現在益生菌已成為人類的好朋友，對人體的健康有著不可忽視的作用。影響著身體的免疫系統、代謝系統、對食物和營養的消化吸收等。雖然很多消費者在吃各式各樣的益生菌，卻總是不起作用，其實益生菌吃多久是有一定規律的。
食用益生菌1—4周（競爭期）
在開始食用益生菌的1-4周內，益生菌會和腸道內已經存在的有害菌及中性菌展開競爭，包括競爭營養、競爭生存空間、競爭能在腸道壁上附著的位置。這也是細菌們在腸道里戰爭的慘烈階段，赫氏消亡反應也會發生在這一階段。有害菌死亡時會釋放大量毒素和其它代謝產物，抑制益生菌生長及對人體造成不適，益生菌也會釋放大量細菌素(bacteriocin)和各種有機酸來消滅有害菌。雙方的死亡量都較大。
食用益生菌4—8周（優勢期）
由於堅持食用益生菌，這相當於在戰爭中不斷補充援軍，在4-8周這個階段，益生菌會逐漸佔領上風，這時腸道內的有害菌數量已經低於益生菌，有害菌釋放毒素和其它代謝產物的量也被大大減低，同時外來的益生菌也會幫助體內原有的有益菌生長起來，和體內原有的有益菌進行協同作用，維護腸道健康。所以這個時候人體會開始感受到病症的改善。
食用益生菌8—12周（鞏固期）
堅持食用益生菌，益生菌和體內原有有益菌一起協同作用，在腸道內的比例越來越高，有害菌的比例越來越低。人體對病症的改善的感覺也可能越來越明顯，但這時決不能掉以輕心，因為有害菌的生存力也是極其頑強的。研究顯示，大部分腸道有害菌都有較強的耐酸鹼性，耐膽汁和酶解的特性。
食用益生菌12周以上（穩定期）
當益生菌在體內佔有足夠優勢後，各種益生菌帶來的正面效果才會逐漸體現出來。為了鞏固這一效果，防止體內的有害菌(有害菌很難被完全殺死，多數處於休眠狀態)捲土重來，健康專家建議在食用過12周的益生菌之後，可以將益生菌攝入量減到一半，用來鞏固益生菌的效果，一直堅持到半年，然後可停用。對大多數人來講，停用後，這一最優化的效果可以維持一段時間，大約半年到一年。但由於生活、飲食習慣等各種原因，現代城市人的生活方式較容易使腸道菌群不能到達最佳狀態，就需要階段性的補充益生菌。
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