太平天國起義運動是中國歷史上乃至世界歷史上一次規模空前的農民起義，也是中國封建時期最後一次農民起義，影響非常巨大。而洪秀全作為這場規模空前的農民起義的領袖，他的死因之謎自然受到了近代很多史學家的關注。
同治三年（1864年）3月，天京被湘軍團團合圍之後，城內糧食不足，天王洪秀全帶頭吃“甜露”(草團)充飢，因而致病。同治三年（1864年）4月27日，洪秀全病逝天京。湘軍攻破都城天京後，在宮女的指引下，在天王府中挖出了洪秀全的屍體。湘軍把洪秀全的屍體焚燒成骨灰，隨後把骨灰裝入沖天的炮彈，隨著一聲炮響，洪秀全的骨灰灰飛煙滅。
歷史上對於洪秀全的死因，充滿了爭議。根據清廷的說法，天王洪秀全是死於服毒自盡。最早提出這說法的是負責鎮壓太平天國運動的湘軍統帥曾國藩。他在攻克天京以後，第一時間給同治皇帝上奏摺說：“首逆洪秀全實系本年五月間，官軍猛攻時，服毒而死。”曾國藩刊刻的《李秀成自述》中也寫道“見九帥之兵處處地道近城。天王焦急，日日煩燥，即於四月廿七日，服毒而亡。”
忠王李秀成在天京突圍時被曾國藩的弟弟曾國荃俘獲，李秀成曾經自稱“我心悔已遲，是以將國中一切供呈。”於是寫下了七八萬字的《李秀成供狀》。曾國藩得到《李秀成供狀》之後，把裡面敏感不利於自己的內容以及其他重複內容刪除更改，只保留了三分之一。因為不是第一手的原始材料，因此洪秀全的服毒自盡的說法還是有不少人懷疑。
在很多人看來，洪秀全服毒自盡的說法是對手對其的汙衊。很明顯，所有關於其服毒自殺的說法都是清廷。清廷之所以說洪秀全是服毒自殺，無非是想向全天下彰顯自己的武功之盛。到了在上世紀六十年代，藏在曾國藩家中已有百年的《李秀成自述》的手稿正式發行，公佈於眾。也揭出了天王洪秀全死亡的真相：病死。
李秀成的手稿上是這樣描述天王洪秀全的死因：“此時大概三月將尾，四月將初之候，斯時我在東門城上，天王斯時已病甚重，四月二十一日而故”。按照李秀成的手稿描述，洪秀全應該是病死的。而不是曾國藩所說的服毒自盡。歷史專家們分析，也許是因為曾國藩為了向清廷表功，在攻破南京的第一時間就上奏說洪秀全已服毒自殺，但是關於天王洪秀全的死因他也沒細查，就急忙上奏向清廷表功。直到忠王李秀成被捕之後招供，曾國藩才發現自己搞錯了。但此時天王洪秀全服毒自殺已散發到全國各地，更改已經來不及了，也為了政治需要，只能將錯就錯。他便自己刊刻《李秀成自述》，並將死因改為服毒自殺。
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