2004年6月16日，騰訊在香港聯合交易所正式掛牌上市。
馬化騰：“我們曾險些把開發出的QQ以60萬元的價格賣給別人，現在有點慶幸當初沒有貿然行事，要在互聯網上掘金就不能只看到眼前利益。許多很有才華的網絡人才往往沒有注意這一點而失去了長遠機會。”
2004年馬化騰結婚了，過去幾年，他幾乎每天都晚上10點之後才離開公司，大家常常也要晚下班。結婚之後，他開始按時下班，大家也以為解放了，好日子沒過多久，大家經常在半夜12點之後收到他的工作郵件。
據傳圖片中的女孩是馬化騰的妻子（未確認），馬化騰和妻子是QQ網友，在北京見面認識的。馬化騰把妻子和女兒的隱私和照片保護得非常好，也許這樣妻兒就可以做一個不被圍觀的普通人，可以大大方方去逛街吃飯過平常人的生活，不被聲名困擾
2005年馬化騰提出“在線生活”的新戰略，決心圍繞騰訊核心產品QQ重新佈局，搭建基於互聯網的虛擬生活社區，滿足年輕人的所有娛樂需求，這一年QQ推出了QQ空間。
騰訊發展情況
在騰訊的發展過程中，其主要的競爭對手是聯眾、盛大、網易、MSN、51空間、人人網、新浪微博與360等遊戲、社交、工具領域的企業。
騰訊和競爭對手
但校園招聘時，最好的學生都搶著進微軟，沒人願意來騰訊，馬化騰調侃說騰訊在用二流三流的人才與微軟打仗。
2006年2月，作為“中國互聯網行業最有權勢的人物”之一，任騰訊總裁的馬化騰忽然辭職。他從臺前到幕後，一心一意地做產品規劃和戰略規劃。在騰訊，幾乎所有的人都知道，馬化騰不僅喜歡首席體驗官的身份，更喜歡將自己看成騰訊最高級別的產品經理，對每一款產品進行體驗。
騰訊在全面拓展業務的同時，騰訊員工數目激增，管理日漸複雜。馬化騰坦言：“未來，如何提高自身的執行力，對我是一種挑戰。騰訊並不是我一個人搞起來的，假如有分歧就要談，要以理服人。假如這個決策是由你的個性、性格決定的，人家就要懷疑你的能力了。”
“我們要找職業經理人跟我們搭配，你再努力，很多的專業管理知識可能還是跟不上。對用戶需求的把握和技術上的東西，我們可能可以做得好;但管理這方面，你不可能做得完美。我們每個人都在找接班人，都在進行雙打的配合，包括我本人，都是雙打的匹配。這是為了避免最後要麼撤要麼退，這對公司影響太大。有些公司的‘老人’，有職業經理人沒有的優點，你放棄其實是很浪費的。”
從這件事來看，馬化騰深知個人因素在一個成功企業內部的利弊。他曾經表示“一個企業在發展過程中，領導人的魅力尤其重要。但是企業發展到一定階段以後，就需要從個人英雄主義階段過渡到科學的管理體系 ”。“辭職”是為了能更專注於工期的戰略方向和產品規劃。實際上，馬化騰仍然是騰訊的董事會主席兼首席執行官，辭去的只是“總裁”頭銜。
馬化騰將業務經營交給作為職業經理人的劉熾平，而專注於自己在技術和客戶體驗上的專長。馬化騰：
“劉熾平先生對公司的日常管理和運營貢獻良多，正是在他和其他管理團隊的協助下，我才能夠將主要精力放在制定公司戰略方面。”自劉熾平上任以來，騰訊的股價已經從五六元上漲到二十幾元，成為中國市值最高的互聯網公司。在幾年的合作中，劉熾平監督公司日常管理和運營，而馬化騰側重戰略和產品開發。
馬化騰經常每天輪著使用產品，他覺得“這個週末不試，肯定出事”。馬化騰在公司裡要求“10/100/1000”原則：產品經理每個月必須做10個用戶調查，關注100個用戶博客，收集反饋1000個用戶體驗。
