03.06 新冠病毒正式命名SARS-CoV-2,與疾病不同名?

3月2日,《自然》雜誌子刊《微生物學》發表了國際病毒分類學委員會冠狀病毒研究小組關於新冠病毒分類和命名的共識文章,新冠病毒被正式命名為SARS-CoV-2,物種為SARS相關冠狀病毒。

這篇論文此前以手稿的形式在預印本網站刊出。中科院武漢病毒所研究員石正麗、中國疾控中心主任高福等曾在柳葉刀官網發文反對這一命名方式,他們認為帶有SARS的命名方式,會混淆“非典”(SARS)和新冠肺炎兩種疾病。

記者發現,正式刊發的文章對於命名的規則和權威性重新進行了闡釋。

命名原則是什麼?

不一定與疾病有關,主要參考基因序列

論文指出,由於病毒無法用肉眼看見,從歷史上看,與病毒相關的疾病和宿主範圍成為了用來定義病毒的兩個關鍵特徵。這些都被稱為病毒的表型特徵(phenotype)。有些表型特徵,比如疾病,是由病毒與宿主的相互作用所決定,例如傳播速率或引發的免疫反應等;也有些由病毒本身特徵所決定,例如病毒的結構。這些特徵對於控制病毒(尤其是在嚴重疾病暴發期間)至關重要,並且主導著人們對病毒的普遍認知。

然而,對於一個特定的病毒來說,它的宿主可能是不確定的,很多病毒(包括大量冠狀病毒)的致病性仍然未知。研究顯示,自然界中傳播的大量病毒,從未被在表型水平上描述過。

因此,基因組序列是絕大多數病毒已知的唯一特徵,需要用於定義特定病毒。

在這個前提下,病毒是由能夠在適當條件下在細胞內自主複製並在細胞或生物之間傳播的基因組序列定義的。它可能對自然宿主有害,也可能無害。實驗研究只對一部分已知病毒適用,分析比較基因組的方法可以對所有病毒進行分類(並推斷其特徵)。因此,病毒命名不一定與疾病有關,而是應該參考其他特徵。

論文表示,RNA病毒的分類需要考慮其固有的遺傳變異性,兩種或更多種病毒具有不同但相似的基因組序列被視為同一病毒的變異體。

為何由CSG來命名?

作為“官方”職權的延伸

發表論文並對新冠病毒進行命名的是國際病毒分類學委員會(ICTV )的冠狀病毒研究小組(CSG)。參與論文的十幾名成員多來自歐美研究機構,亞洲研究機構只有一人,來自香港大學。

誰可以命名新發現的病毒?國際病毒分類學委員會(ICTV)給媒體的回覆稱,命名病毒不需要官方批准。命名通常由病毒的發現者完成,但偶爾也會得到一個專家委員會的協助。只要科學界接受並使用這個名稱,它就會成為事實上的標準。

在正式發表的命名文章中,作者解釋,國際病毒分類學委員會(ICTV)成立50年來,為病毒確定通用名稱一直是它的主要任務。當病毒分類學中物種的等級建立後,國際病毒分類學委員會(ICTV)的職責已經轉移到命名和確定病毒物種。不過,委員會下面的研究小組利用其成員的專業知識,還可以參與每一個病毒命名,以此作為其“官方”職權範圍的延伸。

論文還解釋,冠狀病毒研究小組(CSG)在國際病毒分類學委員會(ICTV)的監督下,建立了一套獨特的分類單元命名法,能夠在菌株或分離株的水平上對基因組變異進行劃分。但他們強調,各病毒研究小組在病毒分類方法上是獨立的,用於定義一個病毒科(例如冠狀病毒科)中病毒物種的標準可能不適用於其他科,例如逆轉錄病毒科,反之亦然。

新冠病毒為何“不配”有姓名?

