關於停產停業損失的補償標準的確定，由房屋徵收部門與被徵收人協商確定。協商過程中，被徵收人的利潤以其提供的稅務部門核准的納稅證明為依據，兼顧同業同類生產經營行業市場收益情況予以確定；產品，半成品，商品的損耗或是按國家規定的損耗率計算，或是根據實際發生損失計算；職工工資、保險等社會基金則可以按照具體的規定和標準進行計算。
各省自治區直轄市有權制定停產停業損失補償辦法。以《北京市國有土地上房屋徵收停產停業損失補償暫行辦法》為例，其規定非住宅房屋停產停業損失補償評估的計算公式為：
停產停業損失補償費=（用於生產經營的非住宅房屋的月租金+月淨利潤*修正係數+員工月生活補助）*停產停業補償期限。
用於生產經營的非住宅房屋的月租金是指被徵收房屋停產停業期間平均每月的市場月租金，由房地產評估機構評估確定。
月淨利潤是指生產經營者利用被徵收房屋，在停產停業期間每月平均能獲取的稅後淨利潤。
修正係數基準值為1，根據使用被徵收房屋的生產經營運行狀況和市場預期進行修正，修正調整幅度不得超過20%
員工月生活補助指生產經營者在停產停業期間，每月支付給員工的基本生活保障補助，按徵收決定發佈前上個月的本市最低工資標準計算。
停產停業補償期限參考評估表確定。
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