2006年馬化騰接受《中國企業家》採訪時說：“我不盲目創新，微軟、谷歌做的都是別人做過的東西。最聰明的方法肯定是學習最佳案例，然後再超越。”
2006年QQ在線用戶超過2000萬，熊明華問馬化騰：“你估計什麼時候可以超一個億？”馬化騰說：“也許我有生之年看不到。”2010年3月5日晚上7:52，QQ同時在線用戶達到1個億。
2010年9月27日，3Q（360和QQ）大戰爆發，360發佈了其新開發的“隱私保護器”，專門蒐集QQ軟件是否侵犯用戶隱私。隨後，QQ立即指出360瀏覽器涉嫌借黃色網站推廣。
2010年11月3日，騰訊宣佈在裝有360軟件的電腦上停止運行QQ軟件，用戶必須卸載360軟件才可登錄QQ，強迫用戶“二選一”。從2010年到2014年，兩家公司上演了一系列互聯網之戰，並走上了訴訟之路。
在QQ、360二選一的界面上，騰訊職員想要把“卸載360“這幾個字體調的大點，好引導用戶選擇，不過馬化騰堅持“卸載QQ”和“卸載360”兩個按鍵的字體一樣大，把選擇權交到用戶手中。
2011年1月21日，騰訊推出微信，微信由張小龍所帶領的騰訊廣州研發中心產品團隊打造。
那段時間“所有高管都在試用，有什麼問題立刻在群裡反饋，立刻去改。大家天天工作到凌晨3點、凌晨5點”，最終，微信誕生。
馬化騰：“很多人說騰訊是最早拿到移動互聯網門票的公司，指的就是微信。微信的確是唯一一個在手機上開始做的，並且是以手機為主的，這在以前是不多見的。以前都是在傳統互聯網上做好，換掉屏幕，轉到手機上。但微信反其道而行之，
為什麼反而特別有魅力呢？因為這個產品讓我們看到很多獨特的體驗。它充分利用手機和PC的區別，把移動端變成人隨身的一個器官。微信的誕生源自於騰訊的危機感，因為微博的出現，還是從社交切入，對於騰訊來說是一個強大的競爭對手。當時騰訊內部有3個團隊報名做一款能夠對抗微博、能夠解決PC到移動端的產品，最後一個張小龍團隊做出來了微信。”
騰訊廣州研發中心
張小龍是一個特立獨行的人，2005年3月，騰訊接收了張小龍團隊，張小龍創造的Foxmail郵箱用戶體驗非常好。
張小龍帶著二十多人的團隊加入了騰訊，負責QQ郵箱的建設，但一開始他總是以“早上起不來”為藉口不去參加會議，馬化騰就讓自己的秘書一大早叫醒他。後來張小龍說路上堵車，以後每週開例會的時候，小馬哥派的專車都會準時到樓下來接他。張小龍不想來深圳工作，馬化騰就在廣州設立了研發中心，張小龍當總經理，只需每週開車趕到深圳參加總裁辦公會議即可。
張小龍
在騰訊內部，馬化騰和張小龍被認為是頂尖的產品經理。產品經理最主要的作用是研發出讓用戶體驗好的產品。那到底什麼是用戶體驗？張小龍認為，“用戶體驗”就是一種讓自己瞬間變成“白痴”用戶的能力。張小龍對馬化騰的評價是，馬化騰大概能在3秒內讓自己變成“白痴”用戶，喬布斯用1秒，而他自己大概需要5秒。
馬化騰自己每天高頻使用產品，不斷髮現不足，一天發現一個，解決一個，就會引發口碑效應。直到現在，馬化騰依舊給自己定位為“產品經理”，對產品的極致追求，已經寫進了馬化騰的性格里，這種性格特質也成就了現在的騰訊。
縱觀騰訊發展史，即使一開始的QQ，騰訊也不是第一個研發的。但騰訊公司的產品，往往都能後來居上，超越前者，這與馬化騰擅長的用戶體驗密不可分。騰訊打過與競爭對手的戰役，最終戰勝對手的，也是產品體驗好一點，再好一點。
馬化騰說：“你把每一步都做到極致的話，出來的產品一定會被很多人喜歡，這是我們一個成功的基礎。我非常樂意擔當產品經理的角色，我會關注每一個細節，調動公司的人和資源持續改善，直到讓用戶滿意為止。”
