胃腸道是細菌的“糧倉”，這裡共生長著1000餘種1000萬億個細菌，它們與人體互利共生:們一方面利用人體消化的食物殘渣和胃腸道，作為自身生存的條件和環境；另一方面又為人體提供著各種維生素、必須的氨基酸和一些抗菌素等。同時，它們一方面可以分解體內一些有毒和有害物質，抑制蛋白質的腐敗；另一方面又可參與人體的免疫反應，抑制有害病菌的繁衍和生長。另外，它們還可降解膽固醇，維持腸道的pH,促進腸道蠕動，維持腸道微環境的內穩定。因此，腸道細菌不僅是人體的“好朋友”，還是附著人體的一個重要的“器官”，輔助人體的營養、免疫、和調節功能。腸道細菌失調不僅會產生多種胃腸道疾病，如腹瀉、便秘、腸炎等，還會誘發肥胖、癌症、糖尿病、和心血管病等。
腸道細菌80%以上都是對人體有益的細菌，但也有少數是對人體有害的細菌。在正常狀態下，腸道細菌維持著菌群穩定，有益細菌抑制著有害細菌的生長和繁殖，發揮著“體外器官”的作用。隨著環境、年齡、食物、藥物等條件的改變，腸道的菌群譜亦會相應發生改變，不同的腸道菌群譜可以致病，亦可以防病: 可以致癌，也可以抗癌；可以誘發糖尿病，也可以防糖尿病；可以促進衰老，亦可以延年益壽。它們既是健康和疾病的誘發或始發因素，亦是健康和疾病的“晴雨表”。
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