並非是新物種中首個被識別出的代表

冠狀病毒科屬於RNA病毒,套式病毒目,目前有2個亞科,5個屬,27個亞屬,39種病毒。SARS相關冠狀病毒是39種病毒之一。顯然,這一物種名稱來源於SARS。

SARS-CoV和MERS-CoV兩種冠狀病毒也是21世紀之後發現能夠感染人類的。此前,冠狀病毒研究小組將這兩種病毒作為Beta冠狀病毒屬下面兩種亞組的原型物種,當病毒分類學建立亞屬等級後,這兩個亞組被命名為Sarbecovirus和Merbecovirus。作為新物種首個被分離出來的病毒,SARS病毒和MERS病毒就“代言”了它們的物種名和亞屬名。但是新冠病毒的“待遇”就沒有這麼特殊了,因為新冠病毒屬於一個現有物種,這個物種包含數百種從人類和各種蝙蝠中分離出的已知病毒。

作者根據病毒的系統發育樹判定,新冠病毒屬於SARS相關冠狀病毒這一“物種”,它和SARS病毒的關係是並列的、姊妹病毒,二者沒有進化關係。

新冠病毒正式命名SARS-CoV-2,与疾病不同名?

冠狀病毒的系統發育樹。

作者用人的物種學分類進行了對比,SARS相關冠狀病毒相當於智人這一物種,SARS病毒毒株和新冠病毒毒株都是這一物種下面並列的“個體”。眾所周知,人類也分為不同的人種,但不存在生殖隔離。

新冠病毒正式命名SARS-CoV-2,与疾病不同名?

SARS相關冠狀病毒分類法(與人的物種學分類法對比)。

論文解釋瞭如何規範書寫種名和具體病毒的名稱,因為某個病毒物種的名稱通常與這個物種最早發現的病毒名稱非常相似,所以在文章中經常混淆。作者稱,物種名稱應該用斜體顯示,大寫字母開頭,並且不能縮寫。比如,SARS相關冠狀病毒這一物種應該書寫為Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus。但是病毒名稱不用,比如引發非典的病毒可以寫為SARS-CoV。

疾病和病毒名不一樣?

可以“降低混淆病毒和疾病的風險”

論文稱,世界衛生組織(WHO)是聯合國的一個機構,負責命名由病毒引起的新的疾病,此前,經常將特定疾病的名稱與病毒聯繫起來(比如SARS病毒和SARS,MERS病毒和MERS)。

這次,世衛組織(WHO)將新型冠狀病毒感染引起的疾病正式命名“COVID-19”。總幹事譚德塞解釋,這個短語代表了2019年冠狀病毒病,其中CO代表Corona(冠狀物),VI代表Virus(病毒),D代表Disease(疾病)。“這(COVID-19的命名)也為我們提供了一種標準格式,可用於將來的任何冠狀病毒引發的疾病。”

這樣一來,疾病的名稱和引發疾病的病毒名稱就不一致了。這也是很多中國學者希望能將病毒重新命名的原因。石正麗等人就建議將新冠病毒命名為人類冠狀病毒2019(HCoV-19),與SARS-CoV區別開來,並與世衛組織對疾病的命名COVID-19保持一致。

但在冠狀病毒研究小組正式發表的命名論文中,作者認為,二者不一致恰好能夠降低混淆病毒和疾病的風險。

新冠病毒正式命名SARS-CoV-2,与疾病不同名?

國際病毒分類學委員會(ICTV)冠狀病毒研究小組(CSG)對病毒的命名,和世界衛生組織(WHO)對疾病的命名。

論文作者表示,新冠病毒的疾病譜和傳輸效率與SARS病毒不同,用於確認新冠病毒感染的診斷方法與SARS的診斷方法也不相同。為了適應由新冠病毒引起的臨床表現和感染結果,世衛組織最近引入了一個不太具體的名稱(COVID-19)表示這種疾病。

將病毒和由病毒引發的疾病分開命名,冠狀病毒研究小組的目的是支持世衛組織用最恰當的方式命名疾病,也希望此舉能夠提高公眾和公共衛生當局對這兩個實體之間差異的認識,幫助加強疫情管理,並降低混淆病毒和疾病的風險,不要像多年來SARS-CoV(病毒)和SARS(疾病)那樣。

新京報記者 李玉坤


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