腐敗的封建統治和沉重的剝削，導致階級矛盾的激化。鴉片戰爭以後，清政府為支付戰爭賠款，加緊搜刮人民。統治更加腐敗。貪官汙吏、土豪劣紳也乘機勒索百姓。不堪忍受煎熬的勞苦大眾紛紛起義。外國資本主義的侵略，給中國人民帶來新的災難。同時，自然災害嚴重。鴉片的輸入，導致滿清白銀大量外流，勞動力日益衰竭，人民生活更加困苦艱難。
洪秀全像
金田起義
1848年初，馮雲山被紫荊山蒙衝鄉石人村地方士紳王作新以“聚眾謀反”罪名逮捕，送往廣西桂平知縣衙門囚禁。洪秀全前往廣州欲以“傳教自由”為由，找上層關係營救。後馮雲山被信徒集資賄賂桂平知縣王烈，而得到釋放。1850年夏，洪秀全發佈團營令，要求會眾到廣西桂平縣金田村團營編伍。
同年年底，太平軍先後在思旺和蔡村江與清軍展開戰鬥，由此開始了與清廷的武裝對立，初以“太平”為號，後建國號“太平天囯”，並實行公有財產製。1851年1月11日，洪秀全生日，拜上帝會眾萬人在金田村“恭祝萬壽”，後世人將這一天定為金田起義紀念日。3月23日，洪秀全在廣西武宣登基稱太平王，後改稱天王。
北伐與西征
1853年5月8日，林鳳祥、李開芳等奉楊秀清命令率兩萬餘人從揚州出發北伐。清朝採取了正確的防禦措施，銷燬了全部黃河渡船。1853年10月13日太平軍進駐保定，咸豐帝集結華北清軍主力與太平軍決戰，包括嘉慶帝五子惠端親王奉命大將軍綿愉部、嘉慶帝嗣外孫科爾沁部僧格林沁部、八旗察哈爾部、欽差大臣勝保部，並徵召朝陽、阜新、赤峰、通遼四地大軍，賜努爾哈赤御用大刀。北伐軍雖然一度進至天津附近，但因孤軍深入，被清軍包圍。1855年3月，林鳳祥在直隸滄州東光縣連鎮受傷被俘，不久被押到北京處死。李開芳在山東聊城茌平縣馮官屯被俘，6月在北京被處死。
1853年5月19日，胡以晃、賴漢英、曾天養、林啟榮、林紹璋等奉命督戰船千餘，溯江西征，先後攻下安慶、九江、合肥、漢口等地。1854年4月28日，西征太平軍在湖南湘潭被一萬七千人的私人武裝湘軍擊敗。在湖南被曾國藩打敗後，1854年6月26日（咸豐四年六月二日）太平軍第二次攻下武昌，十八歲的陳玉成在武昌“舍死苦戰，攻城陷陣，趫捷先登，縋城而上，以致官兵潰散，遂陷鄂省。”
南京附近的太平軍海戰
1854年7月25日曾天養率西征太平軍與曾國藩湘軍在湖南嶽陽城陵磯進行第一次決戰，太平軍虎頭軍統帥曾天養、清軍登州鎮總兵陳輝龍、湘軍水路各營總統褚汝航全部陣亡。
1854年10月14日湘軍在曾國藩本人的統帥下第二次收復武昌。1854年11月23日秦日綱率西征太平軍與羅澤南、李續賓、楊載福、彭玉麟湘軍在湖北十堰田家鎮（竹山縣）進行第二次決戰失敗。
1855年1月29日，石達開、羅大綱率西征太平軍與湘軍在江西九江湖口縣進行第三次決戰，大敗湘軍。1855年初，太平軍反攻漢陽和漢口，4月3日，擊破湖北巡撫陶恩培的軍隊，第三次攻下武昌。
1856年12月天京之變後湖北巡撫胡林翼第三次也是最後一次收復武漢三鎮，此役湘軍羅澤南陣亡，武漢三鎮都已成廢墟，遍地瓦礫。
1853年3月底清欽差大臣向榮在金陵城外孝陵衛建江南大營；4月16日，清欽差大臣琦善在揚州城外建江北大營。1856年4月5日，太平軍再克揚州，攻破江北大營，“次早黎明，親領人馬同陳玉成、塗鎮興、陳仕章、吳如孝力攻土橋，破入土橋清軍馬營。那時清軍大敗，紅橋以及卜著（朴樹）灣、三岔（汊）河清營盡破，大小清營一百二十餘座，清營那時聞風而逃。”
