SARS-CoV-2病毒RNA在糞便樣本中長期存在

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SARS-CoV-2病毒RNA在糞便樣本中長期存在


《柳葉刀-胃腸病學和肝臟病學》(The Lancet Gastroenterology & Hepatology )近日在線發表通訊,中山大學附屬第五醫院單鴻院長和黃曦教授研究團隊發現了SARS-CoV-2病毒RNA在患者糞便樣本中長期存在,為2019冠狀病毒病(COVID-19)的臨床診治提供重要參考。

我們調研了珠海市中山大學附屬第五醫院COVID-19患者在其整個病程和隔離的時期的嚴重急性呼吸綜合徵冠狀病毒2(SARS-CoV-2)實時熒光定量PCR檢測結果。參照目前推薦的COVID-19診療方案,我們採用實時熒光定量PCR檢測COVID-19病毒核酸。疑似感染患者連續兩次咽拭子核酸檢測結果陽性即確診為SARS-CoV-2患者。入院後每隔1-2天收集患者咽拭子和糞便樣品,取樣次數取決於樣本可用性,直到獲得連續兩次陰性結果為止。我們從臨床病歷中回顧了患者基本信息,潛在基礎疾病,臨床檢測指標和治療用藥情況。本研究獲得中山大學附屬第五醫院醫學倫理委員會批准(批准號:K162-1),並獲得患者知情同意。值得注意的是,部分符合出院標準的患者仍留院隔離,以便進行更廣泛的臨床觀察和醫療保健康復。

在2020年1月16日至3月15日期間,我院共收治98例確診SARS-CoV-2患者。我們收集74例(76%)患者咽拭子和糞便樣本並檢測病毒核酸。其中33例(45%)患者的糞便樣本SARS CoV-2 核酸陰性,這組患者自首次出現症狀到咽拭子病毒核酸持續陽性的時長為15.4±6.7天。另外41例(55%)患者糞便樣本SARS-CoV-2核酸呈陽性,這組患者自首次出現症狀到咽拭子病毒持續陽性的時長為16.7±6.7天。(Figure 1) 我們計算患者首次症狀出現到糞便病毒持續陽性的時長為27.9±10.7天(即比呼吸道樣本核酸持續陽性的時間平均長11.2±9.2天)。我們在圖中展示41例患者咽拭子和糞便樣本病毒核酸檢測陽性的完整病程。值得注意的是,1號患者在呼吸道樣本病毒核酸轉陰後糞便樣本仍連續33天呈現病毒核酸陽性,而4號患者在首次症狀出現後第47天糞便樣本依然可檢測到病毒核酸陽性。

SARS-CoV-2病毒RNA在糞便樣本中長期存在


Figure1:Timeline of results from throat swabs and faecal samples through the course of disease for 41 patients with SARS-CoV-2 RNA positive faecal samples, January to March, 2020

我們統計了74例患者臨床症狀和藥物治療與病毒核酸陽性的相關性。數據顯示,糞便樣本病毒核酸陽性與胃腸道症狀無顯著相關性(p = 0.45),與疾病嚴重程度無顯著相關(p = 0.60);但與抗病毒治療相關,即抗病毒治療可能引起糞便病毒核酸陽性(p = 0.025),該結果相關性應該進一步謹慎解釋。

我們進一步分析了實時熒光定量PCR檢測SARS CoV-2病毒的三個靶向基因RdRp、N、E,發現首次糞便樣本中病毒核酸陽性結果的RdRp、N、E基因的Ct值與糞便病毒核酸陽性持續時間呈負相關(相關係數r 分別為–0.34,–0.02,–0.16),但僅RdRp在統計學上有意義(p值分別為0.033,0.91,0.33)。

我們的數據表明,當呼吸道樣本SARS-CoV-2核酸轉陰後,患者糞便中病毒核酸存在時間可能會持續長達近5周。[1]儘管我們對SARS-CoV-2存活能力瞭解不多,但根據已報道文獻可知該病毒在體外環境中仍可存活數天,提示存在糞-口傳播潛在威脅,類似於嚴重急性呼吸綜合症冠狀病毒(SARS-CoV-1)和中東呼吸系統綜合徵冠狀病毒(MERS-CoV)。[2] 因此,我們強烈建議在患者呼吸道樣本病毒核酸陰性後,對糞便樣本進行常規實時熒光定量PCR檢測。如果患者糞便樣本呈陽性,應採取嚴格隔離措施防止傳染。

