證監會清明假期前夜“空襲”華大基因，根據4月4日晚間其收到中國證券監督管理委員會深圳監管局行政監管措施決定書的公告顯示，華大基因存在訂單型收入確認依賴的系統存在漏洞，相關收入核算不規範，部分項目型收入核算與會計政策不一致，相關收入核算不規範，規範運作程度不高。
證監會指出其存在關聯方員工參與公司研發、審批和項目跟進工作的情形，如深圳華大生命科學研究院的博士宋某，參與了 2017年和 2018 年你公司的“非小細胞肺癌 ctDNA 檢測試劑盒(NGS)註冊申報項目”和 “結直腸癌早篩多重甲基化 PCR 技術開發項目”，且作為第一個項目研究成果中 一項專利的第一發明人。以及公司向關聯方預付款項金額超過合同約定的情形等問題。
此外，證監會指出其子公司深圳華大基因生物醫學工程有限公司與關聯方深圳華大智造金額為1.28 億元合同，合同約定付款方式為“100%預付”，但實際在合同簽訂後華大基因支付了1.59 億元。
部分項目型收入核算與會計政策不一致，相關收入核算不規範，使得公司 2017 年多計收入 1,327. 94 萬 元、淨利潤 1,244.94 萬元。
對此，4月7日下午，華大基因再次發佈公告，稱此類情況系延遲確認收入所致，公司不存在虛增收入或利潤的情形。遲延確認收入主要是出於謹慎的角度，由於相關收入核算與會計政策存在不一致，因此存在收入確認的跨期問題。
公司已經在全力嚴格按照深圳證監局的要求採取切實有效的措施積極整改，並將於 30 日內完成整改，向深圳證監局提交書面整改報告。
針對關聯方交易的質疑，公告回應稱，向關聯方華大智造預付款超過合同金額，因2017 年其與關聯方華大智造簽訂多個採購合同。公司與關聯方華大智造簽訂合同編號13100-600086 號採購合同，合同金額為 1.28 億元;同時公司與華大智造還簽訂 了合同編號 13100-600121 號採購合同，合同金額為 1.64 億元。公司向華大智造支付的 1.59 億款項，包含公司 600086 號合同金額 0.84 億元以及公司 600121 號 合同金額 0.75 億元。
以往發生的日常關聯交易與 2019 年度日常關聯交易預計事項主要系向關聯人採購商品、採購固定資產、採購服務、提供測序服務、房屋租賃等日常經營性交易，為符合企業生產經營需要而發生的正常交易事項，有利於公司與關聯人發揮雙方在業務上的互補協同效應，提高各自的經營效益，關聯交易遵循誠實 信用、等價有償、公平自願、合理公允的基本原則，依據市場價格和成本加成的原則，協商定價、公平交易，不存在損害公司及中小股東利益的情形。
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