2012年3月29日凌晨4點，馬化騰在騰訊微博上發：“終於，突破1億”。微信用了433天，QQ用了10年，Facebook用了5年半，Twitter用了4年。
2013年，騰訊成為中國互聯網三巨頭之一，彼時形成的BAT格局一直延續至今。在BAT三位掌舵者李彥宏、馬雲、馬化騰中，馬化騰最年輕。
2013年起，馬化騰開始積極倡導“互聯網+”的概念。作為全國人大代表，他於2015年提交了《關於以“互聯網+”為驅動推進我國經濟社會創新發展的建議》。同年推動“互聯網+”被列入政府工作報告，成了國家行動計劃。
2015年馬化騰入選“2014中國互聯網年度人物”活動獲獎名單。
2015年12月16日，馬化騰出席第二屆世界互聯網大會開幕式。
2016年全國兩會，全國人大代表馬化騰帶來五個準備提交的建議案，涉及“互聯網+”落地措施、分享經濟、互聯網醫療、數字內容產業和互聯網生態安全。
2016年6月16日，中國“互聯網+”峰會在京舉行。馬化騰現場指出，對每個行業而言，互聯網不只是一個新經濟、新領域，而是與自己行業息息相關、必須擁抱的。在過去一年，在“互聯網+”信息能源的巨大賦能下，通信、金融、零售、O2O、交通領域都發生巨大的積極變化。
“人要清醒，外面掌聲最響的時候，往往是最危險的。”時至今日，馬化騰仍然把危機感時刻放在嘴邊，為數不多的幾次採訪中，都提到了騰訊的危機時刻，他廣為人知的一句話是，“巨人倒下時，體溫還是暖的。”
在一次內部高管會議上，馬化騰說：“未來5年，騰訊最大的挑戰就是執行力。市場怎麼樣，大家都看得見，但不一定都拿得住。通過完整的指標體系和組織架構保證壓力的傳導，通過嚴格考核和末位淘汰制留住好的人才，而所有這些，能把騰訊打造成一個不依賴個人精英，而是依靠體制化動力的成熟體系。”
即便是對用戶逾八億的微信，他也覺得，“這僅僅是一個（互聯網）站臺票，你能不能坐到終點不知道，你一個人上去，還是一個團隊上去不知道，而且很多人也往上擠，是和睦相處，還是最後打起來，也不知道。”他舉例子說，比如七八年前那次面向移動互聯網的轉型，“你現在回頭看，如果當時轉不過去，那我們就死掉了。”
馬化騰說：“各行各業都開始進入數字化轉型升級的快車道，這個過程裡會產生大量跨界的新商機。”。他所帶領的騰訊也將全力轉型的移動互聯網，“產業互聯網的變革才剛剛開始，未來還有很長的路。在這個過程中，騰訊要做的，提供雲、大數據等基礎設施，為各行各業解決‘最後一公里’的連接問題。”
2019年5月21日，在雲南國際智慧旅遊大會上，馬化騰表示：“在創新能力方面，今天的中國已經走到發展前沿。最近中興、華為事件愈演愈烈，我們也時刻關注貿易戰是否會演變成科技戰。因此，如果我們不繼續在基礎研究和關鍵技術上下苦功，我們的數字經濟就是在沙堆上起高樓，難以為繼。”
馬化騰（中）在年會上
“不管已經出現了多少大公司，人類仍然處在互聯網時代的黎明時分，微微的晨光照不亮太遠的路。互聯網真是個神奇的東西，在它的推動下，整個人類社會都變成了一個妙趣無窮的實驗室。我們這一代人，每個人都是這個實驗室的設計師和參與者，這個實驗室值得我們屏氣凝神，心懷敬畏，全情投入。”
BAT三巨頭，馬化騰（左）與馬雲、李彥宏
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