我們對任何新發傳染病的定義隨著我們對疾病認知的積累而不斷髮展和改變。目前確診疑似SARS-CoV-2感染的方法是連續兩次咽拭子核酸檢測陽性。我們的數據表明,糞便樣本SARS-CoV-2核酸陽性結果通常滯後於呼吸道樣本。因此,我們不建議在現有的COVID-19診斷流程中增加糞便樣本檢測。但是,糞便樣本核酸陽性時間決定何時終止隔離措施,以防止病毒從恢復期患者傳播至他人,這對於醫療資源調配至關重要。因此我們建議增加患者糞便SARS-CoV-2核酸檢測。[3] 目前的出院標準為患者相關臨床症狀消失,痰或呼吸道病毒核酸實時熒光定量PCR檢測至少連續兩次陰性,且樣品採集時間間隔超過24小時。本研究中,我們觀察到超過一半的患者,在呼吸道樣本病毒核酸轉陰後糞便樣本核酸陽性平均持續11.2±9.6天,這意味著該病毒可能在患者的胃腸道中複製繁殖,在呼吸道病毒清除後可能繼續發生糞-口傳播。

核酸檢測無法確定病毒是否存活,以後的研究者需要對糞便樣品陽性持續時間較長的患者、在較晚的時間點、使用新鮮糞便樣品進行進一步研究,以確定病毒活性和傳播潛能。另外,我們發現患者呼吸道樣本病毒核酸轉陰後他們的臨床症狀已經消失或症狀較輕(未顯示數據)。[4] 儘管已經有無症狀傳播者的報道,但SARS-CoV-2尚無通過糞-口傳播的病例報告,

這表明在隔離區域,包括醫院內或自我隔離期間內通過這種途徑進行傳染的可能性很小。但是,在宿舍,火車,公共汽車和遊輪等封閉式場所的糞-口傳播的潛在感染風險增加。

呼吸道傳播仍然是SARS-CoV-2的主要傳播途徑,且目前的證據還不足以為呼吸道樣本病毒陰性但糞便病毒陽性的患者制定切實可行的措施,因此需要進一步研究SARS-CoV-2在糞便中的生存力和感染性。END

吳永堅、郭城、湯藍天、洪仲思、周劍輝、董欣、尹歡、肖強、湯豔平、曲秀娟、鄺良鑑、方小敏、Nischay Mishra、陸家海、單鴻、江冠民、黃曦。

中國廣東省珠海市中山大學附屬第五醫院感染與免疫研究中心(吳永堅、湯藍天、洪仲思、周劍輝、董欣、尹歡、肖強、鄺良鑑、方小敏、江冠民、黃曦),美國紐約市哥倫比亞大學梅爾曼公衛學院感染與免疫研究中心(郭城、Nischay Mishra),中國廣東省中山大學公共衛生學院(陸家海),廣東省珠海市中山大學附屬第五醫院介入醫學科、廣東省生物醫學影像重點實驗室、廣東省分子影像學工程研究中心(單鴻)。

吳永堅、郭城、湯藍天為共同第一作者

黃曦、江冠民和單鴻為共同通訊作者

通訊作者郵箱:[email protected]

參考文獻(上下滑動查看)

1.Goh GK-M. Dunker AK. Foster JA. Uversky VN. Rigidity of the outer shell predicted by a protein intrinsic disorder model sheds light on the COVID-19 (Wuhan-2019-nCoV) infectivity.Biomolecules. 2020; 10: e331

2.Yeo C. Kaushal S. Yeo D. Enteric involvement of coronaviruses: is faecal–oral transmission of SARS-CoV-2 possible? Lancet Gastroenterol Hepatol. 2020; (published online Feb 19.) https://doi.org/10.1016/S2468-1253(20)30048-0

3. Munster VJ.Koopmans M.van Doremalen N.van Riel D.de Wit E. A novel coronavirus emerging in China - key questions for impact assessment. N Engl J Med. 2020; 382: 692-694

4.Bai Y. Yao L. Wei T.et al.Presumed asymptomatic carrier transmission of COVID-19.JAMA. 2020; (published online Feb 21.)DOI:10.1001/jama.2020.2565

*中文翻譯僅供參考,一切內容以英文原文為準。



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