1856年6月，太平軍攻破江南大營，解天京三年之圍，“步戰漢兵，馬戰滿兵，兩交併戰，自辰至午，得翼王帶曾錦兼（謙）、張瑞（遂）謀等引軍到步助戰。清軍滿兵馬軍先敗，次即向、張[所]領漢軍亦敗也。”
天京事變
太平天國前期，軍政大事由軍師負責，洪秀全退居幕後少理朝政，大權落在東王楊秀清手上。
1856年太平軍攻破清軍向榮的“江南大營”，解天京三年之圍後，東王楊秀清見當時太平天國形勢大好，便另有圖謀。楊假裝“天父下凡”迫天王將自己由“九千歲”封為“萬歲”。北王韋昌輝在這時請求天王誅殺東王，天王不肯。後來，陳承瑢向天王告密，謂東王有弒君篡位之企圖，天王密詔北王、翼王及燕王秦日綱剷除東王。2日凌晨偷襲東王府，楊秀清及其家人被殺，東王幕府部屬、他們的家人及其他軍民共2萬多人亦被殺，史稱“天京事變”。
天京事變後，太平天國合朝推薦石達開主持朝政，但洪秀全卻忌憚石達開的聲望才能，不肯授予他“軍師”的地位，只封他為“聖神電通軍主將義王”，局勢稍見好轉後，又對他產生謀害之意。為免再次爆發內訌，石達開被迫率數千人逃出天京，前往安慶。天京事變使三王被殺，翼王遠走，是太平天國的轉折點。
石達開遠征
1857年9月，洪秀全迫於形勢的惡化，遣使請石達開回京，石達開上奏表示不會回京，但會調陳玉成、李秀成、韋俊等將領回援，並以“通軍主將”身份繼續為太平天國作戰。洪秀全詔準了這一方案，天京官方遂承認石達開此後的作戰是太平天國的遠征活動。
此後，石達開先後轉戰於天京外圍的閩、浙、贛等省，牽制大量清軍，緩解了天京、安徽兩地的軍事壓力。
1858年，清軍乘太平天國內訌之後，重建江北、江南大營。4月，洪仁玕捻轉到達天京，被封為幹王。
1859年年春，石達開入湖南，發動“寶慶會戰”，欲取上游之勢，再下趨湖北，配合安徽太平軍作戰，並伺機分兵入川。彼時湘勇正計劃分兵三路進攻安慶，聞石達開長驅直入湖南腹地，軍心全線動搖，只得將因勢利導，全力援湘。面對湘軍的重兵馳援，石達開孤軍作戰，未能攻克寶慶，被迫退入廣西休整。
1861年年9月，石達開自桂南北上，為北渡長江，奪取成都，建立四川根據地，轉戰蜀、黔、滇三省，先後四進四川，並於1863年4月渡過金沙江，突破長江防線。但為大渡河百年不遇的提前漲水所阻，在紫打地陷入絕境。時任四川總督的駱秉章遣使入太平軍中談判。經協議，太平軍自行遣散四千人，剩餘兩千武士保留武器隨行，在石達開被押往成都後，清軍背信棄義，兩千太平軍被屠戮。1863年6月27日，石達開在四川成都被凌遲。
安徽江北戰場
1861年，太平天國部署第二次西征，計劃以陳玉成、李秀成兩支主力分別從長江南北進攻武昌，以解安慶之圍。
陳玉成進軍迅速，一舉攻克黃州，直逼武昌，此時英國外交官巴夏禮面見陳玉成；要求太平軍撤軍，由於李秀成部進軍遲緩，太平軍並無把握在短期內攻下武昌，及湘勇加緊對安慶的圍攻，陳玉成決定命部下賴文光率部隊軍隊留在武昌附近，繼續等候李秀成部，本人率主力返回安慶。
李秀成進至湖北東南部，在附近地方招兵30萬人，得知東線太平軍作戰不利，又聽說陳玉成已經返回安慶，遂放棄進攻武漢三鎮，改向東進軍，與李世賢部共同攻下浙江大片土地。陳玉成與李秀成兩人不和導致第二次西征無果而終。
淮軍佔領蘇州
