自2004年《國家稅務總局關於印發的通知》（國稅發〔2004〕153號，下文簡稱153號文）出臺，國家稅務總局將代開增值稅專用發票納入防偽稅控系統管理至今，隨著時間的推行，特別是營改增推行諸多新政以來，實務中代開增值稅專用發票出現幾項特例，現總結歸納如下：
特例一 “為非管轄範圍內納稅人代開”
153號文第二條規定：“本辦法所稱代開專用發票是指主管稅務機關為所轄範圍內的增值稅納稅人代開專用發票，其他單位和個人不得代開。”該條款限定主管稅務機關只能為所轄範圍內增值稅納稅人代開專用發票。實務中，已有特例。
2017年，國家稅務總局出臺《貨物運輸業小規模納稅人申請代開增值稅專用發票管理辦法》（國家稅務總局公告2017年第55號，以下簡稱55號公告）。公告第三條規定：“納稅人在境內提供公路或內河貨物運輸服務，需要開具增值稅專用發票的，可在稅務登記地、貨物起運地、貨物到達地或運輸業務承攬地（含互聯網物流平臺所在地）中任何一地，就近向稅務機關（以下稱代開單位）申請代開增值稅專用發票。”為進一步方便納稅人，結合運輸業跨區域經營的行業特點，55號公告針對公路或內河貨物運輸服務業小規模納稅人出臺可以在稅務登記地、貨物起運地、貨物到達地或運輸業務承攬地（含互聯網物流平臺所在地）中任何一地，不受主管稅務機關管轄範圍限制，就近申請代開增值稅專用發票。
這裡需要提醒注意的是，55號公告明確納稅人在非稅務登記地申請代開增值稅專用發票，不改變主管稅務機關對其實施稅收管理；同時，增值稅發票管理新系統定期將納稅人異地代開發票、稅款繳納等數據信息清分至主管稅務機關。主管稅務機關應加強數據比對分析，對納稅人申請代開增值稅專用發票金額明顯超出其實際運輸能力的，主管稅務機關可暫停其在非稅務登記地代開增值稅專用發票並及時約談納稅人。經約談排除疑點的，納稅人可繼續在非稅務登記地申請代開增值稅專用發票。
特例二 “自然人代開增值稅專用發票”
153號文第五條：“本辦法所稱增值稅納稅人是指已辦理稅務登記的小規模納稅人（包括個體經營者）以及國家稅務總局確定的其他可予代開增值稅專用發票的納稅人。”規定，申請代開專票的納稅人包括已辦證的小規模納稅人和其他總局規定可以代開納稅人；實務中已有“自然人可以代開增值稅專用發票”特例對應153號文“其他總局規定可以代開納稅人”這一兜底表述。
具體的，依據《國家稅務總局關於營業稅改徵增值稅委託地稅局代徵稅款和代開增值稅發票的通知》（稅總函〔2016〕145號）規定：“增值稅小規模納稅人銷售其取得的不動產以及其他個人出租不動產，購買方或承租方不屬於其他個人的，納稅人繳納增值稅後可以向稅務局申請代開增值稅專用發票。”
依據此條款，其他個人（也就是自然人）銷售其取得不動產或出租不動產，購買方或承租方不屬於其他個人的，可以申請代開增值稅專用發票。通俗點說，自然人銷售取得的不動產或者出租不動產，只要受票方不是自然人，都可以申請代開增值稅專用發票。
特例三 “彙總代開增值稅專用發票”
依據《國家稅務總局關於個人保險代理人稅收徵管有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第45號，以下簡稱45號公告）第三條：“接受稅務機關委託代徵稅款的保險企業，向個人保險代理人支付佣金費用後，可代個人保險代理人統一向主管稅務機關申請彙總代開增值稅普通發票或增值稅專用發票。”
簡單點說，45號公告規定了一種特例，由受票方（保險企業）可以代替開票方（個人保險代理人），向稅務機關申請彙總代開增值稅專用發票。這一特例，也是從提高辦稅效率、節約辦稅成本的角度，破解實務中保險代理人眾多、代開發票耗時耗力這一難題。這裡需要提醒注意的是，45號公告規定，證券經紀人、信用卡和旅遊等行業的也可以選擇彙總申請代開發票這一模式。
特例四 “小規模自開專票納稅人仍須代開專票”
根據《國家稅務總局關於擴大小規模納稅人自行開具增值稅專用發票試點範圍等事項的公告》（國家稅務總局公告2019年第8號）規定，住宿業，鑑證諮詢業，建築業，工業，信息傳輸、軟件和信息技術服務業，租賃和商務服務業，科學研究和技術服務業，居民服務、修理和其他服務業上述8個行業小規模納稅人發生增值稅應稅行為，需要開具增值稅專用發票的，可以自願使用增值稅發票管理系統自行開具。
但納稅人需要注意的是，上述納稅人發生“銷售其取得的不動產”這一增值稅應稅行為時，仍須前往稅務機關代開專票，其他增值稅應稅行為均自行開具增值稅專用發票。
特例五 “聯次留存”
依據153號文第十三條“為增值稅納稅人代開的專用發票應統一使用六聯專用發票，第五聯代開發票崗位留存，以備發票的掃描補錄，第六聯交稅款徵收崗位，用於代開發票稅額與徵收稅款的定期核對，其他聯次交增值稅納稅人。”
但也有特例。依據《國家稅務總局關於納稅人銷售其取得的不動產辦理產權過戶手續使用的增值稅發票聯次問題的通知》（稅總函〔2016〕190號），納稅人辦理產權過戶手續需要使用發票的，可以使用增值稅專用發票第六聯或者增值稅普通發票第三聯。因此，從這一角度出發，納稅人銷售其取得的不動產和其他個人出租不動產申請代開增值稅專用發票時，第四聯由代開發票崗位留存，以備發票掃描補錄；第五聯交徵收崗位留存，用於代開發票與徵收稅款的定期核對；其他聯次交納稅人。
總結一下就是：代開專票，一般情形納稅人留存第一至四聯；涉及不動產銷售、出租業務代開專票時，納稅人留存第一、二、三、六聯次，其中第六聯次用於辦理產權過戶手續。
中稅答疑
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