所謂“農產品”的範圍，指的是初級農產品，具體範圍依據《財政部、國家稅務總局關於印發的通知》（財稅字[1995]52號）來界定。關於企業取得農產品發票的進項稅抵扣，可以總結為以下兩類情形：
一、憑票抵扣
1、取得一般納稅人開具的專用發票
納稅人購進農產品,取得一般納稅人開具的增值稅專用發票，以增值稅專用發票上註明的增值稅額為進項稅額。2019年4月1日以後，農產品的適用稅率調整為9%，企業按發票註明的稅額抵扣即可。
申報注意：取得此類發票要扣稅需在發票開具之日起360天內，在增值稅發票綜合服務平臺上進行申報抵扣勾選。
2、進口農產品取得海關進口增值稅專用繳款書
納稅人購進農產品,取得海關進口增值稅專用繳款書的，以海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額。2019年4月1日以後，農產品的適用稅率調整為9%，企業按海關進口增值稅專用繳款書註明的稅額抵扣即可。
申報注意：海關進口增值稅專用繳款書實行“先比對後抵扣”的管理辦法，增值稅一般納稅人進口貨物取得海關進口增值稅專用繳款書，應自開具之日起360日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》，申請稽核比對。
二、計算抵扣
1、從小規模納稅人處取得的專用發票
從按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上註明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。此類發票不是按照票面註明的稅額來扣稅，而是計算稅額抵扣。比如:取得一張徵收率是3%，價稅合計金額是10300元的農產品專用發票，銷售額（不含稅金額）10000元乘以扣稅率9%，計算得出的900元作為進項稅額，而實際支付的價稅合計金額10300元減去900元的餘額9400元作為成本費用入賬。
申報注意：現取得此類發票用於抵扣，在綜服平臺上直接選擇“不抵扣勾選”，然後計算出的稅額直接填寫在：增值稅申報表（附表二）的第六欄“農產品收購發票或者銷售發票”。2、購進農業生產者自產的農產品取得（開具）的銷售發票或收購發票
2、購進農業生產者自產的農產品取得（開具）的銷售發票或收購發票
增值稅一般納稅人購進農產品，取得（開具）農產品銷售發票或收購發票的，以農產品銷售發票或收購發票上註明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。此類發票稅率欄顯示的是免稅。從票面形式看就是一張增值稅的普通發票（收購發票左上角有“收購”二字），可抵扣的稅額需要計算得出。比如：取得一張金額是10000元的農業合作社開具的農產品發票，購買方可抵扣的稅額=10000×9%=900（元），10000減去900的餘額9100元作為成本費用入賬。
申報注意：此類發票是增值稅普通發票，所以無需在綜服平臺上進行抵扣勾選，其稅額的抵扣也沒有時間限制，需要抵扣時直接填寫：增值稅申報表（附表二）的第六欄“農產品收購發票或者銷售發票”。
另外還要補充三點：
1、對於取得上述兩類可用於抵扣的農產品扣稅憑證，如果農產品用於生產或者委託加工13%稅率貨物，2019年4月1日以後，在領用農產品環節，可再加計1%作為進項稅額。加計的1%直接填寫：增值稅申報表（附表二）“8a”欄。
2、上述兩類農產品進項稅額以及符合條件可加計的1%進項稅額，都可以做為生產、生活性服務業納稅人或生活性服務業納稅人適用加計抵減政策，計算可加計抵減額的計算基數。
3、如果納稅人按照《關於在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法的通知》（財稅[2012]38號），納入農產品核定抵扣試點範圍，試點納稅人購進農產品不再憑前述增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額，而採取核定扣除的方法計算抵扣進項稅。
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