1861年春，太平軍與清軍和多隆阿部清軍在安徽安慶進行第二次決戰。湘軍的部署是湘軍曾國藩、左宗棠、鮑超在安徽南部，湘軍李續宜、胡林翼、清軍多隆阿在安徽北部，兩個方向向安慶進攻，陳玉成回救安慶，洪仁玕、林紹璋、吳如孝、黃文金等也來配合作戰，失敗，6月集賢關、赤崗嶺失守，8月陳玉成與楊輔清等奪回集賢關，再救安慶，為清副都統多隆阿部所拒。1861年9月，曾國荃攻克安慶，太平軍守將葉芸來、吳定彩及全軍1.6萬餘人全部陣亡。1862年5月，陳玉成在安徽壽州被叛徒苗沛霖逮捕，押送清軍兵部侍郎勝保，同年6月陳玉成被處死。
上海戰場
江南大營是清朝為鎮壓太平天國集結起的最後兩支直接聽命於咸豐帝的野戰軍之一（另一支為科爾沁部僧格林沁野戰騎兵）。全國各地質量較好的綠營官兵駐紮天京孝陵衛屏蔽蘇杭財賦區成為江南大營。1860年5月2日（咸豐十年三月十二日），太平軍與江南大營最後的決戰打響。
1860年6月8日（咸豐十年四月十九日）咸豐帝與曾國藩達成協議，咸豐帝授予曾國藩欽差大臣兵部尚書兩江總督督辦江南軍務，華東地區所有軍隊均歸節制，曾國藩經咸豐帝許可罷免咸豐帝此前任命的官員，包括皖南督辦軍務大臣張芾、閩浙總督慶端、浙江巡撫王有齡、江蘇巡撫薛煥、江南團練大臣龐鍾路、江北團練大臣晏瑞書，轉而把湘軍系統的軍官扶上位。
1860年8月9日，李秀成太平軍與弗雷德裡克·湯森德·華爾和上海買辦楊坊聯合組建的洋槍隊在上海決戰。
江南戰場
1862年6月，洪秀全命令各地太平軍回援天京，太平軍集結二十萬人兵力，10月起大戰湘軍四十多天，未能取勝。12月，李秀成奉命北渡長江，由於無糧，太平軍損失很大，“此舉前後失去戰士數萬餘人，因我一人之失銳，而國之危也。”
1863年12月4日，蘇州守將譚紹光被部下汪有為殺死，蘇州被克復。
1864年4月27日，陳坤書太平軍與查理·喬治·戈登常勝軍及劉銘傳淮軍在常州激戰。
1864年5月11日，常州失陷，太平軍守將陳坤書被俘犧牲。自此淮軍與金陵湘軍聯絡暢通無阻也。
天京陷落後的鬥爭
1863年12月21日，天京外圍要塞盡失，並苦缺糧食，忠王李秀成建議“讓城別走”，洪秀全不準。
1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充飢後病逝，幼天王洪天貴福繼位。7月19日天京失守，洪仁玕、黃文金護送幼天王突圍。李秀成讓好馬給幼主，混亂中與幼主失散，於同月22日在南京城外方山被俘，親書供狀數萬字後（《李秀成自述》），於8月7日被曾國藩處死。
曾國荃湘軍克復金陵圖
10月9日，洪仁玕在江西石城（今江西石城縣木蘭鄉新河村古嶺組）兵敗被俘，11月23日在南昌被殺。10月25日，幼天王洪天貴福在逃脫清兵追殺後四處亂走導致被盤出拿獲，11月18日在南昌被凌遲處死。
江北的太平軍賴文光部與捻軍合併，於1865年殺清軍名將僧格林沁，繼續對抗清軍直至1868年。東捻軍於1868年1月5日在揚州東北瓦窯鋪覆滅，西捻軍於同年8月16日在山東茌平徒駭河被李鴻章淮軍消滅。最後一支留下太平天國年號的殘餘捻軍袁大魁部，於1869年在陝北保安被左宗棠消滅。
廣西梧州的一座太平天國紀念碑
1872年4月，石達開餘部李文彩部在貴州大塘覆滅，這是最後一支可以查證的使用太平天國旗號的反清武裝，理論上是最後一支太平軍。不少學者認為，應以李文彩部的覆滅作為太平天國運動的結束標誌。
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