao.com/i6772895165032956419/
希望我的回答對你有所幫助。
金典財稅
稅務局這種說法值得商榷
首先，預繳增值稅可以抵減應交增值稅，否則預繳就沒有意義，之所以是預繳，就是因為納稅義務發生時間尚未發生，不具備要繳稅的條件，但是為了稅款均衡入庫，所以先預繳一部分。
其次，預繳稅款後，待納稅義務時間發生以後，該項目按照適用稅率計算應繳稅款，按照題注的描述應該是適用5%徵收率的老項目，一般來說計算出的結果要比預繳的要大，補繳差額部分即可。
一般納稅人銷售自行開發的房地產項目適用簡易計稅方法計稅的，應按照《試點實施辦法》第四十五條規定的納稅義務發生時間，以當期銷售額和5%的徵收率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款後，向主管國稅機關申報納稅。未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減。
所以，文件規定的很清楚，可以抵減，也必須抵減。但是當地稅務局為什麼這麼說呢？我猜測唯一的理由是他們認為項目之間不能混抵，比如我是A項目預繳的3%，但是在計算B項目的時候這3%不能拿來用，再也想不出其他的理由了。其實我認為這種做法比較教條，一張申報表，根本區分不了也沒有必要區分項目，除了簡易項目和一般項目需要區分一下外，簡易項目之間實在沒有必要摳那麼細了，不允許混抵，項目一一對應，雖然最終計算的結果是一樣的，企業不會因此多交稅，但是卻忽視了企業資金的時間價值，過多過長時間佔用了企業的資金，對企業不利。
