1866 年以後，左宗棠改任陝甘總督，率部鎮壓回民起義並準備西征。當時左頗有後顧之憂，對人說：" 我既與曾不協，今彼總督兩江，恐其扼我餉源，敗我功也" （《南亭筆記》）。
然而，左宗棠西陲用兵期間，曾國藩不僅竭力協濟糧餉，而且派兵遺將，支持西征，並高度評價了左宗棠捍衛祖國領土完整的愛國主義精神，稱之為" 天下第一" （《庸聞筆記》）。左宗棠並非石人，豈能無動於衷？乃於上奏言西征之事時說：" 臣與曾國藩議論時有不合，至於拔識劉松山於凡眾中，信任最專，其謀國之忠，知人之明，非臣所及" （《奏稿》）。西征問題上共同的立場，使曾左達成某種諒解，交惡數年，雙方關係又開始緩和。
1870 年天津教案發生，在如何處理教案問題上，曾左又產生了分歧。總理衙門徵詢左宗棠的意見，左認為教案事出有因，不應懲辦無辜百姓及府縣官吏，" 致失人和" 。曾國藩則視此類言論為" 局外無識之浮議" ，害怕外國人藉口挑起兵端，堅持既定的委曲求全的辦案方針，致使對外賠款數十萬兩白銀，津民十六人枉死刀下。
事後左宗棠譴責曾國藩道：" 曾侯相平日於夷情又少講求，何能不為所撼……，彼張皇夷情，挾以為重，與嚴索抵償，重賠恤費者，獨何心欲？" （《書牘》卷11 ）左宗棠的譴責和輿論的壓力，使曾國藩意識到自己的處置" 多不愜輿情" ，深感" 內疚神明，外慚清議" 。作為亡羊補牢之舉，曾提出：" 吾輩任疆圻者，唯當練兵訓士，儲備人才，修造輪船，設立炮臺，隱圖自強之策，庶有補於萬一耳" （《未刊信稿》）。曾國藩既有了自責之意，曾左也就沒有因津案一事再度交惡。
1872 年曾國藩病死。人們紛紛猜測左宗棠可能不會致祭，左宗棠卻送來了他的輓聯：" 知人之明，謀國之忠，自愧不如元輔；同心若金，攻錯若石，相欺無負平生" 。
又寫信給兒子孝威，指出輓聯所言，" 亦久見奏章，非始毀而今譽" ；囑孝威" 喪過湘干時，爾宜赴吊，以敬父執；牲醴餚饒，自不可少；更能作誄衷之，申吾不盡之意，尤是道理。"
其實，所謂" 曾左交惡" ，與其說是因為他們的政治立場不同而產生，倒不如說源於二人思想性格上的差異。
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