1985年10月下旬，喬丹在NBA的第二個年頭正式開啟。賽季開始第三場比賽，噩運降臨。公牛客場迎戰金州勇士，喬丹高高跳起搶球，落地時身體失去平衡，左腳狠狠崴在地板上。
回到芝加哥做進一步檢查，公牛隊查出喬丹左腳的足舟骨發生骨裂，喬丹被告知，他要養一整個賽季的傷，才能讓左腳康復。
喬丹受傷
這是一個令喬丹無比沮喪的消息。打籃球不僅是他的職業，更是他的樂趣。他是NBA少有的幾個合同中有“熱愛比賽條款”（Love of the Game Clause）的球員。所謂“熱愛比賽條款”，是指球員享有隨時隨地打籃球的權利。這聽上去有些可笑，但那個年代，職業球員在球隊正式的比賽和訓練之外，是不可以隨便打籃球的，否則一旦受傷，損失將由球員自己承擔，球隊老闆不為此埋單。所以，只有像喬丹這樣合同中有“熱愛比賽條款”的球員，才可以隨心所欲地在休賽期打籃球。老闆當然不喜歡這個條款，他們害怕失去自己最有天賦的球員，但喬丹籤合同的時候堅決要求享有這項權利。
因為腳傷，喬丹突然失去了生活的重心，他被迫與籃球分離。當時在芝加哥，喬丹住在一個小公寓裡，並未完全融入這座城市。芝加哥的冬天很冷，沒有籃球就愈發難熬，於是喬丹向隊裡申請回教堂山去康復，申請得到批准。
回到熟悉的校園，喬丹仍用他自己的典型風格在過日子。既然跑跳能力受限，就只好練投籃—他每天都會投幾個小時的籃。慢慢地，在芝加哥方面不知情的情況下，他也開始參加5對5的比賽。但不管怎麼樣，那段時間終究不好過，喬丹過去從未發覺自己對籃球是如此熱愛。
康復進度之慢，考驗著喬丹的耐心。隨著疼痛一點一點消失，喬丹也一點一點確信，他已經可以比賽了。每回去醫生的辦公室複診，他都以為是最後一次，可每回都聽到下次再來。
在北卡那段時間，喬丹的體形已經恢復得相當好，受傷的左腳甚至比右腳還要有力。醫生看到新的力量測試結果，簡直不敢相信。喬丹認為，沒人比他自己更瞭解他的身體，他已經做好了上場打球的準備。
在管理層、醫生和喬丹反覆交換意見的過程中，公牛總經理克勞斯犯了兩個錯誤。這是兩個當時看來微不足道，後來卻被證明非常嚴重的錯誤。
第一個—在一次談話中，克勞斯斷然拒絕喬丹復出的請求，並說：決定，我和老闆萊恩斯多夫會做，你等著就好，因為你是我們的“資產”。對任何球員說這樣的話都是愚蠢的，尤其是對一名黑人球員。這是喬丹永遠無法忘記，也永遠不會原諒的一句話。喬丹和公牛管理層之間最初的分歧就此產生，隨著時間的推移，這分歧越來越大，始終不曾消除。
第二個，更為敏感—喬丹開始相信，公牛管理層不讓他復出，其實另有目的。1985—1986賽季，公牛以三連勝開局，但失去喬丹之後，勝率直線下滑，等到喬丹終於被允許復出時，公牛的成績已經是24勝43負。喬丹認定，萊恩斯多夫和克勞斯不讓他打球，不是為了保護他的腳，而是為了確保球隊選秀樂透區的位置。可在喬丹看來，這麼想很罪惡，這是喬丹無法接受的。
克勞斯與喬丹
又一次內部開會，討論喬丹該不該復出，喬丹和萊恩斯多夫、克勞斯、主教練阿爾貝克、三名醫生坐到了一起。大家還沒張嘴，喬丹先從包裡掏出一臺錄音機來，把它擺到桌子正中間。喬丹說：“我不希望有任何的不明確。”
那天的會議開到最後，萊恩斯多夫和克勞斯終於同意，喬丹可以正常訓練，也可以上場比賽，但每個半場不能超過7分鐘，以後再酌情增加。
公牛和騎士在爭奪東部最後一個季後賽名額，公牛落後，但隨著喬丹的迴歸，雙方差距開始縮小。賽季倒數第六場比賽，公牛在印第安納迎戰步行者隊，喬丹此時已被允許上下半場各打14分鐘，不過前一晚，萊恩斯多夫剛給阿爾貝克打過電話，再次提醒他：如果讓喬丹多打一分鐘，我就炒了你。兩節打完，公牛落後5分，阿爾貝克決定下半時讓喬丹先發，他跟喬丹說：“把我們拉回到比賽裡去。”喬丹照做了。他第四節獨取15分，公牛緊緊追趕著對手。
“伸舌頭”
在比賽還剩半分鐘左右的時候，公牛隻落後1分。這下，麻煩來了。喬丹的規定時間即將用完，再多打兩秒，就會被多計一分鐘，阿爾貝克不得不換下他。喬丹大發雷霆，衝教練咆哮：“你不能這麼做！我們要進季後賽！”印第安納的球迷也不幹了，他們起鬨，喊著喬丹的名字，但無濟於事，阿爾貝克依舊拿凱爾·梅西（Kyle Macy）替下喬丹。最後時刻，憑藉後衛約翰·帕克森（John Paxson）的投籃，公牛才以一分險勝。
賽後，從芝加哥來的跟隊記者們逼問阿爾貝克：“你怎麼能這樣對待邁克爾？”這個問題，連阿爾貝克自己都想知道答案。阿爾貝克清楚，賽季一結束，他就得捲鋪蓋走人。
儘管上場時間受限，喬丹還是把握住了賽季末的機會，最後六場球場均攻下28.7分，為公牛贏下其中四場。憑藉這段最後的搏殺，公牛搭上季後賽末班車，要在首輪迎戰當時聯盟最強球隊—波士頓凱爾特人。
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